seq1 = pF1KB9017.tfa, 1329 bp
seq2 = pF1KB9017/gi568815581f_37323509.tfa (gi568815581f:37323509_37576979), 253471 bp

>pF1KB9017 1329
>gi568815581f:37323509_37576979 (Chr17)

1-25  (87858-87882)   100% ->
26-132  (100001-100107)   100% ->
133-192  (103442-103501)   100% ->
193-284  (114230-114321)   100% ->
285-442  (116997-117154)   100% ->
443-531  (119056-119144)   100% ->
532-604  (121188-121260)   100% ->
605-668  (135016-135079)   100% ->
669-712  (138570-138613)   100% ->
713-823  (141923-142033)   100% ->
824-895  (143946-144017)   100% ->
896-1028  (146892-147024)   100% ->
1029-1072  (147586-147629)   100% ->
1073-1146  (151048-151121)   100% ->
1147-1329  (153289-153471)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCGTTTGGGTTCCTTTAGCA         ATGATCCCTCTGATAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  87858 ATGGACCGTTTGGGTTCCTTTAGCAGTA...TAGATGATCCCTCTGATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCCACCTTGCCGAGGCTGCTCCTCCTACCTCATGGAGCCTTATATCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 GCCACCTTGCCGAGGCTGCTCCTCCTACCTCATGGAGCCTTATATCAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGCTGAATGTGGGCCACCTCCTTTTTTCCTCTGCTTGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100067 GTGCTGAATGTGGGCCACCTCCTTTTTTCCTCTGCTTGCAGGTA...CAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGTTTCACTCGAGGCTTTGAGTACAAGAAACATCAAAGCGATCATACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103442 TGTTTCACTCGAGGCTTTGAGTACAAGAAACATCAAAGCGATCATACTTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAAATAATG         ACTTCAGATTTTCCTGTCCTTGATCCCAGCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103492 TGAAATAATGGTA...TAGACTTCAGATTTTCCTGTCCTTGATCCCAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GGACTGCTCAAGAAGAAATGGCCCTTTTAGAAGCTGTGATGGACTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114261 GGACTGCTCAAGAAGAAATGGCCCTTTTAGAAGCTGTGATGGACTGTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTGGAAATTG         GCAGGATGTAGCCAATCAAATGTGCACCAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114311 TTTGGAAATTGGTA...TAGGCAGGATGTAGCCAATCAAATGTGCACCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GACCAAGGAGGAGTGTGAGAAGCACTATATGAAGCATTTCATCAATAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117027 GACCAAGGAGGAGTGTGAGAAGCACTATATGAAGCATTTCATCAATAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTCTGTTTGCATCTACCCTGCTGAACCTGAAACAAGCAGAGGAAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117077 CTCTGTTTGCATCTACCCTGCTGAACCTGAAACAAGCAGAGGAAGCAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACTGCTGACACAGCCATTCCATTTCACT         CTACAGATGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 117127 ACTGCTGACACAGCCATTCCATTTCACTGTA...CAGCTACAGATGACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCCCCGACCTACCTTTGACTCCTTGCTTTCTCGGGACATGGCCGGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119069 TCCCCGACCTACCTTTGACTCCTTGCTTTCTCGGGACATGGCCGGGTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCCAGCTCGAGCAGATTTCATTGAG         GAATTTGACAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119119 TGCCAGCTCGAGCAGATTTCATTGAGGTA...CAGGAATTTGACAATTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCAGAATGGGACTTGAGAGACATTGATTTTGTTGAAGATGACTCGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121203 GCAGAATGGGACTTGAGAGACATTGATTTTGTTGAAGATGACTCGGACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TTTACATG         CTCTGAAGATGGCTGTGGTAGATATCTATCATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 121253 TTTACATGGTA...TAGCTCTGAAGATGGCTGTGGTAGATATCTATCATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCAGGTTAAAGGAGAGACAAAGACGAAAAAA         AATTATAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 135049 CCAGGTTAAAGGAGAGACAAAGACGAAAAAAGTA...TAGAATTATAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GACCATGGATTAATCAACCTTAGAAAGTTTCAAT         TAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 138580 GACCATGGATTAATCAACCTTAGAAAGTTTCAATGTA...TAGTAATGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 ACGGCGGTATCCCAAGGAGGTCCAGGACCTGTATGAAACAATGAGGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141930 ACGGCGGTATCCCAAGGAGGTCCAGGACCTGTATGAAACAATGAGGCGAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TTGCAAGAATTGTGGGGCCAGTGGAACATGACAAATTCATTGAAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141980 TTGCAAGAATTGTGGGGCCAGTGGAACATGACAAATTCATTGAAAGCCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GCAT         TGGAATTTGAACTCCGAAGGGAAATCAAGAGGCTCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142030 GCATGTA...CAGTGGAATTTGAACTCCGAAGGGAAATCAAGAGGCTCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 AGAATACAGGACAGCAGGCATTACCAATTTTTGTA         GTGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 143983 AGAATACAGGACAGCAGGCATTACCAATTTTTGTAGTA...CAGGTGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 GAACCTACGATCACCTCAAGAAGACACGGGAGGAAGAGCGCCTTAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146898 GAACCTACGATCACCTCAAGAAGACACGGGAGGAAGAGCGCCTTAAACGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 ACTATGCTCTCAGAAGTTCTCCAGTATATCCAGGACAGTAGTGCTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146948 ACTATGCTCTCAGAAGTTCTCCAGTATATCCAGGACAGTAGTGCTTGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GCAGTGGCTCCGCCGGCAAGCTGACAT         TGATTCCGGCCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 146998 GCAGTGGCTCCGCCGGCAAGCTGACATGTG...TAGTGATTCCGGCCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 GTCCTTCCATTCCAATGGCTTCGAATTCAG         GTAGACGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 147600 GTCCTTCCATTCCAATGGCTTCGAATTCAGGTA...TAGGTAGACGGAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 GCACCACCCTTGAACCTCACTGGCCTCCCTGGCACAGAGAAGCTGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151059 GCACCACCCTTGAACCTCACTGGCCTCCCTGGCACAGAGAAGCTGAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 AAAAGAAAAGGAG         CTCTGTCAGATGGTGAGGTTGGTCCCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 151109 AAAAGAAAAGGAGGTA...CAGCTCTGTCAGATGGTGAGGTTGGTCCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 GAGCCTATTTAGAATACAAATCTGCTCTATTGAACGAATGTAACAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153317 GAGCCTATTTAGAATACAAATCTGCTCTATTGAACGAATGTAACAAGCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 GGAGGCTTAAGACTGGCGCAGGCAAGAGCACTCATCAAGATAGATGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153367 GGAGGCTTAAGACTGGCGCAGGCAAGAGCACTCATCAAGATAGATGTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 CAAAACCCGGAAAATCTATGATTTCCTCATCAGAGAAGGATACATCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153417 CAAAACCCGGAAAATCTATGATTTCCTCATCAGAGAAGGATACATCACTA

   1450     .
   1325 AAGGC
        |||||
 153467 AAGGC