seq1 = pF1KB8989.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KB8989/gi568815581r_42304690.tfa (gi568815581r:42304690_42523097), 218408 bp

>pF1KB8989 1170
>gi568815581r:42304690_42523097 (Chr17)

(complement)

1-471  (100001-100471)   100% ->
472-1170  (117710-118408)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGACCCCACGCTCTATATTGTCGAGCGGCCGCTTCCCGGGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGACCCCACGCTCTATATTGTCGAGCGGCCGCTTCCCGGGTACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACGCCGAGGCCCCGGAGCCTTCCTCCGCTGGGGCTCAGGCAGCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGACGCCGAGGCCCCGGAGCCTTCCTCCGCTGGGGCTCAGGCAGCGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCGTCGGGGGCCGGCTCAGAAGAGCTGATCAAGTCGGACCAGGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCGTCGGGGGCCGGCTCAGAAGAGCTGATCAAGTCGGACCAGGTGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGTGCTGGTGCTGAGCCTCCTGGACAAAATCATCGGGGCCGTAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGTGCTGGTGCTGAGCCTCCTGGACAAAATCATCGGGGCCGTAGACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATCCAGCTGACTCAAGCACAGCTGGAGGAGCGGCAGGCGGAGATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATCCAGCTGACTCAAGCACAGCTGGAGGAGCGGCAGGCGGAGATGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGCAGTGCAGAGCATCCAGGGCGAGCTGAGCAAGCTGGGCAAGGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGCAGTGCAGAGCATCCAGGGCGAGCTGAGCAAGCTGGGCAAGGCGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCACCACGAGCAATACGGTGAGCAAGCTGCTGGAGAAGGTGCGCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCACCACGAGCAATACGGTGAGCAAGCTGCTGGAGAAGGTGCGCAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAGCGTCAACGTGAAGACCGTGCGCGGCAGCCTGGAGCGCCAGGCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAGCGTCAACGTGAAGACCGTGCGCGGCAGCCTGGAGCGCCAGGCGGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGATCAAGAAGCTGGAGGTCAACGAGGCCGAGCTGCTGCGGCGCCGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGATCAAGAAGCTGGAGGTCAACGAGGCCGAGCTGCTGCGGCGCCGCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTAAAGTCATGATCTACCAG         GATGAAGTGAAGCTGCCGGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100451 TTTAAAGTCATGATCTACCAGGTG...TAGGATGAAGTGAAGCTGCCGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAAACTGAGCATCAGCAAATCGCTGAAAGAGTCGGAGGCGCTGCCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117730 CAAACTGAGCATCAGCAAATCGCTGAAAGAGTCGGAGGCGCTGCCAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGAGGGCGAGGAGCTGGGCGAGGGCGAGCGGCCCGAGGAGGACGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117780 AGGAGGGCGAGGAGCTGGGCGAGGGCGAGCGGCCCGAGGAGGACGCAGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCGCTGGAGCTTTCGTCGGACGAGGCGGTGGAGGTTGAGGAGGTTATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117830 GCGCTGGAGCTTTCGTCGGACGAGGCGGTGGAGGTTGAGGAGGTTATTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGAGTCCCGCGCAGAGCGTATCAAGCGCAGCGGCCTGCGGCGCGTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117880 GGAGTCCCGCGCAGAGCGTATCAAGCGCAGCGGCCTGCGGCGCGTGGACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACTTCAAGAAGGCCTTCTCCAAGGAGAAGATGGAGAAGACCAAGGTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117930 ACTTCAAGAAGGCCTTCTCCAAGGAGAAGATGGAGAAGACCAAGGTGCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACCCGCGAGAACCTGGAGAAGACGCGCCTCAAGACCAAGGAAAACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117980 ACCCGCGAGAACCTGGAGAAGACGCGCCTCAAGACCAAGGAAAACCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAAGACGCGGCACACCCTGGAGAAGCGCATGAACAAGCTGGGCACGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118030 GAAGACGCGGCACACCCTGGAGAAGCGCATGAACAAGCTGGGCACGCGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGGTGCCCGCCGAGCGGCGCGAGAAACTGAAGACGTCGCGGGACAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118080 TGGTGCCCGCCGAGCGGCGCGAGAAACTGAAGACGTCGCGGGACAAGTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CGCAAATCCTTCACGCCCGACCACGTGGTGTACGCGCGCTCCAAGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118130 CGCAAATCCTTCACGCCCGACCACGTGGTGTACGCGCGCTCCAAGACCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGTCTACAAGGTGCCACCCTTCACCTTCCACGTCAAGAAGATCCGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118180 GGTCTACAAGGTGCCACCCTTCACCTTCCACGTCAAGAAGATCCGCGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCCAGGTGGAAGTGCTCAAGGCCACCGAGATGGTGGAGGTGGGCGCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118230 GCCAGGTGGAAGTGCTCAAGGCCACCGAGATGGTGGAGGTGGGCGCCGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GACGACGAGGGCGGCGCGGAGCGCGGGGAGGCCGGCGACCTGCGGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118280 GACGACGAGGGCGGCGCGGAGCGCGGGGAGGCCGGCGACCTGCGGCGCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GAGCAGCCCCGACGTGCACGCGCTGCTGGAGATCACCGAGGAGTCGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118330 GAGCAGCCCCGACGTGCACGCGCTGCTGGAGATCACCGAGGAGTCGGACG

   1150     .    :    .    :    .
   1142 CCGTGCTGGTGGACAAGAGCGACAGCGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 118380 CCGTGCTGGTGGACAAGAGCGACAGCGAC