seq1 = pF1KB8986.tfa, 1161 bp
seq2 = pF1KB8986/gi568815595r_39165445.tfa (gi568815595r:39165445_39381695), 216251 bp

>pF1KB8986 1161
>gi568815595r:39165445_39381695 (Chr3)

(complement)

1-87  (100001-100087)   98% ->
88-1161  (115178-116251)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAGAACCCCTGGAGGCGTTGAAGTTGGCAGACTTGGATTTCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAGAACCCCTGGAGGCGTTTAAGTTGGCAGACTTGGATTTCAGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCTCTCTGGCTTCTGGGTGGAGAATGGCCAGTGGG         GCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GAGCTCTCTGGCTTCTGGGTGGAGAATGGCCAGTGGGGTA...CAGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCACCATGGATCAGTTCCCTGAATCAGTGACAGAAAACTTTGAGTACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115182 TCACCATGGATCAGTTCCCTGAATCAGTGACAGAAAACTTTGAGTACGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATTTGGCTGAGGCCTGTTATATTGGGGACATCGTGGTCTTTGGGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115232 GATTTGGCTGAGGCCTGTTATATTGGGGACATCGTGGTCTTTGGGACTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTCCTGTCCATATTCTACTCCGTCATCTTTGCCATTGGCCTGGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115282 GTTCCTGTCCATATTCTACTCCGTCATCTTTGCCATTGGCCTGGTGGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTTGTTGGTAGTGTTTGCCCTCACCAACAGCAAGAAGCCCAAGAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115332 ATTTGTTGGTAGTGTTTGCCCTCACCAACAGCAAGAAGCCCAAGAGTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCGACATTTACCTCCTGAACCTGGCCTTGTCTGATCTGCTGTTTGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115382 ACCGACATTTACCTCCTGAACCTGGCCTTGTCTGATCTGCTGTTTGTAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACTTTGCCCTTCTGGACTCACTATTTGATAAATGAAAAGGGCCTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115432 CACTTTGCCCTTCTGGACTCACTATTTGATAAATGAAAAGGGCCTCCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGCCATGTGCAAATTCACTACCGCCTTCTTCTTCATCGGCTTTTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115482 ATGCCATGTGCAAATTCACTACCGCCTTCTTCTTCATCGGCTTTTTTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGCATATTCTTCATCACCGTCATCAGCATTGATAGGTACCTGGCCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115532 AGCATATTCTTCATCACCGTCATCAGCATTGATAGGTACCTGGCCATCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTGGCCGCCAACTCCATGAACAACCGGACCGTGCAGCATGGCGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115582 CCTGGCCGCCAACTCCATGAACAACCGGACCGTGCAGCATGGCGTCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCAGCCTAGGCGTCTGGGCAGCAGCCATTTTGGTGGCAGCACCCCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115632 TCAGCCTAGGCGTCTGGGCAGCAGCCATTTTGGTGGCAGCACCCCAGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATGTTCACAAAGCAGAAAGAAAATGAATGCCTTGGTGACTACCCCGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115682 ATGTTCACAAAGCAGAAAGAAAATGAATGCCTTGGTGACTACCCCGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTCCAGGAAATCTGGCCCGTGCTCCGCAATGTGGAAACAAATTTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115732 CCTCCAGGAAATCTGGCCCGTGCTCCGCAATGTGGAAACAAATTTTCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCTTCCTACTCCCCCTGCTCATTATGAGTTATTGCTACTTCAGAATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115782 GCTTCCTACTCCCCCTGCTCATTATGAGTTATTGCTACTTCAGAATCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAGACGCTGTTTTCCTGCAAGAACCACAAGAAAGCCAAAGCCATTAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115832 CAGACGCTGTTTTCCTGCAAGAACCACAAGAAAGCCAAAGCCATTAAACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GATCCTTCTGGTGGTCATCGTGTTTTTCCTCTTCTGGACACCCTACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 115882 GATCCTTCTGGTGGTCATCGTGTTTTTCCTCTTCTGGACACCCTACAACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TTATGATTTTCCTGGAGACGCTTAAGCTCTATGACTTCTTTCCCAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115932 TTATGATTTTCCTGGAGACGCTTAAGCTCTATGACTTCTTTCCCAGTTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GACATGAGGAAGGATCTGAGGCTGGCCCTCAGTGTGACTGAGATGGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 115982 GACATGAGGAAGGATCTGAGGCTGGCCCTCAGTGTGACTGAGACGGTTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 ATTTAGCCATTGTTGCCTGAATCCTCTCATCTATGCATTTGCTGGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116032 ATTTAGCCATTGTTGCCTGAATCCTCTCATCTATGCATTTGCTGGGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGTTCAGAAGATACCTTTACCACCTGTATGGGAAATGCCTGGCTGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116082 AGTTCAGAAGATACCTTTACCACCTGTATGGGAAATGCCTGGCTGTCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TGTGGGCGCTCAGTCCACGTTGATTTCTCCTCATCTGAATCACAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116132 TGTGGGCGCTCAGTCCACGTTGATTTCTCCTCATCTGAATCACAAAGGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CAGGCATGGAAGTGTTCTGAGCAGCAATTTTACTTACCACACGAGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116182 CAGGCATGGAAGTGTTCTGAGCAGCAATTTTACTTACCACACGAGTGATG

   1150     .    :    .    :
   1142 GAGATGCATTGCTCCTTCTC
        ||||||||||||||||||||
 116232 GAGATGCATTGCTCCTTCTC