seq1 = pF1KB8974.tfa, 1107 bp
seq2 = pF1KB8974/gi568815595f_45800810.tfa (gi568815595f:45800810_46001895), 201086 bp

>pF1KB8974 1107
>gi568815595f:45800810_46001895 (Chr3)

1-21  (94125-94145)   100% ->
22-1107  (100001-101086)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACACCCACAGACTTCACA         AGCCCTATTCCTAACATGGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  94125 ATGACACCCACAGACTTCACAGTG...CAGAGCCCTATTCCTAACATGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGATGACTATGGCTCTGAATCCACATCTTCCATGGAAGACTACGTTAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 TGATGACTATGGCTCTGAATCCACATCTTCCATGGAAGACTACGTTAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAACTTCACTGACTTCTACTGTGAGAAAAACAATGTCAGGCAGTTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 TCAACTTCACTGACTTCTACTGTGAGAAAAACAATGTCAGGCAGTTTGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCCATTTCCTCCCACCCTTGTACTGGCTCGTGTTCATCGTGGGTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100121 AGCCATTTCCTCCCACCCTTGTACTGGCTCGTGTTCATCGTGGGTGCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGCAACAGTCTTGTTATCCTTGTCTACTGGTACTGCACAAGAGTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100171 GGGCAACAGTCTTGTTATCCTTGTCTACTGGTACTGCACAAGAGTGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCATGACCGACATGTTCCTTTTGAATTTGGCAATTGCTGACCTCCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100221 CCATGACCGACATGTTCCTTTTGAATTTGGCAATTGCTGACCTCCTCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTGTCACTCTTCCCTTCTGGGCCATTGCTGCTGCTGACCAGTGGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100271 CTTGTCACTCTTCCCTTCTGGGCCATTGCTGCTGCTGACCAGTGGAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAGACCTTCATGTGCAAGGTGGTCAACAGCATGTACAAGATGAACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100321 CCAGACCTTCATGTGCAAGGTGGTCAACAGCATGTACAAGATGAACTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACAGCTGTGTGTTGCTGATCATGTGCATCAGCGTGGACAGGTACATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100371 ACAGCTGTGTGTTGCTGATCATGTGCATCAGCGTGGACAGGTACATTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATTGCCCAGGCCATGAGAGCACATACTTGGAGGGAGAAAAGGCTTTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100421 ATTGCCCAGGCCATGAGAGCACATACTTGGAGGGAGAAAAGGCTTTTGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAGCAAAATGGTTTGCTTTACCATCTGGGTATTGGCAGCTGCTCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100471 CAGCAAAATGGTTTGCTTTACCATCTGGGTATTGGCAGCTGCTCTCTGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCCCAGAAATCTTATACAGCCAAATCAAGGAGGAATCCGGCATTGCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100521 TCCCAGAAATCTTATACAGCCAAATCAAGGAGGAATCCGGCATTGCTATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TGCACCATGGTTTACCCTAGCGATGAGAGCACCAAACTGAAGTCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100571 TGCACCATGGTTTACCCTAGCGATGAGAGCACCAAACTGAAGTCAGCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTTGACCCTGAAGGTCATTCTGGGGTTCTTCCTTCCCTTCGTGGTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100621 CTTGACCCTGAAGGTCATTCTGGGGTTCTTCCTTCCCTTCGTGGTCATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTTGCTGCTATACCATCATCATTCACACCCTGATACAAGCCAAGAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100671 CTTGCTGCTATACCATCATCATTCACACCCTGATACAAGCCAAGAAGTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCCAAGCACAAAGCCCTAAAAGTGACCATCACTGTCCTGACCGTCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100721 TCCAAGCACAAAGCCCTAAAAGTGACCATCACTGTCCTGACCGTCTTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTTGTCTCAGTTTCCCTACAACTGCATTTTGTTGGTGCAGACCATTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100771 CTTGTCTCAGTTTCCCTACAACTGCATTTTGTTGGTGCAGACCATTGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCTATGCCATGTTCATCTCCAACTGTGCCGTTTCCACCAACATTGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100821 CCTATGCCATGTTCATCTCCAACTGTGCCGTTTCCACCAACATTGACATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TGCTTCCAGGTCACCCAGACCATCGCCTTCTTCCACAGTTGCCTGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100871 TGCTTCCAGGTCACCCAGACCATCGCCTTCTTCCACAGTTGCCTGAACCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGTTCTCTATGTTTTTGTGGGTGAGAGATTCCGCCGGGATCTCGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100921 TGTTCTCTATGTTTTTGTGGGTGAGAGATTCCGCCGGGATCTCGTGAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCCTGAAGAACTTGGGTTGCATCAGCCAGGCCCAGTGGGTTTCATTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100971 CCCTGAAGAACTTGGGTTGCATCAGCCAGGCCCAGTGGGTTTCATTTACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AGGAGAGAGGGAAGCTTGAAGCTGTCGTCTATGTTGCTGGAGACAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101021 AGGAGAGAGGGAAGCTTGAAGCTGTCGTCTATGTTGCTGGAGACAACCTC

   1100     .    :    .
   1092 AGGAGCACTCTCCCTC
        ||||||||||||||||
 101071 AGGAGCACTCTCCCTC