seq1 = pF1KB8966.tfa, 1068 bp
seq2 = pF1KB8966/gi568815581r_48443071.tfa (gi568815581r:48443071_48644911), 201841 bp

>pF1KB8966 1068
>gi568815581r:48443071_48644911 (Chr17)

(complement)

1-391  (100001-100391)   100% ->
392-1068  (101165-101841)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATTTTGAATTTGAGAGGGAGATTGGGTTTATAAACAGCCAGCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATTTTGAATTTGAGAGGGAGATTGGGTTTATAAACAGCCAGCCGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCGCCGAGTGTCTGACTTCCTTCCCCGCTGTCTTGGAGACATTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCGCCGAGTGTCTGACTTCCTTCCCCGCTGTCTTGGAGACATTTCAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTCATCAATCAAGGAGTCGACATTAATTCCTCCTCCTCCTCCTTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTTCATCAATCAAGGAGTCGACATTAATTCCTCCTCCTCCTCCTTTCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAAACCTTCCCCAGCCTCCAGCCCGGCGCCTCCACCCTTCAGAGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAAACCTTCCCCAGCCTCCAGCCCGGCGCCTCCACCCTTCAGAGACCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGCCAAAAGCGAGCCGAAGATGGGCCTGCTCTGCCGCCGCCACCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAGCCAAAAGCGAGCCGAAGATGGGCCTGCTCTGCCGCCGCCACCGCCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCCACTCCCCGCTGCCCCCCCGGCCCCCGAGTTCCCTTGGATGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGCCACTCCCCGCTGCCCCCCCGGCCCCCGAGTTCCCTTGGATGAAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGAAATCCGCCAAGAAACCCAGCCAATCCGCCACGTCTCCTTCTCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGAAATCCGCCAAGAAACCCAGCCAATCCGCCACGTCTCCTTCTCCGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCCTCCGCCGTTCCGGCCTCCGGGGTCGGATCGCCTGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100351 CGCCTCCGCCGTTCCGGCCTCCGGGGTCGGATCGCCTGCAGGTC...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGGCCTGGGACTGCCGGAGGCTGGTGGCGGCGGGGCGCGCAGGCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101165 ATGGCCTGGGACTGCCGGAGGCTGGTGGCGGCGGGGCGCGCAGGCTGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACGGCTTACACCAACACGCAGCTGCTGGAACTGGAGAAGGAATTCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101215 ACGGCTTACACCAACACGCAGCTGCTGGAACTGGAGAAGGAATTCCACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TAATAAGTACCTGTGCCGGCCACGCCGCGTCGAGATCGCGGCCTTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101265 TAATAAGTACCTGTGCCGGCCACGCCGCGTCGAGATCGCGGCCTTGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACCTCACCGAAAGGCAGGTCAAAGTCTGGTTTCAGAACCGGCGCATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101315 ACCTCACCGAAAGGCAGGTCAAAGTCTGGTTTCAGAACCGGCGCATGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CACAAGCGGCAGACGCAGCACCGAGAGCCGCCGGATGGGGAGCCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101365 CACAAGCGGCAGACGCAGCACCGAGAGCCGCCGGATGGGGAGCCTGCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCCGGGAGCCCTGGAGGACATCTGCGACCCTGCCGAGGAACCCGCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101415 CCCGGGAGCCCTGGAGGACATCTGCGACCCTGCCGAGGAACCCGCGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCCCGGGCGGCCCCTCCGCCTCGCGGGCGGCGTGGGAAGCCTGCTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101465 GCCCGGGCGGCCCCTCCGCCTCGCGGGCGGCGTGGGAAGCCTGCTGTCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCGCCGGAGGTGGTGCCGGGGGCCTTAAGCGCGGACCCCCGGCCTTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101515 CCGCCGGAGGTGGTGCCGGGGGCCTTAAGCGCGGACCCCCGGCCTTTAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CGTTCGCTTAGAGGGCGCAGGCGCGTCGAGTCCCGGCTGCGCGCTGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101565 CGTTCGCTTAGAGGGCGCAGGCGCGTCGAGTCCCGGCTGCGCGCTGCGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GGGCCGGCGGGCTGGAGCCCGGGCCATTGCCAGAAGACGTCTTCTCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101615 GGGCCGGCGGGCTGGAGCCCGGGCCATTGCCAGAAGACGTCTTCTCGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CGCCAGGATTCACCTTTCCTTCCCGACCTCAACTTCTTCGCGGCCGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101665 CGCCAGGATTCACCTTTCCTTCCCGACCTCAACTTCTTCGCGGCCGACTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTGTCTCCAGCTATCCGGAGGCCTCTCCCCTAGCCTACAGGGTTCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101715 CTGTCTCCAGCTATCCGGAGGCCTCTCCCCTAGCCTACAGGGTTCTCTCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACAGCCCGGTCCCTTTTTCCGAGGAAGAGCTGGATTTTTTCACCAGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101765 ACAGCCCGGTCCCTTTTTCCGAGGAAGAGCTGGATTTTTTCACCAGTACG

   1050     .    :    .    :    .
   1042 CTCTGTGCCATCGACCTGCAGTTTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||
 101815 CTCTGTGCCATCGACCTGCAGTTTCCC