seq1 = pF1KB8960.tfa, 1020 bp
seq2 = pF1KB8960/gi568815596f_176016834.tfa (gi568815596f:176016834_176219228), 202395 bp

>pF1KB8960 1020
>gi568815596f:176016834_176219228 (Chr2)

1-745  (100001-100745)   100% ->
746-1020  (102121-102395)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTTTCCCAACAGCTCTCCTGCTGCTAATACTTTTTTAGTAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTTTCCCAACAGCTCTCCTGCTGCTAATACTTTTTTAGTAGATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGATCAGTGCCTGCAGGAGTGACAGTTTTTATTCCAGCAGCGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGATCAGTGCCTGCAGGAGTGACAGTTTTTATTCCAGCAGCGCCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTACATGCCACCACCTAGCGCAGACATGGGGACCTATGGAATGCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTACATGCCACCACCTAGCGCAGACATGGGGACCTATGGAATGCAAACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTGGACTGCTCCCGTCTCTGGCCAAAAGAGAAGTGAACCACCAAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGTGGACTGCTCCCGTCTCTGGCCAAAAGAGAAGTGAACCACCAAAATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGTATGAATGTGCATCCTTATATACCTCAAGTAGACAGTTGGACAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGTATGAATGTGCATCCTTATATACCTCAAGTAGACAGTTGGACAGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGAACAGATCTTGTCGAATAGAGCAACCTGTTACACAGCAAGTCCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGAACAGATCTTGTCGAATAGAGCAACCTGTTACACAGCAAGTCCCCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGCTCCTTCACCACCAACATTAAGGAAGAATCCAATTGCTGCATGTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGCTCCTTCACCACCAACATTAAGGAAGAATCCAATTGCTGCATGTATTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGATAAGCGCAACAAACTCATTTCGGCCGAGGTCCCTTCGTACCAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGATAAGCGCAACAAACTCATTTCGGCCGAGGTCCCTTCGTACCAGAGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGTCCCTGAGTCTTGTCCCGTTGAGAACCCTGAGGTTCCCGTCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGTCCCTGAGTCTTGTCCCGTTGAGAACCCTGAGGTTCCCGTCCCTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TATTTTAGACTGAGTCAGACCTACGCCACCGGGAAAACCCAAGAGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TATTTTAGACTGAGTCAGACCTACGCCACCGGGAAAACCCAAGAGTACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAATAGCCCCGAAGGCAGCTCCACTGTCATGCTCCAGCTCAACCCTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TAATAGCCCCGAAGGCAGCTCCACTGTCATGCTCCAGCTCAACCCTCGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCGCGGCCAAGCCGCAGCTCTCCGCTGCCCAGCTGCAGATGGAAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCGCGGCCAAGCCGCAGCTCTCCGCTGCCCAGCTGCAGATGGAAAAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGAACGAGCCCGTGAGCGGCCAGGAGCCCACCAAAGTCTCCCAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATGAACGAGCCCGTGAGCGGCCAGGAGCCCACCAAAGTCTCCCAGGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAGCCCCGAGGCCAAAGGCGGCCTTCCCGAAGAGAGGAGCTGCCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAGCCCCGAGGCCAAAGGCGGCCTTCCCGAAGAGAGGAGCTGCCTGGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGTCTCCGTGTCCAGTCCCGAAGTGCAGGAGAAGGAAAGCAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100701 AGGTCTCCGTGTCCAGTCCCGAAGTGCAGGAGAAGGAAAGCAAAGGTC..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    746     AGGAAATCAAGTCTGATACACCAACCAGCAATTGGCTCACTGCAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 .TAGAGGAAATCAAGTCTGATACACCAACCAGCAATTGGCTCACTGCAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAGTGGCAGAAAGAAGAGGTGCCCTTACACTAAGCACCAAACGCTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102167 GAGTGGCAGAAAGAAGAGGTGCCCTTACACTAAGCACCAAACGCTGGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TAGAAAAAGAGTTCTTGTTCAATATGTACCTCACCCGCGAGCGCCGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102217 TAGAAAAAGAGTTCTTGTTCAATATGTACCTCACCCGCGAGCGCCGCCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GAGATCAGTAAGAGCGTTAACCTCACCGACAGGCAGGTCAAGATTTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102267 GAGATCAGTAAGAGCGTTAACCTCACCGACAGGCAGGTCAAGATTTGGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCAAAACCGCCGAATGAAACTCAAGAAGATGAGCCGAGAGAACCGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102317 TCAAAACCGCCGAATGAAACTCAAGAAGATGAGCCGAGAGAACCGGATCC

   1000     .    :    .    :    .
    992 GAGAACTGACCGCCAACCTCACGTTTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||
 102367 GAGAACTGACCGCCAACCTCACGTTTTCT