seq1 = pF1KB8953.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KB8953/gi568815596f_176088802.tfa (gi568815596f:176088802_176290139), 201338 bp

>pF1KB8953 984
>gi568815596f:176088802_176290139 (Chr2)

1-652  (100001-100652)   100% ->
653-984  (101007-101338)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTCCTACCTGGAGTACGTGTCATGCAGCAGCAGCGGCGGGGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTCCTACCTGGAGTACGTGTCATGCAGCAGCAGCGGCGGGGTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGACGTGCTCAGCTTGGCACCCAAGTTCTGCCGCTCCGACGCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCGACGTGCTCAGCTTGGCACCCAAGTTCTGCCGCTCCGACGCCCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTGGCTCTGCAGCCCGCCTTCCCTCTGGGCAACGGCGACGGCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGTGGCTCTGCAGCCCGCCTTCCCTCTGGGCAACGGCGACGGCGCCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCAGCTGTCTGCCCCTGGCCGCCGCCCGACCCTCGCCTTCGCCCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCAGCTGTCTGCCCCTGGCCGCCGCCCGACCCTCGCCTTCGCCCCCGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCCCCCGCGCGGCCGTCCGTACCGCCTCCGGCCGCGCCCCAGTACGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCCCCCGCGCGGCCGTCCGTACCGCCTCCGGCCGCGCCCCAGTACGCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTGCACCCTGGAGGGGGCCTACGAACCTGGTGCCGCACCTGCCGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGTGCACCCTGGAGGGGGCCTACGAACCTGGTGCCGCACCTGCCGCGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTGGGGGCGCGGACTACGGCTTCCTGGGGTCCGGGCCGGCGTACGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCTGGGGGCGCGGACTACGGCTTCCTGGGGTCCGGGCCGGCGTACGACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCCGGGCGTGCTGGGGCGGGCGGCCGACGACGGCGGGTCTCACGTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCCGGGCGTGCTGGGGCGGGCGGCCGACGACGGCGGGTCTCACGTCCACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGCCACCTCGGCCGTCTTCTCGGGCGGCGGCTCTTTCCTCCTCAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACGCCACCTCGGCCGTCTTCTCGGGCGGCGGCTCTTTCCTCCTCAGCGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGGTGGATTACGCGGCCTTCGGCGAACCCGGCCCTTTTCCGGCTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGGTGGATTACGCGGCCTTCGGCGAACCCGGCCCTTTTCCGGCTTGTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAAAGCGTCAGCCGACGGCCACCCTGGTGCTTTCCAGACCGCATCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAAAGCGTCAGCCGACGGCCACCCTGGTGCTTTCCAGACCGCATCCCCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCCCAGGCACCTACCCCAAGTCCGTCTCTCCCGCCTCCGGCCTCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCCCAGGCACCTACCCCAAGTCCGTCTCTCCCGCCTCCGGCCTCCCTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCTTCAGCACGTTCGAGTGGATGAAAGTGAAGAGGAATGCCTCTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCTTCAGCACGTTCGAGTGGATGAAAGTGAAGAGGAATGCCTCTAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AG         GCAAACTCGCCGAGTATGGGGCCGCTAGCCCCTCCAGCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGGTA...CAGGCAAACTCGCCGAGTATGGGGCCGCTAGCCCCTCCAGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CGATCCGCACGAATTTCAGCACCAAGCAACTGACAGAACTGGAAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101046 CGATCCGCACGAATTTCAGCACCAAGCAACTGACAGAACTGGAAAAAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TTTCATTTCAATAAGTACTTAACTCGAGCCCGGCGCATCGAGATAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101096 TTTCATTTCAATAAGTACTTAACTCGAGCCCGGCGCATCGAGATAGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTGCTTGCACCTGAATGACACGCAAGTCAAAATCTGGTTCCAGAACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101146 CTGCTTGCACCTGAATGACACGCAAGTCAAAATCTGGTTCCAGAACCGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GGATGAAACAGAAGAAAAGGGAACGAGAAGGGCTTCTGGCCACGACCATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 101196 GGATGAAACAGAAGAAAAGGGAACGAGAAGGGCTTCTGGCCACGGCCATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CCTGTGGCTCCCCTCCAACTTCCCCTCTCTGGAACAACCCCCACTAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101246 CCTGTGGCTCCCCTCCAACTTCCCCTCTCTGGAACAACCCCCACTAAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TATCAAGAACCCCGGCAGCCCTTCTCAGTCCCAAGAGCCTTCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101296 TATCAAGAACCCCGGCAGCCCTTCTCAGTCCCAAGAGCCTTCG