seq1 = pF1KB8948.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KB8948/gi568815587r_2784007.tfa (gi568815587r:2784007_2985489), 201483 bp

>pF1KB8948 948
>gi568815587r:2784007_2985489 (Chr11)

(complement)

1-820  (100001-100820)   100% ->
821-948  (101356-101483)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGACGCGTCCCTCCGCAGCACATCCACGATGGAGCGTCTTGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGACGCGTCCCTCCGCAGCACATCCACGATGGAGCGTCTTGTCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGTGGGACCTTCCCAGTACTAGTGCGCACCAGCGCCTGCCGCAGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGTGGGACCTTCCCAGTACTAGTGCGCACCAGCGCCTGCCGCAGCCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGGGCCGGTGGACCACGAGGAGCTGAGCCGCGAGCTGCAGGCCCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGGGCCGGTGGACCACGAGGAGCTGAGCCGCGAGCTGCAGGCCCGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGAGCTGAACGCCGAGGACCAGAACCGCTGGGATTACGACTTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCGAGCTGAACGCCGAGGACCAGAACCGCTGGGATTACGACTTCCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACATGCCGCTGCGGGGCCCTGGACGCCTGCAGTGGACCGAAGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGACATGCCGCTGCGGGGCCCTGGACGCCTGCAGTGGACCGAAGTGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGACTCGGTGCCCGCGTTCTACCGCGAGACGGTGCAGGTGGGGCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGACTCGGTGCCCGCGTTCTACCGCGAGACGGTGCAGGTGGGGCGCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCCTGCTGCTGGCGCCGCGGCCCGTCGCGGTCGCGGTGGCTGTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCCTGCTGCTGGCGCCGCGGCCCGTCGCGGTCGCGGTGGCTGTCAGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCCCTCGAGCCGGCCGCTGAGTCCCTCGACGGCCTCGAGGAGGCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCCCTCGAGCCGGCCGCTGAGTCCCTCGACGGCCTCGAGGAGGCGCCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCAGCTGCCTAGTGTCCCGGTCCCGGCCCCGGCGTCCACCCCGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCAGCTGCCTAGTGTCCCGGTCCCGGCCCCGGCGTCCACCCCGCCCCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCCCGGTCCTGGCTCCAGCCCCGGCCCCGGCTCCGGCTCCGGTCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTCCCGGTCCTGGCTCCAGCCCCGGCCCCGGCTCCGGCTCCGGTCGCGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCCGGTCGCGGCTCCGGTCGCGGTCGCGGTCCTGGCCCCGGCCCCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCCGGTCGCGGCTCCGGTCGCGGTCGCGGTCCTGGCCCCGGCCCCGGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGGCTCCGGCTCCGGCTCCGGCCCCGGCTCCAGTCGCGGCCCCGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CGGCTCCGGCTCCGGCTCCGGCCCCGGCTCCAGTCGCGGCCCCGGCCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCCCGGCCCCGGCCCCGGCCCCGGCCCCCGCCCCGGCCCCGGCCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCCCGGCCCCGGCCCCGGCCCCGGCCCCCGCCCCGGCCCCGGCCCCGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGCGGCGCCTCAAGAGAGCGCCGAGCAGGGCGCGAACCAGGGGCAGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGCGGCGCCTCAAGAGAGCGCCGAGCAGGGCGCGAACCAGGGGCAGCGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCAGGAGCCTCTCGCTGACCAGCTGCACTCGGGGATTTCGGGACGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCAGGAGCCTCTCGCTGACCAGCTGCACTCGGGGATTTCGGGACGTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCGGCCGGCACCGCGGCCGCCAGCGCCAACGGCGCGGCGATCAAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCGGCCGGCACCGCGGCCGCCAGCGCCAACGGCGCGGCGATCAAGAAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTCCGGGCCTCTGATCTCCG         ATTTCTTCGCCAAGCGCAAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100801 GTCCGGGCCTCTGATCTCCGGTG...CAGATTTCTTCGCCAAGCGCAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GATCAGCGCCTGAGAAGTCGTCGGGCGATGTCCCCGCGCCGTGTCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101377 GATCAGCGCCTGAGAAGTCGTCGGGCGATGTCCCCGCGCCGTGTCCCTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CCAAGCGCCGCCCCTGGCGTGGGCTCGGTGGAGCAGACCCCGCGCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101427 CCAAGCGCCGCCCCTGGCGTGGGCTCGGTGGAGCAGACCCCGCGCAAGAG

    950     .
    942 GCTGCGG
        |||||||
 101477 GCTGCGG