seq1 = pF1KB8938.tfa, 870 bp
seq2 = pF1KB8938/gi568815596f_176030367.tfa (gi568815596f:176030367_176231609), 201243 bp

>pF1KB8938 870
>gi568815596f:176030367_176231609 (Chr2)

1-577  (100001-100577)   100% ->
578-870  (100951-101243)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTTCGTACTTCGTGAACCCGCTGTACTCCAAGTACAAGGCGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTTCGTACTTCGTGAACCCGCTGTACTCCAAGTACAAGGCGGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCGGCGGCGGCGGCGGCGGGCGAGGCCATCAATCCCACTTACTACGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCGGCGGCGGCGGCGGCGGGCGAGGCCATCAATCCCACTTACTACGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCACTTCGCGCCCGAGGTCGGCGGCCGTCACGCCGCCGCCGCAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCACTTCGCGCCCGAGGTCGGCGGCCGTCACGCCGCCGCCGCAGCAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCAGCTCTATGGCAACAGCGCCGCCGGCTTCCCGCACGCGCCCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCAGCTCTATGGCAACAGCGCCGCCGGCTTCCCGCACGCGCCCCCGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCGCACGCGCACCCGCACCCGTCCCCGCCGCCCTCCGGGACTGGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCGCACGCGCACCCGCACCCGTCCCCGCCGCCCTCCGGGACTGGGTGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGGTAGGGAAGGCCGGGGCCAGGAGTACTTCCACCCCGGCGGGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGGTAGGGAAGGCCGGGGCCAGGAGTACTTCCACCCCGGCGGGGGCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGGCCGCTGCCTACCAGGCCGCCCCCCCTCCTCCTCCGCATCCTCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGGCCGCTGCCTACCAGGCCGCCCCCCCTCCTCCTCCGCATCCTCCGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCCGCCGCCACCTCCCCCCTGCGGCGGGATTGCCTGTCACGGGGAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCCGCCGCCACCTCCCCCCTGCGGCGGGATTGCCTGTCACGGGGAGCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGAAGTTTTACGGATACGATAACTTACAGAGACAGCCGATTTTTACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGAAGTTTTACGGATACGATAACTTACAGAGACAGCCGATTTTTACGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGCAAGAGGCCGAGCTGGTACAATATCCTGACTGTAAATCGTCCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGCAAGAGGCCGAGCTGGTACAATATCCTGACTGTAAATCGTCCAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAATATTGGCGAGGACCCAGACCACTTAAATCAGAGCTCGTCTCCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TAATATTGGCGAGGACCCAGACCACTTAAATCAGAGCTCGTCTCCTTCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAATGTTTCCGTGGATGAGACCACAAG         CAGCTCCTGGTAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100551 AAATGTTTCCGTGGATGAGACCACAAGGTT...CAGCAGCTCCTGGTAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGAAGAGGAAGACAAACCTACAGTCGCTTCCAAACTCTAGAGTTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100965 CGAAGAGGAAGACAAACCTACAGTCGCTTCCAAACTCTAGAGTTGGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGAATTTCTTTTTAACCCCTATCTGACCAGGAAAAGAAGAATCGAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101015 GGAATTTCTTTTTAACCCCTATCTGACCAGGAAAAGAAGAATCGAGGTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCCACGCCCTAGCCCTCACCGAGAGACAGGTAAAAATCTGGTTCCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101065 CCCACGCCCTAGCCCTCACCGAGAGACAGGTAAAAATCTGGTTCCAGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AGGAGAATGAAATGGAAAAAGGAAAACAACAAGGACAAATTTCCCGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101115 AGGAGAATGAAATGGAAAAAGGAAAACAACAAGGACAAATTTCCCGTTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCGGCAGGAGGTGAAGGACGGGGAAACGAAAAAGGAAGCCCAAGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101165 CCGGCAGGAGGTGAAGGACGGGGAAACGAAAAAGGAAGCCCAAGAGCTGG

    850     .    :    .    :    .
    842 AGGAAGACAGAGCCGAAGGCCTGACAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||
 101215 AGGAAGACAGAGCCGAAGGCCTGACAAAT