seq1 = pF1KB8904.tfa, 711 bp
seq2 = pF1KB8904/gi568815578f_36478775.tfa (gi568815578f:36478775_36691428), 212654 bp

>pF1KB8904 711
>gi568815578f:36478775_36691428 (Chr20)

1-192  (100001-100192)   100% ->
193-711  (112136-112654)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGACAGTGATCTAGGTGAGGACGAAGGCCTCCTCTCCCTGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGACAGTGATCTAGGTGAGGACGAAGGCCTCCTCTCCCTGGCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAAAGGAAGCGCAGGGGGAACCTGCCCAAGGAGTCGGTGAAGATCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAAAGGAAGCGCAGGGGGAACCTGCCCAAGGAGTCGGTGAAGATCCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGACTGGCTGTACTTGCACCGCTACAACGCCTACCCCTCAGAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGACTGGCTGTACTTGCACCGCTACAACGCCTACCCCTCAGAGCAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCTGAGCCTTTCTGGACAGACCAACCTGTCAGTGCTGCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100151 AAGCTGAGCCTTTCTGGACAGACCAACCTGTCAGTGCTGCAAGTA...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193  ATATGTAACTGGTTCATCAATGCCCGGCGGCGGCTTCTCCCAGACATGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112135 GATATGTAACTGGTTCATCAATGCCCGGCGGCGGCTTCTCCCAGACATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCGGAAGGATGGCAAAGACCCTAATCAGTTTACCATTTCCCGCCGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112185 TTCGGAAGGATGGCAAAGACCCTAATCAGTTTACCATTTCCCGCCGCGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGTAAGGCCTCAGATGTGGCCCTCCCCCGTGGCAGCAGCCCCTCAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112235 GGTAAGGCCTCAGATGTGGCCCTCCCCCGTGGCAGCAGCCCCTCAGTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCTGTGTCTGTCCCAGCCCCCACCAATGTGCTCTCCCTGTCTGTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112285 GGCTGTGTCTGTCCCAGCCCCCACCAATGTGCTCTCCCTGTCTGTGTGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCATGCCGCTTCACTCAGGCCAGGGGGAAAAGCCAGCAGCCCCTTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112335 CCATGCCGCTTCACTCAGGCCAGGGGGAAAAGCCAGCAGCCCCTTTCCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGTGGGGAGCTGGAGTCTCCCAAGCCCCTGGTGACCCCTGGTAGCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112385 CGTGGGGAGCTGGAGTCTCCCAAGCCCCTGGTGACCCCTGGTAGCACACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TACTCTGCTGACCAGGGCTGAGGCTGGAAGCCCCACAGGTGGACTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112435 TACTCTGCTGACCAGGGCTGAGGCTGGAAGCCCCACAGGTGGACTCTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACACGCCACCACCCACACCCCCAGAGCAGGACAAAGAGGACTTCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112485 ACACGCCACCACCCACACCCCCAGAGCAGGACAAAGAGGACTTCAGCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTCCAGCTGCTGGTGGAGGTGGCGCTACAGAGGGCTGCTGAGATGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112535 TTCCAGCTGCTGGTGGAGGTGGCGCTACAGAGGGCTGCTGAGATGGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCAGAAGCAGCAGGACCCATCACTCCCATTACTGCACACTCCCATCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112585 TCAGAAGCAGCAGGACCCATCACTCCCATTACTGCACACTCCCATCCCTT

    700     .    :    .    :
    692 TAGTCTCTGAAAATCCCCAG
        ||||||||||||||||||||
 112635 TAGTCTCTGAAAATCCCCAG