seq1 = pF1KB8892.tfa, 645 bp
seq2 = pF1KB8892/gi568815593r_154375809.tfa (gi568815593r:154375809_154578008), 202200 bp

>pF1KB8892 645
>gi568815593r:154375809_154578008 (Chr5)

(complement)

1-543  (100001-100543)   100% ->
544-645  (102099-102200)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCTCGTGGGCAGCTACGCACACCATCACCACCATCACCACCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCTCGTGGGCAGCTACGCACACCATCACCACCATCACCACCCGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTGCGCACCCCATGCTCCACGAACCCTTCCTCTTCGGTCCGGCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCTGCGCACCCCATGCTCCACGAACCCTTCCTCTTCGGTCCGGCCTCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTGTCATCAGGAAAGGCCCTACTTCCAGAGCTGGCTGCTGAGCCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTGTCATCAGGAAAGGCCCTACTTCCAGAGCTGGCTGCTGAGCCCGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACGCTGCCCCGGACTTCCCTGCGGGCGGGCCGCCGCCCGCGGCCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACGCTGCCCCGGACTTCCCTGCGGGCGGGCCGCCGCCCGCGGCCGCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCCGCCACCGCCTATGGTCCTGACGCCAGGCCTGGGCAGAGCCCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCCGCCACCGCCTATGGTCCTGACGCCAGGCCTGGGCAGAGCCCCGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCTGGAGGCGCTTGGCGGCCGTCTTGGCCGGCGGAAAGGCTCAGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCTGGAGGCGCTTGGCGGCCGTCTTGGCCGGCGGAAAGGCTCAGGACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGAAGGAGCGGAGACGCACTGAGAGCATTAACAGCGCATTCGCGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGAAGGAGCGGAGACGCACTGAGAGCATTAACAGCGCATTCGCGGAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCGCGAGTGCATCCCCAACGTGCCGGCCGACACCAAGCTCTCCAAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCGCGAGTGCATCCCCAACGTGCCGGCCGACACCAAGCTCTCCAAGATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGACTCTGCGCCTAGCCACCAGCTACATCGCCTACCTGATGGACGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGACTCTGCGCCTAGCCACCAGCTACATCGCCTACCTGATGGACGTGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCAAGGATGCACAGTCTGGCGATCCCGAGGCCTTCAAGGCTGAACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCAAGGATGCACAGTCTGGCGATCCCGAGGCCTTCAAGGCTGAACTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAAGGCGGATGGCGGCCGTGAGAGCAAGCGGAAAAGGGAGCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100501 GAAGGCGGATGGCGGCCGTGAGAGCAAGCGGAAAAGGGAGCTGGTG...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    544   CAGCAGCACGAAGGTTTTCCTCCTGCCCTGGGCCCAGTCGAGAAGAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102097 AGCAGCAGCACGAAGGTTTTCCTCCTGCCCTGGGCCCAGTCGAGAAGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATTAAAGGACGCACCGGCTGGCCGCAGCAAGTCTGGGCGCTGGAGTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102147 ATTAAAGGACGCACCGGCTGGCCGCAGCAAGTCTGGGCGCTGGAGTTAAA

    650 
    642 CCAG
        ||||
 102197 CCAG