seq1 = pF1KB8889.tfa, 612 bp
seq2 = pF1KB8889/gi568815583r_52009851.tfa (gi568815583r:52009851_52212726), 202876 bp

>pF1KB8889 612
>gi568815583r:52009851_52212726 (Chr15)

(complement)

1-489  (100001-100489)   99% ->
490-612  (102754-102876)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGACCAGTTGCGGGAGCGCACCACCATGGCCGACCCGCTGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGACCAGTTGCGGGAGCGCACCACCATGGCCGACCCGCTGCGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCACCGAGCGGTTGCTGGCCGACTACCTGGGGTACTGCGCCCGGGAAC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCACCGAGCTGTTGCTGGCCGACTACCTGGGGTACTGCGCCCGGGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGCACCCCCGAGCCGGCGCCATCCACGCCCGAGGCCGCCGTGCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGGCACCCCCGAGCCGGCGCCATCCACGCCCGAGGCCGCCGTGCTGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCGCGGCCGCCAGGTTACGGCAGATTCACCGGTCCTTTTTCTCCGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCGCGGCCGCCAGGTTACGGCAGATTCACCGGTCCTTTTTCTCCGCCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCGGCTACCCCGGGAACCGCTTCGAGCTGGTGGCGCTGATGGCGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCGGCTACCCCGGGAACCGCTTCGAGCTGGTGGCGCTGATGGCGGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGTGCTCTCCGACAGCCCCGGCCCCACCTGGGGCAGAGTGGTGACGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGTGCTCTCCGACAGCCCCGGCCCCACCTGGGGCAGAGTGGTGACGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGACCTTCGCAGGGACGCTGCTGGAGAGAGGGCCGCTGGTGACCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGACCTTCGCAGGGACGCTGCTGGAGAGAGGGCCGCTGGTGACCGCCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTGGAAGAAGTGGGGCTTCCAGCCGCGGCTAAAGGAGCAGGAGGGCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTGGAAGAAGTGGGGCTTCCAGCCGCGGCTAAAGGAGCAGGAGGGCGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCGCCCGGGACTGCCAGCGCCTGGTGGCCTTGCTGAGCTCGCGGCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCGCCCGGGACTGCCAGCGCCTGGTGGCCTTGCTGAGCTCGCGGCTCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGCAGCACCGCGCCTGGCTGCAGGCTCAGGGCGGCTGG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100451 GGGCAGCACCGCGCCTGGCTGCAGGCTCAGGGCGGCTGGGTG...TAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGGCTTTTGTCACTTCTTCAGGACCCCCTTTCCACTGGCTTTTTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102756 TGGCTTTTGTCACTTCTTCAGGACCCCCTTTCCACTGGCTTTTTGGAGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AACAGCTGGTCCAGGCTTTTCTGTCATGCTTGTTAACAACAGCCTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102806 AACAGCTGGTCCAGGCTTTTCTGTCATGCTTGTTAACAACAGCCTTCATT

    600     .    :    .    :
    592 TATCTCTGGACACGATTATTA
        |||||||||||||||||||||
 102856 TATCTCTGGACACGATTATTA