seq1 = pF1KB8886.tfa, 579 bp
seq2 = pF1KB8886/gi568815594r_100087680.tfa (gi568815594r:100087680_100289983), 202304 bp

>pF1KB8886 579
>gi568815594r:100087680_100289983 (Chr4)

(complement)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-579  (101817-102304)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGCAACTGGCAGTTTGAGCAGCAAGAACCCGGCCAGCATTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGCAACTGGCAGTTTGAGCAGCAAGAACCCGGCCAGCATTTCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTGCTGGACTGTGGCTATCACCCAGAGAGCCTGCTAAGTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 ATTGCTGGACTGTGGCTATCACCCAGAGAGCCTGCTAAGTGGTG...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTTTGACTACTGGGATTATGTTGTTCCTGAACCCAACCTCAACGAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101817 ATTTTGACTACTGGGATTATGTTGTTCCTGAACCCAACCTCAACGAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATATTTGAGGAATCAACTTGCCAGAATTTGGTTAAAATGCTGGAGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101867 ATATTTGAGGAATCAACTTGCCAGAATTTGGTTAAAATGCTGGAGAACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGTCCAAATCAAAGCAAACTAAACTTGGTTGCTCAAAGGTCCTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101917 TCTGTCCAAATCAAAGCAAACTAAACTTGGTTGCTCAAAGGTCCTTGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGAGAAACTGACCCAGAGAATTGCTCAAGATGTCCTGCGGCTTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101967 CTGAGAAACTGACCCAGAGAATTGCTCAAGATGTCCTGCGGCTTTCCTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACGGAGCCCTGCGGCTTGCGAGGTTGTGTTATGCACGTGAACTTGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102017 ACGGAGCCCTGCGGCTTGCGAGGTTGTGTTATGCACGTGAACTTGGAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGAAAATGTATGTAAAAAGCTGGATAGGATTGTGTGTGATTCTAGCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102067 TGAAAATGTATGTAAAAAGCTGGATAGGATTGTGTGTGATTCTAGCGTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TACCTACTTTTGAGCTTACACTTGTGTTTAAGCAGGAGAACTGCTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102117 TACCTACTTTTGAGCTTACACTTGTGTTTAAGCAGGAGAACTGCTCATGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACTAGCTTCAGGGACTTTTTCTTTAGTAGAGGTCGCTTCTCCTCTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102167 ACTAGCTTCAGGGACTTTTTCTTTAGTAGAGGTCGCTTCTCCTCTGGTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAGGAGAACTCTGATCCTCAGCTCAGGATTTCGACTTGTTAAGAAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102217 CAGGAGAACTCTGATCCTCAGCTCAGGATTTCGACTTGTTAAGAAAAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .
    542 TTTACTCACTGATTGGAACAACAGTGATTGAAGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102267 TTTACTCACTGATTGGAACAACAGTGATTGAAGGGTCC