seq1 = pF1KB8882.tfa, 546 bp
seq2 = pF1KB8882/gi568815587f_111812830.tfa (gi568815587f:111812830_112013892), 201063 bp

>pF1KB8882 546
>gi568815587f:111812830_112013892 (Chr11)

1-94  (100001-100094)   100% ->
95-546  (100612-101063)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGGCCGCTCAGTGCCACATGCCCACCCGGCCACCGCCGAGTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGGCCGCTCAGTGCCACATGCCCACCCGGCCACCGCCGAGTACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTGCCAACCCGAGCCGCCTGGGTGAGCAGCGCTTCGGAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 ATTTGCCAACCCGAGCCGCCTGGGTGAGCAGCGCTTCGGAGAAGGTA...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95    GCCTCCTGCCAGAAGAGATCCTGACCCCCACACTCTACCATGGCTAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100609 TAGGCCTCCTGCCAGAAGAGATCCTGACCCCCACACTCTACCATGGCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGTCCGGCCTCGGGCCGCCCCAGCTGGGGAGGGCAGCAGGGCAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100659 TATGTCCGGCCTCGGGCCGCCCCAGCTGGGGAGGGCAGCAGGGCAGGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCGAGCTTAGGCTCAGTGAGGGCAAGTTCCAGGCATTTCTGGATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100709 CTCCGAGCTTAGGCTCAGTGAGGGCAAGTTCCAGGCATTTCTGGATGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCACTTTACCCCAGACGAGGTGACTGTGAGGACTGTGGATAACCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100759 GCCACTTTACCCCAGACGAGGTGACTGTGAGGACTGTGGATAACCTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGTGTCTGCCCGGCACCCCCAGCGCCTGGACCGCCACGGCTTCGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100809 GAGGTGTCTGCCCGGCACCCCCAGCGCCTGGACCGCCACGGCTTCGTGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCGAGAGTTCTGCCGCACCTATGTCCTGCCTGCTGATGTCGACCCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100859 CCGAGAGTTCTGCCGCACCTATGTCCTGCCTGCTGATGTCGACCCCTGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GAGTCCGAGCTGCTCTCTCCCATGATGGCATCTTAAACCTGGAAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100909 GAGTCCGAGCTGCTCTCTCCCATGATGGCATCTTAAACCTGGAAGCACCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGGGGTGGCCGACATTTGGACACAGAGGTCAATGAGGTCTACATCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100959 CGGGGTGGCCGACATTTGGACACAGAGGTCAATGAGGTCTACATCTCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTCCCTGCGCCTCCTGATCCAGAGGAAGAGGAGGAGGCAGCCATAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101009 GCTCCCTGCGCCTCCTGATCCAGAGGAAGAGGAGGAGGCAGCCATAGTTG

    550     .
    542 AGCCC
        |||||
 101059 AGCCC