seq1 = pF1KB8842.tfa, 1455 bp
seq2 = pF1KB8842/gi568815578f_45782593.tfa (gi568815578f:45782593_45984047), 201455 bp

>pF1KB8842 1455
>gi568815578f:45782593_45984047 (Chr20)

1-1455  (100001-101455)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTGAGAGACTCAAAGCCCCGTGGTCAGCTGCCCTGCAAAGAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTGAGAGACTCAAAGCCCCGTGGTCAGCTGCCCTGCAAAGAAAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTTGACCTTGGCATTTGGACAGCTCCCATCTCTCCCATGGCCCTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTTGACCTTGGCATTTGGACAGCTCCCATCTCTCCCATGGCCCTGACAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGAATGGGCTCCTGATTAAGGACTCAAGCCCACCTATGCTGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGAATGGGCTCCTGATTAAGGACTCAAGCCCACCTATGCTGCTGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGTTAACAAGACTGCCCAGTTAGATACCTTCAACTACCAGAGCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGTTAACAAGACTGCCCAGTTAGATACCTTCAACTACCAGAGCTGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TATGCAAAGTGTCTTTGACCATTTCCCTGAGATCTTATTTATCCACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TATGCAAAGTGTCTTTGACCATTTCCCTGAGATCTTATTTATCCACCGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTATAACCCAAGGGGTAAGGTCTTATATACCTTCCTGGTGGATGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTATAACCCAAGGGGTAAGGTCTTATATACCTTCCTGGTGGATGGACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGGGTGCAGCTGGAGGGTCATCTTGCCCGAGCAGTCTACTTTGCCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGGGTGCAGCTGGAGGGTCATCTTGCCCGAGCAGTCTACTTTGCCATCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCCAAGGAGGACACTGAAGGCCTGGCCCAGATGTTCCAAGTATTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCCAAGGAGGACACTGAAGGCCTGGCCCAGATGTTCCAAGTATTCAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGTTTAATCCAGCATGGGAGAGAGTCTGTACCATCCTGGTGGATCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGTTTAATCCAGCATGGGAGAGAGTCTGTACCATCCTGGTGGATCCTCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCCTTCCACTGCCTATCCTAGCTATGGAGTTCCCCACAGCTGAGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCCTTCCACTGCCTATCCTAGCTATGGAGTTCCCCACAGCTGAGGTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCTCTCAGCCTTCCACATTTGTAAGTTCCTCCAGGCCAAGTTCTATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCTCTCAGCCTTCCACATTTGTAAGTTCCTCCAGGCCAAGTTCTATCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTCCCTTGAACGGCCCGTGGAAAGGCTGCTCCTGACCTCCCTGCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTCCCTTGAACGGCCCGTGGAAAGGCTGCTCCTGACCTCCCTGCAGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACAATGTGCTCAGCCACAGCAGGCAACCTGAGAAAGTTGTATACACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACAATGTGCTCAGCCACAGCAGGCAACCTGAGAAAGTTGTATACACTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAGCAACTGCATCCCTCCAGCCAAGCTGCCCGAGCTTCACTCACACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAGCAACTGCATCCCTCCAGCCAAGCTGCCCGAGCTTCACTCACACTGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGCTCAACGACCGCATCTGGCTGGCTCACCGCTGGAGAAGCCGAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGCTCAACGACCGCATCTGGCTGGCTCACCGCTGGAGAAGCCGAGCTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCAGCCACTACTTCCAGAGCCTCGAGGTCACCACCCACATCCTCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGCAGCCACTACTTCCAGAGCCTCGAGGTCACCACCCACATCCTCAGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTTCTTTGGTACCACCCCATCTGAGAAACAAGGTATGGCTTCTCTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GTTCTTTGGTACCACCCCATCTGAGAAACAAGGTATGGCTTCTCTGTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTTACATGCAGCAGAACTCTGCAGACAAGGCAAACTTCAACCAGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTTACATGCAGCAGAACTCTGCAGACAAGGCAAACTTCAACCAGGGCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGTGCCCAGAACAATCATGCTCCCTCAGACACCATCCCCGAAAGCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TGTGCCCAGAACAATCATGCTCCCTCAGACACCATCCCCGAAAGCCCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 ACTGGAGCAGCTGGTAGAATCCCACATCCAGCACTCCCTCAATGCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 ACTGGAGCAGCTGGTAGAATCCCACATCCAGCACTCCCTCAATGCCATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GCACAGGGCCAGCAGCCCAACTGTGCCTGGGCGAGCTTGCTGTGGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GCACAGGGCCAGCAGCCCAACTGTGCCTGGGCGAGCTTGCTGTGGTCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AAATCCACACACCTCATTGGCTCTGGCTCAGAAAAGATGAACATACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AAATCCACACACCTCATTGGCTCTGGCTCAGAAAAGATGAACATACAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCTGGAAGATACCCATAAGGTGCAGCCCCAGCCCCCTGCCAGCTGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCTGGAAGATACCCATAAGGTGCAGCCCCAGCCCCCTGCCAGCTGCAGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GCTACTTTAACCAGGCCCTCCACCTGCCCTGCCGCCACATCCTAGCCATG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GCTACTTTAACCAGGCCTTCCACCTGCCCTGCCGCCACATCCTAGCCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CTCAGTGCCCGCCGCCAGGTGCTCCAGCCCGACATGCTGCCGGCTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CTCAGTGCCCGCCGCCAGGTGCTCCAGCCCGACATGCTGCCGGCTCAGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GACGGCAGGCTGTGCTACCAGTCTAGACAGCATCCTGGGCAGCAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GACGGCAGGCTGTGCTACCAGTCTAGACAGCATCCTGGGCAGCAAGTGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GTGAGACCCTGGATAAGCACCTGGCAGTGACTCACCTCACCGAGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GTGAGACCCTGGATAAGCACCTGGCAGTGACTCACCTCACCGAGGAGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GGTCAGCTGTTGCAGCACTGCACCAAGGAGGAGTTTGAGCGGAGGTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GGTCAGCTGTTGCAGCACTGCACCAAGGAGGAGTTTGAGCGGAGGTATAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CACCCTGCGGGAACTGGCCGACAGCTGGATTGGGCCTTATGAGCAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CACCCTGCGGGAACTGGCCGACAGCTGGATTGGGCCTTATGAGCAGGTCC

   1450     .
   1451 AACTC
        |||||
 101451 AACTC