seq1 = pF1KB8840.tfa, 1401 bp
seq2 = pF1KB8840/gi568815595r_49062808.tfa (gi568815595r:49062808_49264208), 201401 bp

>pF1KB8840 1401
>gi568815595r:49062808_49264208 (Chr3)

(complement)

1-1401  (100001-101401)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGTGGTGGTTCAGCATGTGGAGGAAAAAGCTGTGCACTCCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGTGGTGGTTCAGCATGTGGAGGAAAAAGCTGTGCACTCCTGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCATCTCCACGGCAGGGAAGAAGGCCCTGGAAGAGGCACTGCTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCATCTCCACGGCAGGGAAGAAGGCCCTGGAAGAGGCACTGCTTGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTAACCCAATGAGCCAGGATCTCAGTGCCACAGAGGCCCAGCTTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTAACCCAATGAGCCAGGATCTCAGTGCCACAGAGGCCCAGCTTGTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCTGCAGGGCCTGCGAGATGATGGCTTCCAACCTACCATCCTGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCCTGCAGGGCCTGCGAGATGATGGCTTCCAACCTACCATCCTGCGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGTGATGTCTATGGCTATAGTTCATGCACAGCTAATCCCCCAAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGTGATGTCTATGGCTATAGTTCATGCACAGCTAATCCCCCAAGCCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGAAACTGCAAGCTCGTGCCCCTAACCCAACTGCCACATCACCTCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGAAACTGCAAGCTCGTGCCCCTAACCCAACTGCCACATCACCTCCAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGTGCTCCCCGAACTGCCATGCGGTTGCCTGCAGGTCGGGCCACACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGTGCTCCCCGAACTGCCATGCGGTTGCCTGCAGGTCGGGCCACACTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCCCATGCCGCTATCTGGCAGACTGGCCAAAGCATCCACACCAGCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCCCATGCCGCTATCTGGCAGACTGGCCAAAGCATCCACACCAGCCCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCAAGCATGCTACCACCAACCTGCTGCTGAGCTCTCTGAAGCAATCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCAAGCATGCTACCACCAACCTGCTGCTGAGCTCTCTGAAGCAATCAAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCAGCCATGCCCGGGGTGCAGCAGTGGGCTTCCCCACCCACCTTTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCAGCCATGCCCGGGGTGCAGCAGTGGGCTTCCCCACCCACCTTTATCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGGTGTCTACCCTGCCATGCGGCTCTCTGTTGTCCTTGAGGCCCTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGGTGTCTACCCTGCCATGCGGCTCTCTGTTGTCCTTGAGGCCCTGGTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CACTTAAGACTCCCATGCCCTGCTTGGGTGCCAAGCACAAGGCACAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CACTTAAGACTCCCATGCCCTGCTTGGGTGCCAAGCACAAGGCACAGTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGCAGCTCTCACTTGCAGACTCTCCTCTGAAACTGCGGAAAAGTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGCAGCTCTCACTTGCAGACTCTCCTCTGAAACTGCGGAAAAGTTCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAAGGGTCCGGGGAACCCTCGGCCCAAAGCTCCCAGAAAAACCACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAAGGGTCCGGGGAACCCTCGGCCCAAAGCTCCCAGAAAAACCACAAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGGCCCCAAGTGTCTGACTCGCAAAGGCCCTGGGGCTGGACCCCGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGGCCCCAAGTGTCTGACTCGCAAAGGCCCTGGGGCTGGACCCCGACGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCTCTGGGCACCAGAGCAAAACCAACAGAGCCACTGGGTCCCCCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGCTCTGGGCACCAGAGCAAAACCAACAGAGCCACTGGGTCCCCCAGTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCGGCGAATGAAAGGGGGCTCTGCCCTGGGCACCAAAACAGCCCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCGGCGAATGAAAGGGGGCTCTGCCCTGGGCACCAAAACAGCCCAGGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGGTAGCTCGAACACTGGCCAAAGCTGCTCGTGCCCAAGCCAAGGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGGTAGCTCGAACACTGGCCAAAGCTGCTCGTGCCCAAGCCAAGGTGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CGAACACAGGCCAAGGCTGCTAAGGCCCGGGCCAAGGCCAAGGCAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100901 CGAACACAGGCCAAGGCTGCTAAGGCCCGGGCCAAGGCCAAGGCAGCACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGTCAAGGCTAAGGCCAAAGCTAAGGCAGCACAGGTCAAGGCCAAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGTCAAGGCTAAGGCCAAAGCTAAGGCAGCACAGGTCAAGGCCAAGGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AAGTCATGGCAGCACGGGCCAAGGCCAAGGCTAAAGCCAAGGCAGTACGG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AAGTCATGGCAGCATGGGCCAAGGCCAAGGCTAAAGCCAAGGCAGTACGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCCAAGGCCAAGGTGGCTCGGACCCAGCCCAGGGGCAGAGGCAGGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GCCAAGGCCAAGGTGGCTCGGACCCAGCCCAGGGGCAGAGGCAGGCCAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGGATCTGCTAAGGCCAGAACTACAAGGAAGGGCCAGAAAAACCGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGGATCTGCTAAGGCCAGAACTACAAGGAAGGGCCAGAAAAACCGCCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGACTGTTGGGCAGAAGAGGAAAAGGGCTGAGGAGGCAAAAGATCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGACTGTTGGGCAGAAGAGGAAAAGGGCTGAGGAGGCAAAAGATCTTCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CCCAAGAAGAGAACACGGCTTGGGCCCCGATCTCCTAAGGCATGGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CCCAAGAAGAGAACACGGCTTGGGCCCCGATCTCCTAAGGCATGGCTAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GCCTGGAACAGCAAAGCTGCTGAAGTTCCGTGCCATAAAGGTAGATAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GCCTGGAACAGCAAAGCTGCTGAAGTTCCGTGCCATAAAGGTAGATAGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GGTCCTCGGATGATGAGGTGCGGCAGCGGGCTCAGCGGATCCTCCGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GGTCCTCGGATGATGAGGTGCGGCAGCGGGCTCAGCGGATCCTCCGCGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 AACCTGTCACCTGTAATACGGCTCCAGCCATTGCTGCCATATTCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 AACCTGTCACCTGTAATACGGCTCCAGCCATTGCTGCCATATTCAGCAGT

   1400 
   1401 C
        |
 101401 C