seq1 = pF1KB8831.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KB8831/gi568815594f_163250274.tfa (gi568815594f:163250274_163451608), 201335 bp

>pF1KB8831 1335
>gi568815594f:163250274_163451608 (Chr4)

1-1335  (100001-101335)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTAGAGCTCGACGAGTATTATAACAAGACACTTGCCACAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTTAGAGCTCGACGAGTATTATAACAAGACACTTGCCACAGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAATACTGCTGCCACTCGGAATTCTGATTTCCCAGTCTGGGATGACTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAATACTGCTGCCACTCGGAATTCTGATTTCCCAGTCTGGGATGACTATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAGCAGTGTAGATGACTTACAGTATTTTCTGATTGGGCTCTATACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAGCAGTGTAGATGACTTACAGTATTTTCTGATTGGGCTCTATACATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTAAGTCTTCTTGGCTTTATGGGGAATCTACTTATTTTAATGGCTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTAAGTCTTCTTGGCTTTATGGGGAATCTACTTATTTTAATGGCTCTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAAAAGCGTAATCAGAAGACTACGGTAAACTTCCTCATAGGCAATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAAAAGCGTAATCAGAAGACTACGGTAAACTTCCTCATAGGCAATCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTTTTCTGATATCTTGGTTGTGCTGTTTTGCTCACCTTTCACACTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTTTTCTGATATCTTGGTTGTGCTGTTTTGCTCACCTTTCACACTGACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCTGTCTTGCTGGATCAGTGGATGTTTGGCAAAGTCATGTGCCATATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCTGTCTTGCTGGATCAGTGGATGTTTGGCAAAGTCATGTGCCATATTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCTTTTCTTCAATGTGTGTCAGTTTTGGTTTCAACTTTAATTTTAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCTTTTCTTCAATGTGTGTCAGTTTTGGTTTCAACTTTAATTTTAATAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAATTGCCATTGTCAGGTATCATATGATAAAACATCCCATATCTAATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAATTGCCATTGTCAGGTATCATATGATAAAACATCCCATATCTAATAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTAACAGCAAACCATGGCTACTTTCTGATAGCTACTGTCTGGACACTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTAACAGCAAACCATGGCTACTTTCTGATAGCTACTGTCTGGACACTAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTTGCCATCTGTTCTCCCCTTCCAGTGTTTCACAGTCTTGTGGAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTTGCCATCTGTTCTCCCCTTCCAGTGTTTCACAGTCTTGTGGAACTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAGAAACATTTGGTTCAGCATTGCTGAGCAGCAGGTATTTATGTGTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AAGAAACATTTGGTTCAGCATTGCTGAGCAGCAGGTATTTATGTGTTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCATGGCCATCTGATTCATACAGAATTGCCTTTACTATCTCTTTATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCATGGCCATCTGATTCATACAGAATTGCCTTTACTATCTCTTTATTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGTTCAGTATATTCTGCCCTTAGTTTGTCTTACTGTAAGTCATACAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGTTCAGTATATTCTGCCCTTAGTTTGTCTTACTGTAAGTCATACAAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCTGCAGAAGTATAAGCTGTGGATTGTCCAACAAAGAAAACAGACTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCTGCAGAAGTATAAGCTGTGGATTGTCCAACAAAGAAAACAGACTTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAAAATGAGATGATCAACTTAACTCTTCATCCATCCAAAAAGAGTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GAAAATGAGATGATCAACTTAACTCTTCATCCATCCAAAAAGAGTGGGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCAGGTGAAACTCTCTGGCAGCCATAAATGGAGTTATTCATTCATCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCAGGTGAAACTCTCTGGCAGCCATAAATGGAGTTATTCATTCATCAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AACACAGAAGAAGATATAGCAAGAAGACAGCATGTGTGTTACCTGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AACACAGAAGAAGATATAGCAAGAAGACAGCATGTGTGTTACCTGCTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAAAGACCTTCTCAAGAGAACCACTCCAGAATACTTCCAGAAAACTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GAAAGACCTTCTCAAGAGAACCACTCCAGAATACTTCCAGAAAACTTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTCTGTAAGAAGTCAGCTCTCTTCATCCAGTAAGTTCATACCAGGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTCTGTAAGAAGTCAGCTCTCTTCATCCAGTAAGTTCATACCAGGGGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCACTTGCTTTGAGATAAAACCTGAAGAAAATTCAGATGTTCATGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCACTTGCTTTGAGATAAAACCTGAAGAAAATTCAGATGTTCATGAATTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGAGTAAAACGTTCTGTTACAAGAATAAAAAAGAGATCTCGAAGTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGAGTAAAACGTTCTGTTACAAGAATAAAAAAGAGATCTCGAAGTGTTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CTACAGACTGACCATACTGATATTAGTATTTGCTGTTAGTTGGATGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CTACAGACTGACCATACTGATATTAGTATTTGCTGTTAGTTGGATGCCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TACACCTTTTCCATGTGGTAACTGATTTTAATGACAATCTTATTTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TACACCTTTTCCATGTGGTAACTGATTTTAATGACAATCTTATTTCAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AGGCATTTCAAGTTGGTGTATTGCATTTGTCATTTGTTGGGCATGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AGGCATTTCAAGTTGGTGTATTGCATTTGTCATTTGTTGGGCATGATGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CTGTTGTCTTAATCCAATTCTATATGGGTTTCTTAATAATGGGATTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CTGTTGTCTTAATCCAATTCTATATGGGTTTCTTAATAATGGGATTAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1301 CTGATTTAGTGTCCCTTATACACTGTCTTCATATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CTGATTTAGTGTCCCTTATACACTGTCTTCATATG