seq1 = pF1KB8828.tfa, 1302 bp
seq2 = pF1KB8828/gi568815586f_56020563.tfa (gi568815586f:56020563_56221864), 201302 bp

>pF1KB8828 1302
>gi568815586f:56020563_56221864 (Chr12)

1-1302  (100001-101302)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGACCGGGACAGCTATGCCAACGGTACCGGGAGCAGCGGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGACCGGGACAGCTATGCCAACGGTACCGGGAGCAGCGGTGGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTGGAGGTGGTGGCAGCGAGGAGGCCAGTGGGGCAGGGGTAGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCTGGAGGTGGTGGCAGCGAGGAGGCCAGTGGGGCAGGGGTAGGCAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGGGCCAGCTCAGATGCCATCTGTAGAGACTTCTTGAGGAATGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGGGCCAGCTCAGATGCCATCTGTAGAGACTTCTTGAGGAATGTGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCGAGGCAAGCGTTGCCGATATCGCCACCCAGACATGAGCGAGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCGAGGCAAGCGTTGCCGATATCGCCACCCAGACATGAGCGAGGTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACTTGGGGGTGAGCAAAAACGAGTTCATCTTCTGCCATGACTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACTTGGGGGTGAGCAAAAACGAGTTCATCTTCTGCCATGACTTCCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACAAGGAGTGTAGCCGCCCAAATTGCCGTTTCATCCATGGCTCCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACAAGGAGTGTAGCCGCCCAAATTGCCGTTTCATCCATGGCTCCAAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATGAGGATGGCTATAAGAAGACAGGAGAGCTTCCCCCACGGCTGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GATGAGGATGGCTATAAGAAGACAGGAGAGCTTCCCCCACGGCTGAGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAAGTAGCAGCTGGCCTTGGCCTTTCACCGGCTGACCTACCAAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAAAGTAGCAGCTGGCCTTGGCCTTTCACCGGCTGACCTACCAAATGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGAGGAGGTCCCTATCTGCCGTGACTTTCTCAAGGGTGACTGTCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGAGGAGGTCCCTATCTGCCGTGACTTTCTCAAGGGTGACTGTCAGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGAGCCAAGTGCAAGTTCCGTCACCTGCAACGGGATTTTGAGTTTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGAGCCAAGTGCAAGTTCCGTCACCTGCAACGGGATTTTGAGTTTGATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCGGGGTGGAGGAGGCACTGGTGGGGGCTCAACAGGCTCAGTCCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCGGGGTGGAGGAGGCACTGGTGGGGGCTCAACAGGCTCAGTCCTCCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GACGACGTCATGATCTCTATGATATCTATGACCTTCCTGACAGGGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GACGACGTCATGATCTCTATGATATCTATGACCTTCCTGACAGGGGCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGGACCATGAGCCAGGCCCAAAACGCCGGCGAGGTGGATGCTGCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGGACCATGAGCCAGGCCCAAAACGCCGGCGAGGTGGATGCTGCCCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGATGGCCCTCATTTTGAGTCATATGAATATAGTTTGGCTCCACCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGATGGCCCTCATTTTGAGTCATATGAATATAGTTTGGCTCCACCGCGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGGTGGAGTGCAGACTGCTAGAGGAGGAGAATGCCATGCTCAGGAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGGTGGAGTGCAGACTGCTAGAGGAGGAGAATGCCATGCTCAGGAAGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTAGAGGAGTTAAAGAAGCAGGTCAGCAACCTGCTGGCCACCAATGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTAGAGGAGTTAAAGAAGCAGGTCAGCAACCTGCTGGCCACCAATGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACTACTGGAACAAAATGCTCAGTTCCGCAATCAGGCCAAGGTCATAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACTACTGGAACAAAATGCTCAGTTCCGCAATCAGGCCAAGGTCATAACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGAGCTCCACTGCACCAGCGACTGAGCAGACTCTGGCCCCCACTGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGAGCTCCACTGCACCAGCGACTGAGCAGACTCTGGCCCCCACTGTGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACTGTTGCCACTTTTAACCATGGCATTGCCCAGACTCACACTACTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACTGTTGCCACTTTTAACCATGGCATTGCCCAGACTCACACTACTCTCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAGCCAGGCTCTACAGCCTCGTCCAGTGTCCCAGCAAGAACTGGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAGCCAGGCTCTACAGCCTCGTCCAGTGTCCCAGCAAGAACTGGTGGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CTGCTGGAGCTCCAGCTGCTCCCCCAACTAATGCTGCACCTCCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CTGCTGGAGCTCCAGCTGCTCCCCCAACTAATGCTGCACCTCCTGCTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CCACCACCCCCACCCCCACACTTGACCCCAGAGATCACGCCACTGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CCACCACCCCCACCCCCACACTTGACCCCAGAGATCACGCCACTGTCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TGCCCTGGCTCAAACAATTGCCCAGGGAATGGCACCTCCACCTGTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TGCCCTGGCTCAAACAATTGCCCAGGGAATGGCACCTCCACCTGTCTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TGGCTCCTGTGGCTGTATCTGTGGCTCCTGTGGCCCCTGTGGCTGTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TGGCTCCTGTGGCTGTATCTGTGGCTCCTGTGGCCCCTGTGGCTGTATCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ATGGCCCAACCCTTGGCAGGAATCACAATGAGCCACACCACCACTCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 ATGGCCCAACCCTTGGCAGGAATCACAATGAGCCACACCACCACTCCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGTGACTTACCCTATCGCTTCCCAGAGCATGCGCATCACGGCCATGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGTGACTTACCCTATCGCTTCCCAGAGCATGCGCATCACGGCCATGCCAC

   1300 
   1301 AC
        ||
 101301 AC