seq1 = pF1KB8806.tfa, 1065 bp
seq2 = pF1KB8806/gi568815595r_46103249.tfa (gi568815595r:46103249_46304313), 201065 bp

>pF1KB8806 1065
>gi568815595r:46103249_46304313 (Chr3)

(complement)

1-1065  (100001-101065)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACTCCAAACACCACAGAGGACTATGACACGACCACAGAGTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACTCCAAACACCACAGAGGACTATGACACGACCACAGAGTTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTATGGGGATGCAACTCCGTGCCAGAAGGTGAACGAGAGGGCCTTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTATGGGGATGCAACTCCGTGCCAGAAGGTGAACGAGAGGGCCTTTGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCAACTGCTGCCCCCTCTGTACTCCTTGGTATTTGTCATTGGCCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCAACTGCTGCCCCCTCTGTACTCCTTGGTATTTGTCATTGGCCTGGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGAAACATCCTGGTGGTCCTGGTCCTTGTGCAATACAAGAGGCTAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGAAACATCCTGGTGGTCCTGGTCCTTGTGCAATACAAGAGGCTAAAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGACCAGCATCTACCTCCTGAACCTGGCCATTTCTGACCTGCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGACCAGCATCTACCTCCTGAACCTGGCCATTTCTGACCTGCTCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTTCACGCTTCCCTTCTGGATCGACTACAAGTTGAAGGATGACTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTTCACGCTTCCCTTCTGGATCGACTACAAGTTGAAGGATGACTGGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGGTGATGCCATGTGTAAGATCCTCTCTGGGTTTTATTACACAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGGTGATGCCATGTGTAAGATCCTCTCTGGGTTTTATTACACAGGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTACAGCGAGATCTTTTTCATCATCCTGCTGACGATTGACAGGTACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTACAGCGAGATCTTTTTCATCATCCTGCTGACGATTGACAGGTACCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCGTCCACGCCGTGTTTGCCTTGCGGGCACGGACCGTCACTTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATCGTCCACGCCGTGTTTGCCTTGCGGGCACGGACCGTCACTTTTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCATCACCAGCATCATCATTTGGGCCCTGGCCATCTTGGCTTCCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTCATCACCAGCATCATCATTTGGGCCCTGGCCATCTTGGCTTCCATGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGGCTTATACTTTTCCAAGACCCAATGGGAATTCACTCACCACACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGGCTTATACTTTTCCAAGACCCAATGGGAATTCACTCACCACACCTGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCCTTCACTTTCCTCACGAAAGCCTACGAGAGTGGAAGCTGTTTCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCCTTCACTTTCCTCACGAAAGCCTACGAGAGTGGAAGCTGTTTCAGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGAAACTGAACCTCTTTGGGCTGGTATTGCCTTTGTTGGTCATGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGAAACTGAACCTCTTTGGGCTGGTATTGCCTTTGTTGGTCATGATCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTGCTACACAGGGATTATAAAGATTCTGCTAAGACGACCAAATGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTGCTACACAGGGATTATAAAGATTCTGCTAAGACGACCAAATGAGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AATCCAAAGCTGTCCGTTTGATTTTTGTCATCATGATCATCTTTTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AATCCAAAGCTGTCCGTTTGATTTTTGTCATCATGATCATCTTTTTTCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTTGGACCCCCTACAATTTGACTATACTTATTTCTGTTTTCCAAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTTGGACCCCCTACAATTTGACTATACTTATTTCTGTTTTCCAAGACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCTGTTCACCCATGAGTGTGAGCAGAGCAGACATTTGGACCTGGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCTGTTCACCCATGAGTGTGAGCAGAGCAGACATTTGGACCTGGCTGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AAGTGACGGAGGTGATCGCCTACACGCACTGCTGTGTCAACCCAGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AAGTGACGGAGGTGATCGCCTACACGCACTGCTGTGTCAACCCAGTGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TACGCCTTCGTTGGTGAGAGGTTCCGGAAGTACCTGCGGCAGTTGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TACGCCTTCGTTGGTGAGAGGTTCCGGAAGTACCTGCGGCAGTTGTTCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAGGCGTGTGGCTGTGCACCTGGTTAAATGGCTCCCCTTCCTCTCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAGGCGTGTGGCTGTGCACCTGGTTAAATGGCTCCCCTTCCTCTCCGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACAGGCTGGAGAGGGTCAGCTCCACATCTCCCTCCACAGGGGAGCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACAGGCTGGAGAGGGTCAGCTCCACATCTCCCTCCACAGGGGAGCATGAA

   1050     .    :    .
   1051 CTCTCTGCTGGGTTC
        |||||||||||||||
 101051 CTCTCTGCTGGGTTC