seq1 = pF1KB8804.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KB8804/gi568815595f_132500398.tfa (gi568815595f:132500398_132701447), 201050 bp

>pF1KB8804 1050
>gi568815595f:132500398_132701447 (Chr3)

1-1050  (100001-101050)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTTGGAACAGAACCAGTCAACAGATTATTATTATGAGGAAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTTGGAACAGAACCAGTCAACAGATTATTATTATGAGGAAAATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATGAATGGCACTTATGACTACAGTCAATATGAACTGATCTGTATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATGAATGGCACTTATGACTACAGTCAATATGAACTGATCTGTATCAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGATGTCAGAGAATTTGCAAAAGTTTTCCTCCCTGTATTCCTCACAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGATGTCAGAGAATTTGCAAAAGTTTTCCTCCCTGTATTCCTCACAATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTTTCGTCATTGGACTTGCAGGCAATTCCATGGTAGTGGCAATTTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTTTTCGTCATTGGACTTGCAGGCAATTCCATGGTAGTGGCAATTTATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTATTACAAGAAACAGAGAACCAAAACAGATGTGTACATCCTGAATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTATTACAAGAAACAGAGAACCAAAACAGATGTGTACATCCTGAATTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGTAGCAGATTTACTCCTTCTATTCACTCTGCCTTTTTGGGCTGTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGTAGCAGATTTACTCCTTCTATTCACTCTGCCTTTTTGGGCTGTTAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCAGTTCATGGGTGGGTTTTAGGGAAAATAATGTGCAAAATAACTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCAGTTCATGGGTGGGTTTTAGGGAAAATAATGTGCAAAATAACTTCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTGTACACACTAAACTTTGTCTCTGGAATGCAGTTTCTGGCTTGTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTGTACACACTAAACTTTGTCTCTGGAATGCAGTTTCTGGCTTGTATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCATAGACAGATATGTGGCAGTAACTAAAGTCCCCAGCCAATCAGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCATAGACAGATATGTGGCAGTAACTAAAGTCCCCAGCCAATCAGGAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGAAAACCATGCTGGATCATCTGTTTCTGTGTCTGGATGGCTGCCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGAAAACCATGCTGGATCATCTGTTTCTGTGTCTGGATGGCTGCCATCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTGAGCATACCCCAGCTGGTTTTTTATACAGTAAATGACAATGCTAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTGAGCATACCCCAGCTGGTTTTTTATACAGTAAATGACAATGCTAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCATTCCCATTTTCCCCCGCTACCTAGGAACATCAATGAAAGCATTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCATTCCCATTTTCCCCCGCTACCTAGGAACATCAATGAAAGCATTGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAAATGCTAGAGATCTGCATTGGATTTGTAGTACCCTTTCTTATTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAAATGCTAGAGATCTGCATTGGATTTGTAGTACCCTTTCTTATTATGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGTGTGCTACTTTATCACAGCAAGGACACTCATGAAGATGCCAAACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGTGTGCTACTTTATCACAGCAAGGACACTCATGAAGATGCCAAACATTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAATATCTCGACCCCTAAAAGTTCTGCTCACAGTCGTTATAGTTTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAATATCTCGACCCCTAAAAGTTCTGCTCACAGTCGTTATAGTTTTCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTCACTCAACTGCCTTATAACATTGTCAAGTTCTGCCGAGCCATAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTCACTCAACTGCCTTATAACATTGTCAAGTTCTGCCGAGCCATAGACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATCTACTCCCTGATCACCAGCTGCAACATGAGCAAACGCATGGACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATCTACTCCCTGATCACCAGCTGCAACATGAGCAAACGCATGGACATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCATCCAAGTCACAGAAAGCATCGCACTCTTTCACAGCTGCCTCAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCATCCAAGTCACAGAAAGCATCGCACTCTTTCACAGCTGCCTCAACCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATCCTTTATGTTTTTATGGGAGCATCTTTCAAAAACTACGTTATGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATCCTTTATGTTTTTATGGGAGCATCTTTCAAAAACTACGTTATGAAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGCCAAGAAATATGGGTCCTGGAGAAGACAGAGACAAAGTGTGGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGCCAAGAAATATGGGTCCTGGAGAAGACAGAGACAAAGTGTGGAGGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TTCCTTTTGATTCTGAGGGTCCTACAGAGCCAACCAGTACTTTTAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TTCCTTTTGATTCTGAGGGTCCTACAGAGCCAACCAGTACTTTTAGCATT