seq1 = pF1KB8800.tfa, 1026 bp
seq2 = pF1KB8800/gi568815595f_45846482.tfa (gi568815595f:45846482_46047507), 201026 bp

>pF1KB8800 1026
>gi568815595f:45846482_46047507 (Chr3)

1-1026  (100001-101026)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGCATGATTACCATGAAGACTATGGGTTCAGCAGTTTCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGCATGATTACCATGAAGACTATGGGTTCAGCAGTTTCAATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCAGCCAGGAGGAGCATCAAGACTTCCTGCAGTTCAGCAAGGTCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCAGCCAGGAGGAGCATCAAGACTTCCTGCAGTTCAGCAAGGTCTTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCCTGCATGTACCTGGTGGTGTTTGTCTGTGGTCTGGTGGGGAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCCCTGCATGTACCTGGTGGTGTTTGTCTGTGGTCTGGTGGGGAACTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGTGCTGGTCATATCCATCTTCTACCATAAGTTGCAGAGCCTGACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGTGCTGGTCATATCCATCTTCTACCATAAGTTGCAGAGCCTGACGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTGTTCCTGGTGAACCTACCCCTGGCTGACCTGGTGTTTGTCTGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTGTTCCTGGTGAACCTACCCCTGGCTGACCTGGTGTTTGTCTGCACTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCCCTTCTGGGCCTATGCAGGCATCCATGAATGGGTGTTTGGCCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCCCTTCTGGGCCTATGCAGGCATCCATGAATGGGTGTTTGGCCAGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGTGCAAGAGCCTACTGGGCATCTACACTATTAACTTCTACACGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGTGCAAGAGCCTACTGGGCATCTACACTATTAACTTCTACACGTCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTCATCCTCACCTGCATCACTGTGGATCGTTTCATTGTAGTGGTTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTCATCCTCACCTGCATCACTGTGGATCGTTTCATTGTAGTGGTTAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCACCAAGGCCTACAACCAGCAAGCCAAGAGGATGACCTGGGGCAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCACCAAGGCCTACAACCAGCAAGCCAAGAGGATGACCTGGGGCAAGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACCAGCTTGCTCATCTGGGTGATATCCCTGCTGGTTTCCTTGCCCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACCAGCTTGCTCATCTGGGTGATATCCCTGCTGGTTTCCTTGCCCCAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TATCTATGGCAATGTCTTTAATCTCGACAAGCTCATATGTGGTTACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TATCTATGGCAATGTCTTTAATCTCGACAAGCTCATATGTGGTTACCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACGAGGCAATTTCCACTGTGGTTCTTGCCACCCAGATGACACTGGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACGAGGCAATTTCCACTGTGGTTCTTGCCACCCAGATGACACTGGGGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTCTTGCCACTGCTCACCATGATTGTCTGCTATTCAGTCATAATCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTCTTGCCACTGCTCACCATGATTGTCTGCTATTCAGTCATAATCAAAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ACTGCTTCATGCTGGAGGCTTCCAGAAGCACAGATCTCTAAAGATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ACTGCTTCATGCTGGAGGCTTCCAGAAGCACAGATCTCTAAAGATCATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCCTGGTGATGGCTGTGTTCCTGCTGACCCAGATGCCCTTCAACCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCCTGGTGATGGCTGTGTTCCTGCTGACCCAGATGCCCTTCAACCTCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAGTTCATCCGCAGCACACACTGGGAATACTATGCCATGACCAGCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAGTTCATCCGCAGCACACACTGGGAATACTATGCCATGACCAGCTTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTACACCATCATGGTGACAGAGGCCATCGCATACCTGAGGGCCTGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTACACCATCATGGTGACAGAGGCCATCGCATACCTGAGGGCCTGCCTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACCCTGTGCTCTATGCCTTTGTCAGCCTGAAGTTTCGAAAGAACTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACCCTGTGCTCTATGCCTTTGTCAGCCTGAAGTTTCGAAAGAACTTCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAACTTGTGAAGGACATTGGTTGCCTCCCTTACCTTGGGGTCTCACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAACTTGTGAAGGACATTGGTTGCCTCCCTTACCTTGGGGTCTCACATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 ATGGAAATCTTCTGAGGACAATTCCAAGACTTTTTCTGCCTCCCACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 ATGGAAATCTTCTGAGGACAATTCCAAGACTTTTTCTGCCTCCCACAATG

   1000     .    :    .    :    .
   1001 TGGAGGCCACCAGCATGTTCCAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGGAGGCCACCAGCATGTTCCAGTTA