seq1 = pF1KB8796.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KB8796/gi568815595r_45920949.tfa (gi568815595r:45920949_46121947), 200999 bp

>pF1KB8796 999
>gi568815595r:45920949_46121947 (Chr3)

(complement)

1-999  (100001-100999)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCCTCAGGCAACCCAGAGAGCACCACCTTTTTTTACTATGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTCCTCAGGCAACCCAGAGAGCACCACCTTTTTTTACTATGACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGAGCCAGCCGTGTGAGAACCAGGCCTGGGTCTTTGCTACCCTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGAGCCAGCCGTGTGAGAACCAGGCCTGGGTCTTTGCTACCCTCGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACTGTCCTATACTGCCTGGTGTTTCTCCTCAGCCTAGTGGGCAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACTGTCCTATACTGCCTGGTGTTTCTCCTCAGCCTAGTGGGCAACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGTCCTGTGGGTCCTGGTGAAGTATGAGAGCCTGGAGTCCCTCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGTCCTGTGGGTCCTGGTGAAGTATGAGAGCCTGGAGTCCCTCACCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCTTCATCCTCAACCTGTGCCTCTCAGACCTGGTGTTCGCCTGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATCTTCATCCTCAACCTGTGCCTCTCAGACCTGGTGTTCGCCTGCTTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCCTGTGTGGATCTCCCCATACCACTGGGGCTGGGTGCTGGGAGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCCTGTGTGGATCTCCCCATACCACTGGGGCTGGGTGCTGGGAGACTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTGCAAACTCCTCAATATGATCTTCTCCATCAGCCTCTACAGCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCTGCAAACTCCTCAATATGATCTTCTCCATCAGCCTCTACAGCAGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTCTTCCTGACCATCATGACCATCCACCGCTACCTGTCGGTAGTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTCTTCCTGACCATCATGACCATCCACCGCTACCTGTCGGTAGTGAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCTCTCCACCCTGCGCGTCCCCACCCTCCGCTGCCGGGTGCTGGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCTCTCCACCCTGCGCGTCCCCACCCTCCGCTGCCGGGTGCTGGTGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATGGCTGTGTGGGTAGCCAGCATCCTGTCCTCCATCCTCGACACCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATGGCTGTGTGGGTAGCCAGCATCCTGTCCTCCATCCTCGACACCATCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCACAAGGTGCTTTCTTCGGGCTGTGATTATTCCGAACTCACGTGGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCACAAGGTGCTTTCTTCGGGCTGTGATTATTCCGAACTCACGTGGTACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCACCTCCGTCTACCAGCACAACCTCTTCTTCCTGCTGTCCCTGGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCACCTCCGTCTACCAGCACAACCTCTTCTTCCTGCTGTCCCTGGGGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCCTGTTCTGCTACGTGGAGATCCTCAGGACCCTGTTCCGCTCACGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATCCTGTTCTGCTACGTGGAGATCCTCAGGACCCTGTTCCGCTCACGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAAGCGGCGCCACCGCACGGTCAAGCTCATCTTCGCCATCGTGGTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAAGCGGCGCCACCGCACGGTCAAGCTCATCTTCGCCATCGTGGTGGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACTTCCTCAGCTGGGGTCCCTACAACTTCACCCTGTTTCTGCAGACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACTTCCTCAGCTGGGGTCCCTACAACTTCACCCTGTTTCTGCAGACGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTCGGACCCAGATCATCCGGAGCTGCGAGGCCAAACAGCAGCTAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTCGGACCCAGATCATCCGGAGCTGCGAGGCCAAACAGCAGCTAGAATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGCCCTGCTCATCTGCCGCAACCTCGCCTTCTCCCACTGCTGCTTTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGCCCTGCTCATCTGCCGCAACCTCGCCTTCTCCCACTGCTGCTTTAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CGGTGCTCTATGTCTTCGTGGGGGTCAAGTTCCGCACACACCTGAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CGGTGCTCTATGTCTTCGTGGGGGTCAAGTTCCGCACACACCTGAAACAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTTCTCCGGCAGTTCTGGTTCTGCCGGCTGCAGGCACCCAGCCCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTTCTCCGGCAGTTCTGGTTCTGCCGGCTGCAGGCACCCAGCCCAGCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    951 GATCCCCCACTCCCCTGGTGCCTTCGCCTATGAGGGCGCCTCCTTCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GATCCCCCACTCCCCTGGTGCCTTCGCCTATGAGGGCGCCTCCTTCTAC