seq1 = pF1KB8794.tfa, 990 bp
seq2 = pF1KB8794/gi568815597f_27293799.tfa (gi568815597f:27293799_27494788), 200990 bp

>pF1KB8794 990
>gi568815597f:27293799_27494788 (Chr1)

1-990  (100001-100990)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTGGGGTGCAGGCAGCCCTCTGGCCTGGCTCTCAGCTGGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGTGGGGTGCAGGCAGCCCTCTGGCCTGGCTCTCAGCTGGCTCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACGTGAATGTAAGCAGCGTGGGCCCAGCAGAGGGGCCCACAGGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACGTGAATGTAAGCAGCGTGGGCCCAGCAGAGGGGCCCACAGGTCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCACCACTGCCCTCGCCTAAGGCCTGGGATGTGGTGCTCTGCATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGCACCACTGCCCTCGCCTAAGGCCTGGGATGTGGTGCTCTGCATCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCACCCTGGTGTCCTGCGAGAATGCGCTAGTGGTGGCCATCATCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCACCCTGGTGTCCTGCGAGAATGCGCTAGTGGTGGCCATCATCGTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACTCCTGCCTTCCGTGCCCCCATGTTCCTGCTGGTGGGCAGCCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACTCCTGCCTTCCGTGCCCCCATGTTCCTGCTGGTGGGCAGCCTGGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGCAGACCTGCTGGCAGGCCTGGGCCTGGTCCTGCACTTTGCTGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGCAGACCTGCTGGCAGGCCTGGGCCTGGTCCTGCACTTTGCTGCTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTGCATCGGCTCAGCGGAGATGAGCCTGGTGCTGGTTGGCGTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTGCATCGGCTCAGCGGAGATGAGCCTGGTGCTGGTTGGCGTGCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATGGCCTTTACCGCCAGCATCGGCAGTCTACTGGCCATCACTGTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AATGGCCTTTACCGCCAGCATCGGCAGTCTACTGGCCATCACTGTCGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCTACCTTTCTCTGTACAATGCCCTCACCTACTATTCAGAGACAACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCTACCTTTCTCTGTACAATGCCCTCACCTACTATTCAGAGACAACAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACACGGACCTATGTGATGCTGGCCTTAGTGTGGGGAGGTGCCCTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACACGGACCTATGTGATGCTGGCCTTAGTGTGGGGAGGTGCCCTGGGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGGGCTGCTGCCTGTGCTGGCCTGGAACTGCCTGGATGGCCTGACCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGGGCTGCTGCCTGTGCTGGCCTGGAACTGCCTGGATGGCCTGACCACAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTGGCGTGGTTTATCCACTCTCCAAGAACCATCTGGTAGTTCTGGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTGGCGTGGTTTATCCACTCTCCAAGAACCATCTGGTAGTTCTGGCCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCTTCTTCATGGTGTTTGGCATCATGCTGCAGCTCTACGCCCAAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCTTCTTCATGGTGTTTGGCATCATGCTGCAGCTCTACGCCCAAATCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCGCATCGTCTGCCGCCATGCCCAGCAGATTGCCCTTCAGCGGCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCGCATCGTCTGCCGCCATGCCCAGCAGATTGCCCTTCAGCGGCACCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGCCTGCCTCCCACTATGTGGCCACCCGCAAGGGCATTGCCACACTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGCCTGCCTCCCACTATGTGGCCACCCGCAAGGGCATTGCCACACTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTGGTGCTTGGAGCCTTTGCCGCCTGCTGGTTGCCCTTCACTGTCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTGGTGCTTGGAGCCTTTGCCGCCTGCTGGTTGCCCTTCACTGTCTACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCTGCTGGGTGATGCCCACTCTCCACCTCTCTACACCTATCTTACCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCTGCTGGGTGATGCCCACTCTCCACCTCTCTACACCTATCTTACCTTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCCCTGCCACCTACAACTCCATGATCAACCCTATCATCTACGCCTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCCCTGCCACCTACAACTCCATGATCAACCCTATCATCTACGCCTTCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AACCAGGATGTGCAGAAAGTGCTGTGGGCTGTCTGCTGCTGCTGTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AACCAGGATGTGCAGAAAGTGCTGTGGGCTGTCTGCTGCTGCTGTTCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TTCCAAGATCCCCTTCCGATCCCGCTCCCCCAGTGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TTCCAAGATCCCCTTCCGATCCCGCTCCCCCAGTGATGTC