seq1 = pF1KB8781.tfa, 786 bp
seq2 = pF1KB8781/gi568815595f_44634449.tfa (gi568815595f:44634449_44835234), 200786 bp

>pF1KB8781 786
>gi568815595f:44634449_44835234 (Chr3)

1-786  (100001-100786)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAACATGGGAGAGTTAACGTGCAGAAGAAACCTTCAAAGTGTAGTGA
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAACATGGGAGAGTTAACATGCAGAAGAAACCTTCAAAGTGTAGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGTGGGAAGTTCTTTACTCAGAGATCATCTCTTACCCAGCACCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATGTGGGAAGTTCTTTACTCAGAGATCATCTCTTACCCAGCACCAGAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCACAGAGGAGAGAAGCCCTATGTGTGCAGTGAATGTGGAAGTTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCACAGAGGAGAGAAGCCCTATGTGTGCAGTGAATGTGGAAGTTGTTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGTAAACAGTCAAATCTTACTCAACATCTGAGAATTCATACCGGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGTAAACAGTCAAATCTTACTCAACATCTGAGAATTCATACCGGAGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACCTTATAAATGTAATGAATGTGAGAAAGCCTTTCAAACAAAAGCAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACCTTATAAATGTAATGAATGTGAGAAAGCCTTTCAAACAAAAGCAATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGTTCAGCATCTGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTATAAATGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGTTCAGCATCTGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTATAAATGCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAATGTGGAAAAGCCTTTTGTCAGAGCCCATCCCTTATTAAACACCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAATGTGGAAAAGCCTTTTGTCAGAGCCCATCCCTTATTAAACACCAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATTCATACTGGAGAGAAACCATATAAATGTACAGAATGTGGCAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AATTCATACTGGAGAGAAACCATATAAATGTACAGAATGTGGCAAAGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCAGTCAGAGCATATGCCTTACTCGTCATCAGAGAAGTCATTCTGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCAGTCAGAGCATATGCCTTACTCGTCATCAGAGAAGTCATTCTGGAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAACCTTTTAAGTGTAATGAATGTGGGAAAGCCTTTAATCAGAGTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAACCTTTTAAGTGTAATGAATGTGGGAAAGCCTTTAATCAGAGTGCATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCTCATGCAGCATCAGAGAATTCATTCAGGAGAGAAGCCCTACACATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCTCATGCAGCATCAGAGAATTCATTCAGGAGAGAAGCCCTACACATGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGAATGTGGTAAAGCCTTCACTCAGAACTCTTCCCTTGTTGAACATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTGAATGTGGTAAAGCCTTCACTCAGAACTCTTCCCTTGTTGAACATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGGACTCACACTGGAGAGAAACTTTATAAGTGTAGTGAGTGTGAAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGGACTCACACTGGAGAGAAACTTTATAAGTGTAGTGAGTGTGAAAAAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTTCCGCAAACAAGCACACCTTAGTGAGCATTACAGAATTCATACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTTCCGCAAACAAGCACACCTTAGTGAGCATTACAGAATTCATACTGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAAAACCTTATGAGTGTGTTGGATGTGGGAAATCCTTTAGGCACAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAAAACCTTATGAGTGTGTTGGATGTGGGAAATCCTTTAGGCACAGTTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .
    751 GCACTTCTTCGACATCAGAGGCTTCATGCTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCACTTCTTCGACATCAGAGGCTTCATGCTGGAGAG