seq1 = pF1KB8779.tfa, 777 bp
seq2 = pF1KB8779/gi568815595f_26609673.tfa (gi568815595f:26609673_26810449), 200777 bp

>pF1KB8779 777
>gi568815595f:26609673_26810449 (Chr3)

1-777  (100001-100777)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCTGGTAGACCTGTGGTTAACCCGTTCCCTCTCCATGTGTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCTGGTAGACCTGTGGTTAACCCGTTCCCTCTCCATGTGTCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTACAAAGTTTTGTTCTTATGATACTGTGCTTTCATTCTGCCAGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTACAAAGTTTTGTTCTTATGATACTGTGCTTTCATTCTGCCAGTATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCCCAAGGGCTGTCTTTGTTCTTCCTCTGGGGGTTTAAATGTCACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCCCAAGGGCTGTCTTTGTTCTTCCTCTGGGGGTTTAAATGTCACCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCAATGCAAATCTCAAGGAAATACCTAGAGATCTTCCTCCTGAAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCAATGCAAATCTCAAGGAAATACCTAGAGATCTTCCTCCTGAAACAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTACTGTATCTGGACTCCAATCAGATCACATCTATTCCCAATGAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTACTGTATCTGGACTCCAATCAGATCACATCTATTCCCAATGAAATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTAAGGACCTCCATCAACTGAGAGTTCTCAACCTGTCCAAAAATGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTAAGGACCTCCATCAACTGAGAGTTCTCAACCTGTCCAAAAATGGCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGTTTATCGATGAGCATGCCTTCAAAGGAGTAGCTGAAACCTTGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGTTTATCGATGAGCATGCCTTCAAAGGAGTAGCTGAAACCTTGCAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCTGGACTTGTCCGACAATCGGATTCAAAGTGTGCACAAAAATGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCTGGACTTGTCCGACAATCGGATTCAAAGTGTGCACAAAAATGCCTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATAACCTGAAGGCCAGGGCCAGAATTGCCAACAACCCCTGGCACTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATAACCTGAAGGCCAGGGCCAGAATTGCCAACAACCCCTGGCACTGCGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGTACTCTACAGCAAGTTCTGAGGAGCATGGCGTCCAATCATGAGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGTACTCTACAGCAAGTTCTGAGGAGCATGGCGTCCAATCATGAGACAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCACAACGTGATCTGTAAAACGTCCGTGTTGGATGAACATGCTGGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCACAACGTGATCTGTAAAACGTCCGTGTTGGATGAACATGCTGGCAGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CATTCCTCAATGCTGCCAACGACGCTGACCTTTGTAACCTCCCTAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CATTCCTCAATGCTGCCAACGACGCTGACCTTTGTAACCTCCCTAAAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACTACCGATTATGCCATGCTGGTCACCATGTTTGGCTGGTTCACTATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACTACCGATTATGCCATGCTGGTCACCATGTTTGGCTGGTTCACTATGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GATCTCATATGTGGTATATTATGTGAGGCAAAATCAGGAGGATGCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GATCTCATATGTGGTATATTATGTGAGGCAAAATCAGGAGGATGCCCGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GACACCTCGAATACTTGAAATCCCTGCCAAGCAGGCAGAAGAAAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GACACCTCGAATACTTGAAATCCCTGCCAAGCAGGCAGAAGAAAGCAGAT

    750     .    :    .    :    .
    751 GAACCTGATGATATTAGCACTGTGGTA
        |||||||||||||||||||||||||||
 100751 GAACCTGATGATATTAGCACTGTGGTA