seq1 = pF1KB8736.tfa, 1200 bp
seq2 = pF1KB8736/gi568815596r_95049298.tfa (gi568815596r:95049298_95253253), 203956 bp

>pF1KB8736 1200
>gi568815596r:95049298_95253253 (Chr2)

(complement)

1-121  (100001-100121)   100% ->
122-217  (100485-100580)   100% ->
218-1200  (102987-103969)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACATTTGAAGATGTGGCTGTGGAATTCAGCCAGTGGGAGTGGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACATTTGAAGATGTGGCTGTGGAATTCAGCCAGTGGGAGTGGGGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGAACCCTGCTCAGAAGGACCTCTACAGGGAGGTGATGCTGGAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGAACCCTGCTCAGAAGGACCTCTACAGGGAGGTGATGCTGGAGAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAGGAACTTGGCCATTCTGG         GCCTTCTAGTATCCAAACCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100101 TCAGGAACTTGGCCATTCTGGGTG...CAGGCCTTCTAGTATCCAAACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGTGATCTGCCAGTTGGAGGAAGGGGGTGAGCCCTTCATGGTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100505 TATGTGATCTGCCAGTTGGAGGAAGGGGGTGAGCCCTTCATGGTGGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAATCTCAACAGGAGCCCACTCAG         ACTGGAAGAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100555 AGAAATCTCAACAGGAGCCCACTCAGGTG...CAGACTGGAAGAGAAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTAAATCCAAGGAATCAATGCCAAGTTGGGGAATTTCCAAAGAAGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103002 CTAAATCCAAGGAATCAATGCCAAGTTGGGGAATTTCCAAAGAAGAATTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCCAGGTAGTATCAGTGGAAAAACACATTCAAGATGTGCTGCAGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103052 TTCCAGGTAGTATCAGTGGAAAAACACATTCAAGATGTGCTGCAGTTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGTTGAAAGCAGCCTGCGGTTGTGATGGCCAGTTAGAGATGCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103102 GAAGTTGAAAGCAGCCTGCGGTTGTGATGGCCAGTTAGAGATGCAGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAAAACAGGAGAGACACCTGAAACAAATGTCAACCATTCACAAATCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103152 TAAAACAGGAGAGACACCTGAAACAAATGTCAACCATTCACAAATCTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACCACCCTTAGCAGAGATTATAAATGGAATGGATTTGGGAGAAGCTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103202 ACCACCCTTAGCAGAGATTATAAATGGAATGGATTTGGGAGAAGCTTAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTTAAGATCAGTCCTTGTTAACCAACACAGCATTCTCATGGGAGAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103252 TTTAAGATCAGTCCTTGTTAACCAACACAGCATTCTCATGGGAGAAGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTTATAAATGTGATACAGAATTCAGGCAGACTTTAGGGGGAAACAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103302 CTTATAAATGTGATACAGAATTCAGGCAGACTTTAGGGGGAAACAACTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGAGAACCCACCCAGAAAAGAAATCTTGTAAATGTAATGAGTGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103352 CAGAGAACCCACCCAGAAAAGAAATCTTGTAAATGTAATGAGTGTGGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTCCTTTCACTTCCAGTCAGAACTTAGGCGCCATCAGCGATGTCACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103402 GTCCTTTCACTTCCAGTCAGAACTTAGGCGCCATCAGCGATGTCACACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GAGAAAAGCCGTATGAATGCAGTGACTGTGGAAGAGCCTTTGGTCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103452 GAGAAAAGCCGTATGAATGCAGTGACTGTGGAAGAGCCTTTGGTCATATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TCATCCCTTATTAAACATCAAAGAACTCATACTGGAGAAAAGCCCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103502 TCATCCCTTATTAAACATCAAAGAACTCATACTGGAGAAAAGCCCTATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ATGCAGTGAATGTGGGAGAGCCTTCAGCCAGAGTTCGTCTCTTGTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103552 ATGCAGTGAATGTGGGAGAGCCTTCAGCCAGAGTTCGTCTCTTGTTCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACTATAGATTTCACACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTAATGAATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103602 ACTATAGATTTCACACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTAATGAATGTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CGAGCCTTTGGTCACACTTCATCCCTTATTAAGCATCAGAGGACTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103652 CGAGCCTTTGGTCACACTTCATCCCTTATTAAGCATCAGAGGACTCATAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGGAGAAAAGCCCTATGAATGCCGGGAATGTGGGAGAACCTTCAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103702 TGGAGAAAAGCCCTATGAATGCCGGGAATGTGGGAGAACCTTCAGCCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GCTCATCACTCATTGTGCATTACAGATTTCATACTGGAGAGAAACCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103752 GCTCATCACTCATTGTGCATTACAGATTTCATACTGGAGAGAAACCTTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AAATGTAATAAATGTGGGAGAGCCTTCAGCCAGAGTTCATCTCTCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103802 AAATGTAATAAATGTGGGAGAGCCTTCAGCCAGAGTTCATCTCTCACTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 ACATTACAGATTTCACACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTAATGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103852 ACATTACAGATTTCACACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTAATGAGTGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GAAGGGCCTTTGCTCATACTGCATCCCTTATTAAACATCAGAGAAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103902 GAAGGGCCTTTGCTCATACTGCATCCCTTATTAAACATCAGAGAAGTCAT

   1200     .    :    .
   1183 GCTGGAAAAAAAACCCTA
        ||||||||||||||||||
 103952 GCTGGAAAAAAAACCCTA