seq1 = pF1KB8706.tfa, 1470 bp
seq2 = pF1KB8706/gi568815591r_156584081.tfa (gi568815591r:156584081_156992993), 408913 bp

>pF1KB8706 1470
>gi568815591r:156584081_156992993 (Chr7)

(complement)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-139  (156109-156181)   100% ->
140-179  (159202-159241)   100% ->
180-319  (166250-166389)   100% ->
320-423  (196502-196605)   100% ->
424-550  (229199-229325)   100% ->
551-619  (229818-229886)   100% ->
620-684  (230796-230860)   100% ->
685-757  (236529-236601)   100% ->
758-838  (258737-258817)   100% ->
839-915  (264274-264350)   100% ->
916-993  (264987-265064)   98% ->
994-1067  (267157-267230)   100% ->
1068-1158  (267469-267559)   100% ->
1159-1225  (268816-268882)   100% ->
1226-1387  (304803-304964)   99% ->
1388-1470  (308831-308913)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGGGCAGGACGAGGTGTCGGCGCGGGAGCAGCACTTCCACAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGGGCAGGACGAGGTGTCGGCGCGGGAGCAGCACTTCCACAGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGCGGGAGTCCACG         ATATGTTTCCTTCTTTTTGCCATTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGCGGGAGTCCACGGTG...CAGATATGTTTCCTTCTTTTTGCCATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTACGTTGTTTCCTACTTCATCATCACAAGATACAAGAGAAAATCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 156134 TCTACGTTGTTTCCTACTTCATCATCACAAGATACAAGAGAAAATCAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140        ATGAACAAGAAGATGAAGATGCCATCGTCAACAGGATTTC   
        >...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 156184 A...CAGATGAACAAGAAGATGAAGATGCCATCGTCAACAGGATTTCGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    180       GTTGTTTTTGAGCACGTTCACTCTCGCAGTGTCAGCTGGGGCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159245 ...CAGGTTGTTTTTGAGCACGTTCACTCTCGCAGTGTCAGCTGGGGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTTTGCTTTTACCCTTCTCAATCATCAGCAATGAAATCCTGCTTTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166294 TTTTGCTTTTACCCTTCTCAATCATCAGCAATGAAATCCTGCTTTCTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCTCAGAACTACTATATTCAGTGGCTAAATGGCTCCCTGATTCATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 166344 CCTCAGAACTACTATATTCAGTGGCTAAATGGCTCCCTGATTCATGGTT.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    320      GTTTGTGGAATCTTGCTTCCCTTTTTTCCAACCTTTGTTTATTTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166394 ..TAGGTTTGTGGAATCTTGCTTCCCTTTTTTCCAACCTTTGTTTATTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TATTGATGCCCTTTGCCTTTTTCTTTCTGGAATCAGAAGGCTTTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196547 TATTGATGCCCTTTGCCTTTTTCTTTCTGGAATCAGAAGGCTTTGCTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGAAAAAG         GGAATCCGAGCCCGCATTTTAGAGACTTTGGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 196597 CTGAAAAAGGTA...CAGGGAATCCGAGCCCGCATTTTAGAGACTTTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CATGCTTCTTCTTCTTGCGTTACTCATTCTTGGGATAGTGTGGGTAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229231 CATGCTTCTTCTTCTTGCGTTACTCATTCTTGGGATAGTGTGGGTAGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAGCACTCATTGACAACGATGCCGCAAGCATGGAATCTTTATATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 229281 CAGCACTCATTGACAACGATGCCGCAAGCATGGAATCTTTATATGGTA..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551     ATCTCTGGGAGTTCTATCTACCCTATTTATATTCCTGTATATCATT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229331 .TAGATCTCTGGGAGTTCTATCTACCCTATTTATATTCCTGTATATCATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GATGGGATGTTTGTTACTTCTCT         TGTGTACACCAGTTGGCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 229864 GATGGGATGTTTGTTACTTCTCTGTA...CAGTGTGTACACCAGTTGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TTTCTCGTATGTTCACAGTGATGGGTCAGTTGCTAGTGAAGCCAACA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 230814 TTTCTCGTATGTTCACAGTGATGGGTCAGTTGCTAGTGAAGCCAACAGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    685       ATTCTTGAAGACCTGGATGAACAAATTTATATCATTACCTTAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230864 ...TAGATTCTTGAAGACCTGGATGAACAAATTTATATCATTACCTTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GGAAGAAGCACTCCAGAGACGACTAAATG         GGCTGTCTTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 236573 GGAAGAAGCACTCCAGAGACGACTAAATGGTA...CAGGGCTGTCTTCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CGGTGGAATACAACATAATGGAGTTGGAACAAGAACTTGAAAATGTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258749 CGGTGGAATACAACATAATGGAGTTGGAACAAGAACTTGAAAATGTAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ACTCTTAAGACAAAATTAG         AGAGGCGAAAAAAGGCTTCAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 258799 ACTCTTAAGACAAAATTAGGTA...TAGAGAGGCGAAAAAAGGCTTCAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 ATGGGAAAGAAATTTGGTGTATCCCGCTGTTATGGTTCTCCTTCTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264296 ATGGGAAAGAAATTTGGTGTATCCCGCTGTTATGGTTCTCCTTCTTATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 AGACA         TCCATCTCGGCCCTCTTGGTGGCTTGTAATATTCTT
        |||||>>>...>>>|||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 264346 AGACAGTA...TAGTCCATCTCGGTCCTCTTGGTGGCTTGTAATATTCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TGCCTATTGGTTGATGAAACAGCAATGCCAAAAGGAACAAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 265023 TGCCTATTGGTTGATGAAACAGCAATGCCAAAAGGAACAAGGGTA...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    994  GGGCCTGGAATAGGAAATGCCTCTCTTTCTACGTTTGGTTTTGTGGGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267156 GGGGCCTGGAATAGGAAATGCCTCTCTTTCTACGTTTGGTTTTGTGGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CTGCGCTTGAAATCATTTTGATTTT         CTATCTTATGGTGTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 267206 CTGCGCTTGAAATCATTTTGATTTTGTA...CAGCTATCTTATGGTGTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 TCTGTTGTCGGCTTCTATAGCCTTCGATTTTTTGGAAACTTTACTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267485 TCTGTTGTCGGCTTCTATAGCCTTCGATTTTTTGGAAACTTTACTCCCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 GAAAGATGACACAACTATGACAAAG         ATCATTGGAAATTGTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 267535 GAAAGATGACACAACTATGACAAAGGTA...CAGATCATTGGAAATTGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 TGTCCATCTTGGTTTTGAGCTCTGCTCTGCCTGTGATGTCGAGAACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268832 TGTCCATCTTGGTTTTGAGCTCTGCTCTGCCTGTGATGTCGAGAACACTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 G         GAATCACTAGATTTGATCTACTTGGCGACTTTGGAAGGTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268882 GGTA...CAGGAATCACTAGATTTGATCTACTTGGCGACTTTGGAAGGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 TAATTGGCTGGGAAATTTCTATATTGTATTATCCTACAATTTGCTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304843 TAATTGGCTGGGAAATTTCTATATTGTATTATCCTACAATTTGCTTTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 CTATTGTGACAACATTGTGTCTGGTCCGAAAATTCGCCTCTGCAGTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 304893 CTATTGTGACAACATTGTGTCTGGTCCGAAAATTCACCTCTGCAGTTCGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 GAAGAACTTTTCAAGGCCCTAG         GGCTTCATAAACTTCACTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 304943 GAAGAACTTTTCAAGGCCCTAGGTA...CAGGGCTTCATAAACTTCACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 ACCAAATACTTCAAGGGATTCAGAAACAGCCAAGCCTTCTGTAAATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308850 ACCAAATACTTCAAGGGATTCAGAAACAGCCAAGCCTTCTGTAAATGGGC

   1600     .    :
   1457 ATCAGAAAGCACTG
        ||||||||||||||
 308900 ATCAGAAAGCACTG