seq1 = pF1KB8697.tfa, 1638 bp
seq2 = pF1KB8697/gi568815597f_32080346.tfa (gi568815597f:32080346_32295192), 214847 bp

>pF1KB8697 1638
>gi568815597f:32080346_32295192 (Chr1)

1-169  (100001-100169)   99% ->
170-505  (100897-101232)   100% ->
506-597  (104180-104271)   100% ->
598-768  (107609-107779)   100% ->
769-963  (109710-109904)   100% ->
964-1083  (111966-112085)   100% ->
1084-1158  (112312-112386)   100% ->
1159-1251  (112863-112955)   98% ->
1252-1347  (113720-113815)   100% ->
1348-1638  (114557-114847)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAACCAAGACAAAAAGAACGGGGCTGCCCAACAATCCAATCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAACCAAGACAAAAAGAACGGGGCTGCCAAACAATCCAATCCAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGCAGCCCAGGACAACCGGAAGCAGGACCCGAGGGAGCCCAGGAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGCAGCCCAGGACAACCGGAAGCAGGACCCGAGGGAGCCCAGGAGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGCCAGGCGGCTCCTGCAGTAGAAGCAGAAGGTCCCGGCAGCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAGCCAGGCGGCTCCTGCAGTAGAAGCAGAAGGTCCCGGCAGCAGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTCCTCGGAAGCCGGAGG         GGGCTCAAGCCAGAACGGCTCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100151 GCTCCTCGGAAGCCGGAGGGTG...TAGGGGCTCAAGCCAGAACGGCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTCTGGGGCCCTTCGTGATGTCTCTGAGGAGCTGAGCCGCCAACTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100919 GTCTGGGGCCCTTCGTGATGTCTCTGAGGAGCTGAGCCGCCAACTGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACATACTGAGCACATACTGTGTGGACAATAACCAGGGGGGCCCCGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100969 ACATACTGAGCACATACTGTGTGGACAATAACCAGGGGGGCCCCGGCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGGGGCACAGGGTGAGCCGGCTGAACCCGAAGATGCAGAGAAGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101019 GATGGGGCACAGGGTGAGCCGGCTGAACCCGAAGATGCAGAGAAGTCCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GACCTATGTGGCAAGGAATGGGGAGCCTGAACCAACTCCAGTAGTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101069 GACCTATGTGGCAAGGAATGGGGAGCCTGAACCAACTCCAGTAGTCAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GAGAGAAGGAACCCTCCAAGGGGGATCCAAACACAGAAGAGATCCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101119 GAGAGAAGGAACCCTCCAAGGGGGATCCAAACACAGAAGAGATCCGGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGTGACGAGGTCGGAGACCGAGACCATCGAAGGCCACAGGAGAAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101169 AGTGACGAGGTCGGAGACCGAGACCATCGAAGGCCACAGGAGAAGAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGCCAAGGGTTTGG         GGAAGGAGATCACGTTGCTGATGCAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101219 AGCCAAGGGTTTGGGTG...CAGGGAAGGAGATCACGTTGCTGATGCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CATTGAATACTCTGAGTACCCCAGAGGAGAAGCTGGCTGCTCTGTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104207 CATTGAATACTCTGAGTACCCCAGAGGAGAAGCTGGCTGCTCTGTGCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAGTATGCTGAACTG         CTGGAGGAGCACCGGAATTCACAGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104257 AAGTATGCTGAACTGGTC...CAGCTGGAGGAGCACCGGAATTCACAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCAGATGAAGCTCCTACAGAAAAAGCAGAGCCAGCTGGTGCAAGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107635 GCAGATGAAGCTCCTACAGAAAAAGCAGAGCCAGCTGGTGCAAGAGAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACCACCTGCGCGGTGAGCACAGCAAGGCCGTCCTGGCCCGCAGCAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107685 ACCACCTGCGCGGTGAGCACAGCAAGGCCGTCCTGGCCCGCAGCAAGCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAGAGCCTATGCCGTGAGCTGCAGCGGCACAACCGCTCCCTCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107735 GAGAGCCTATGCCGTGAGCTGCAGCGGCACAACCGCTCCCTCAAGGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    769     GAAGAAGGTGTGCAGCGGGCCCGGGAGGAGGAGGAGAAGCGCAAGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107785 .CAGGAAGAAGGTGTGCAGCGGGCCCGGGAGGAGGAGGAGAAGCGCAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGGTGACCTCGCACTTCCAGGTGACACTGAATGACATTCAGCTGCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109756 AGGTGACCTCGCACTTCCAGGTGACACTGAATGACATTCAGCTGCAGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAACAGCACAATGAGCGCAACTCCAAGCTGCGCCAAGAGAACATGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109806 GAACAGCACAATGAGCGCAACTCCAAGCTGCGCCAAGAGAACATGGAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGCTGAGAGGCTCAAGAAGCTGATTGAGCAGTATGAGCTGCGCGAGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 109856 GGCTGAGAGGCTCAAGAAGCTGATTGAGCAGTATGAGCTGCGCGAGGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    964         CATATCGACAAAGTCTTCAAACACAAGGACCTACAACAGCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109906 TA...CAGCATATCGACAAAGTCTTCAAACACAAGGACCTACAACAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTGGTGGATGCCAAGCTCCAGCAGGCCCAGGAGATGCTAAAGGAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112008 CTGGTGGATGCCAAGCTCCAGCAGGCCCAGGAGATGCTAAAGGAGGCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGAGCGGCACCAGCGGGAGAAGGATTTT         CTCCTGAAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 112058 AGAGCGGCACCAGCGGGAGAAGGATTTTGTG...TAGCTCCTGAAAGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CAGTAGAGTCCCAGAGGATGTGTGAGCTGATGAAGCAGCAAGAGACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112325 CAGTAGAGTCCCAGAGGATGTGTGAGCTGATGAAGCAGCAAGAGACCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTGAAGCAACAG         CTTGCCCTATACACAGAGAAGTTTGAGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112375 CTGAAGCAACAGGTG...CAGCTTGCCCTATACACAGAGAAGTTTGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GTTCCAGAACACACTTTCCAAAAGCAGCGAGGTATTCACCACATTCGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 112892 GTTCCAGAACACACTTTCCAAAAGCAGCGAGGTATTCACCACATTCAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGGAGATGGAAAAG         ATGACTAAGAAGATCAAGAAGCTGGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112942 AGGAGATGGAAAAGGTA...TAGATGACTAAGAAGATCAAGAAGCTGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAAGAAACCACCATGTACCGGTCCCGGTGGGAGAGCAGCAACAAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113747 AAAGAAACCACCATGTACCGGTCCCGGTGGGAGAGCAGCAACAAGGCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCTTGAGATGGCTGAGGAG         AAAACAGTCCGGGATAAAGAAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 113797 GCTTGAGATGGCTGAGGAGGTG...TAGAAAACAGTCCGGGATAAAGAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGGAGGGCCTGCAGGTAAAAATCCAACGGCTGGAGAAGCTGTGCCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114579 TGGAGGGCCTGCAGGTAAAAATCCAACGGCTGGAGAAGCTGTGCCGGGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CTGCAGACAGAGCGCAATGACCTGAACAAGAGGGTACAGGACCTGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114629 CTGCAGACAGAGCGCAATGACCTGAACAAGAGGGTACAGGACCTGAGTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGGTGGCCAGGGCTCCCTCACTGACAGTGGCCCTGAGAGGAGGCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114679 TGGTGGCCAGGGCTCCCTCACTGACAGTGGCCCTGAGAGGAGGCCAGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GGCCTGGGGCTCAAGCACCCAGCTCCCCCAGGGTCACAGAAGCGCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114729 GGCCTGGGGCTCAAGCACCCAGCTCCCCCAGGGTCACAGAAGCGCCTTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TACCCAGGAGCACCGAGCACAGAAGCATCAGGCCAGACTGGGCCTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114779 TACCCAGGAGCACCGAGCACAGAAGCATCAGGCCAGACTGGGCCTCAAGA

   1700     .    :    .
   1620 GCCCACCTCCGCCAGGGCC
        |||||||||||||||||||
 114829 GCCCACCTCCGCCAGGGCC