seq1 = pF1KB8689.tfa, 1350 bp
seq2 = pF1KB8689/gi568815583r_92945080.tfa (gi568815583r:92945080_93173033), 227954 bp

>pF1KB8689 1350
>gi568815583r:92945080_93173033 (Chr15)

(complement)

10-130  (99999-100118)   99% ->
131-645  (120527-121041)   100% ->
646-1350  (127329-128033)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     10 CCAAGGGAGAGGCTAGTGGTAACAGGCCGAGCTGGATGGATGGGTATGGG
        |||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 CCA GGGAGAGGCTAGTGGTAACAGGCCGAGCTGGATGGATGGGTATGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     60 GAGAGGGGCAGGACGTTCAGCCCTGGGATTCTGGCCGACCCTCGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 GAGAGGGGCAGGACGTTCAGCCCTGGGATTCTGGCCGACCCTCGCCTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    110 TTCTCTGCAGCTTCCCCGCAG         CCACCTCCCCGTGCAAGATC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100098 TTCTCTGCAGCTTCCCCGCAGGTA...CAGCCACCTCCCCGTGCAAGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCAAGTGCAACTCTGAGTTCTGGAGCGCCACGTCGGGCAGCCACGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120547 CTCAAGTGCAACTCTGAGTTCTGGAGCGCCACGTCGGGCAGCCACGCCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCCTCAGACGACACCCCCGAGTTCTGTGCAGCCTTGCGCAGCTACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120597 AGCCTCAGACGACACCCCCGAGTTCTGTGCAGCCTTGCGCAGCTACGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTGCACGCGGCGGACGGCCCGCACCTGCCGGGGTGACCTGGCCTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120647 TGTGCACGCGGCGGACGGCCCGCACCTGCCGGGGTGACCTGGCCTACCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCGGCCGTCCATGGCATAGAGGACCTCATGAGCCAGCACAACTGCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120697 TCGGCCGTCCATGGCATAGAGGACCTCATGAGCCAGCACAACTGCTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGATGGCCCCACCTCGCAGCCACGCCTGCGCACGCTCCCACCGGCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120747 GGATGGCCCCACCTCGCAGCCACGCCTGCGCACGCTCCCACCGGCCGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACAGCCAGGAGCGCTCGGACAGCCCCGAGATCTGCCATTACGAGAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120797 ACAGCCAGGAGCGCTCGGACAGCCCCGAGATCTGCCATTACGAGAAGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTCACAAGCACTCGGCCACCCCCAACTACACGCACTGTGGCCTCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120847 TTTCACAAGCACTCGGCCACCCCCAACTACACGCACTGTGGCCTCTTCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGACCCACACCTCAGGACTTTCACCGACCGCTTCCAGACCTGCAAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120897 GGACCCACACCTCAGGACTTTCACCGACCGCTTCCAGACCTGCAAGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGGCGCCTGGCCGCTCATCGACAATAATTACCTGAACGTGCAGGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120947 AGGGCGCCTGGCCGCTCATCGACAATAATTACCTGAACGTGCAGGTCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AACACGCCTGTGCTGCCCGGCTCAGCGGCCACTGCCACCAGCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 120997 AACACGCCTGTGCTGCCCGGCTCAGCGGCCACTGCCACCAGCAAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646     CTCACCATCATCTTCAAGAACTTCCAGGAGTGTGTGGACCAGAAGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121047 .CAGCTCACCATCATCTTCAAGAACTTCCAGGAGTGTGTGGACCAGAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGTACCAGGCTGAGATGGACGAGCTCCCGGCCGCCTTCGTGGATGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127375 TGTACCAGGCTGAGATGGACGAGCTCCCGGCCGCCTTCGTGGATGGCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AAGAACGGTGGGGACAAGCACGGGGCCAACAGCCTGAAGATCACTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127425 AAGAACGGTGGGGACAAGCACGGGGCCAACAGCCTGAAGATCACTGAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGTGTCAGGCCAGCACGTGGAGATCCAGGCCAAGTACATCGGCACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127475 GGTGTCAGGCCAGCACGTGGAGATCCAGGCCAAGTACATCGGCACCACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCGTGGTGCGCCAGGTGGGCCGCTACCTGACCTTTGCCGTCCGCATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127525 TCGTGGTGCGCCAGGTGGGCCGCTACCTGACCTTTGCCGTCCGCATGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GAGGAAGTGGTCAATGCTGTGGAGGACTGGGACAGCCAGGGTCTCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127575 GAGGAAGTGGTCAATGCTGTGGAGGACTGGGACAGCCAGGGTCTCTACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTGCCTGCGGGGCTGCCCCCTCAACCAGCAGATCGACTTCCAGGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127625 CTGCCTGCGGGGCTGCCCCCTCAACCAGCAGATCGACTTCCAGGCCTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACACCAATGCTGAGGGCACCGGTGCCCGCAGGCTGGCAGCCGCCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127675 ACACCAATGCTGAGGGCACCGGTGCCCGCAGGCTGGCAGCCGCCAGCCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GCACCCACAGCCCCCGAGACCTTCCCATACGAGACAGCCGTGGCCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127725 GCACCCACAGCCCCCGAGACCTTCCCATACGAGACAGCCGTGGCCAAGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CAAGGAGAAGCTGCCGGTGGAGGACCTGTACTACCAGGCCTGCGTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127775 CAAGGAGAAGCTGCCGGTGGAGGACCTGTACTACCAGGCCTGCGTCTTCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ACCTCCTCACCACGGGCGACGTGAACTTCACACTGGCCGCCTACTACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127825 ACCTCCTCACCACGGGCGACGTGAACTTCACACTGGCCGCCTACTACGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TTGGAGGATGTCAAGATGCTCCACTCCAACAAAGACAAACTGCACCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127875 TTGGAGGATGTCAAGATGCTCCACTCCAACAAAGACAAACTGCACCTGTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TGAGAGGACTCGGGACCTGCCAGGCAGGGCGGCTGCGGGGCTGCCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127925 TGAGAGGACTCGGGACCTGCCAGGCAGGGCGGCTGCGGGGCTGCCCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CCCCCCGGCCCCTCCTGGGCGCCCTCGTCCCGCTCCTGGCCCTGCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127975 CCCCCCGGCCCCTCCTGGGCGCCCTCGTCCCGCTCCTGGCCCTGCTCCCT

   1350     .
   1342 GTGTTCTGC
        |||||||||
 128025 GTGTTCTGC