seq1 = pF1KB8688.tfa, 1506 bp
seq2 = pF1KB8688/gi568815589f_34134215.tfa (gi568815589f:34134215_34351529), 217315 bp

>pF1KB8688 1506
>gi568815589f:34134215_34351529 (Chr9)

1-34  (86701-86734)   100% ->
35-159  (100002-100126)   100% ->
160-1083  (106971-107894)   100% ->
1084-1266  (115565-115747)   100% ->
1267-1368  (116444-116545)   100% ->
1369-1506  (117178-117315)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCTAAGAAGTTGGGTGCAGATTTTCATG         GGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  86701 ATGGCTTCTAAGAAGTTGGGTGCAGATTTTCATGGTA...TAGGGACTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAGTTACCTTGATGATGTCCCATTTAAGACAGGAGACAAATTCAAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 CAGTTACCTTGATGATGTCCCATTTAAGACAGGAGACAAATTCAAAACAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCTAAAGTTGGTCTACCTATTGGCTTCTCCTTGCCTGATTGTTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 CAGCTAAAGTTGGTCTACCTATTGGCTTCTCCTTGCCTGATTGTTTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTGTCAGAGAAGTACAG         TATGACTTCTCTTTGGAAAAGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100109 GTTGTCAGAGAAGTACAGGTA...CAGTATGACTTCTCTTTGGAAAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AACCATTGAGTGGGCTGAAGAGATTAAGAAAATCGAAGAAGCCGAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106994 AACCATTGAGTGGGCTGAAGAGATTAAGAAAATCGAAGAAGCCGAGCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGCAGAGTGCAAAATTGCGGAAGCAGAAGCTAAAGTGAATTCTAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107044 AAGCAGAGTGCAAAATTGCGGAAGCAGAAGCTAAAGTGAATTCTAAGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCCCAGAGGGCGATAGCAAAATGAGCTTCTCCAAGACTCACAGTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107094 GGCCCAGAGGGCGATAGCAAAATGAGCTTCTCCAAGACTCACAGTACAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACAATGCCACCTCCTATTAACCCCATCCTCGCCAGCTTGCAGCACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107144 CACAATGCCACCTCCTATTAACCCCATCCTCGCCAGCTTGCAGCACAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCATCCTCACACCAACTCGGGTCAGCAGTAGTGCCACGAAACAGAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107194 GCATCCTCACACCAACTCGGGTCAGCAGTAGTGCCACGAAACAGAAAGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCAGCCCACCTCACATAAAGGCGGATTTCAATCTTGCTGACTTTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107244 CTCAGCCCACCTCACATAAAGGCGGATTTCAATCTTGCTGACTTTGAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAAGAAGACCCATTTGATAATCTGGAGTTAAAAACTATTGATGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107294 TGAAGAAGACCCATTTGATAATCTGGAGTTAAAAACTATTGATGAGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAGAGCTGAGAAATATTCTGGTAGGAACCACTGGACCCATTATGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107344 AAGAGCTGAGAAATATTCTGGTAGGAACCACTGGACCCATTATGGCTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTATTGGACAATAACTTGCCCAGGGGAGGCTCTGGGTCTGTGTTACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107394 TTATTGGACAATAACTTGCCCAGGGGAGGCTCTGGGTCTGTGTTACAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGAGGAGGTCCTGGCATCCTTGGAACGGGCAACCCTAGATTTCAAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107444 TGAGGAGGTCCTGGCATCCTTGGAACGGGCAACCCTAGATTTCAAGCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTCATAAACCCAATGGCTTTATAACCTTACCACAGTTGGGCAACTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107494 TTCATAAACCCAATGGCTTTATAACCTTACCACAGTTGGGCAACTGTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAGATGTCACTGTCTTCCAAAGTGTCCCTCCCCCCTATACCTGCAGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107544 AAGATGTCACTGTCTTCCAAAGTGTCCCTCCCCCCTATACCTGCAGTAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CAATATCAAATCCCTGTCTTTCCCCAAACTTGACTCTGATGACAGCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107594 CAATATCAAATCCCTGTCTTTCCCCAAACTTGACTCTGATGACAGCAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGAAGACAGCCAAGCTGGCGAGCACTTTCCATAGCACATCCTGCCTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107644 AGAAGACAGCCAAGCTGGCGAGCACTTTCCATAGCACATCCTGCCTCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AATGGCACGTTCCAGAATTCCCTAAAGCCTTCCACCCAAAGCAGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107694 AATGGCACGTTCCAGAATTCCCTAAAGCCTTCCACCCAAAGCAGTGCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGAGCTCAATGGGCATCACACTCTTGGGCTTTCAGCTTTGAACTTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107744 TGAGCTCAATGGGCATCACACTCTTGGGCTTTCAGCTTTGAACTTGGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GTGGCACAGAGATGCCAGCCCTGACATCCTCCCAGATGCCTTCCCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107794 GTGGCACAGAGATGCCAGCCCTGACATCCTCCCAGATGCCTTCCCTCTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GTTTTGTCTGTGTGCACAGAGGAATCATCACCTCCAAATACTGGTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107844 GTTTTGTCTGTGTGCACAGAGGAATCATCACCTCCAAATACTGGTCCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 G         GTCACCCCTCCTAATTTCTCAGTGTCACAAGTGCCCAACA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107894 GGTA...TAGGTCACCCCTCCTAATTTCTCAGTGTCACAAGTGCCCAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TGCCCAGCTGTCCCCAGGCCTATTCTGAACTGCAGATGCTGTCCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115605 TGCCCAGCTGTCCCCAGGCCTATTCTGAACTGCAGATGCTGTCCCCCAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GAGCGGCAGTGTGTGGAGACGGTGGTCAACATGGGCTACTCGTACGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115655 GAGCGGCAGTGTGTGGAGACGGTGGTCAACATGGGCTACTCGTACGAGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TGTCCTCAGAGCCATGAAGAAGAAAGGAGAGAATATTGAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 115705 TGTCCTCAGAGCCATGAAGAAGAAAGGAGAGAATATTGAGCAGGTG...T

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1267   ATTCTCGACTATCTCTTTGCACATGGACAGCTTTGTGAGAAGGGCTTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116442 AGATTCTCGACTATCTCTTTGCACATGGACAGCTTTGTGAGAAGGGCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GACCCTCTTTTAGTGGAAGAGGCTCTGGAAATGCACCAGTGTTCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116492 GACCCTCTTTTAGTGGAAGAGGCTCTGGAAATGCACCAGTGTTCAGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 AAAG         ATGATGGAGTTTCTTCAGTTAATGAGCAAATTTAAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116542 AAAGGTG...TAGATGATGGAGTTTCTTCAGTTAATGAGCAAATTTAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AGATGGGCTTTGAGCTGAAAGACATTAAGGAAGTTTTGCTATTACACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117215 AGATGGGCTTTGAGCTGAAAGACATTAAGGAAGTTTTGCTATTACACAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 AATGACCAGGACAATGCTTTGGAAGACCTCATGGCTCGGGCAGGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117265 AATGACCAGGACAATGCTTTGGAAGACCTCATGGCTCGGGCAGGAGCCAG

   1550 
   1506 C
        |
 117315 C