seq1 = pF1KB8679.tfa, 1542 bp
seq2 = pF1KB8679/gi568815575f_154664897.tfa (gi568815575f:154664897_154876325), 211429 bp

>pF1KB8679 1542
>gi568815575f:154664897_154876325 (ChrX)

1-16  (98070-98085)   100% ->
17-84  (100003-100070)   100% ->
85-171  (100548-100634)   100% ->
172-263  (101011-101102)   100% ->
264-448  (101320-101504)   99% ->
449-513  (102101-102165)   100% ->
514-640  (102360-102486)   100% ->
641-771  (103406-103536)   100% ->
772-915  (104271-104414)   100% ->
916-1036  (105863-105983)   100% ->
1037-1155  (108235-108353)   100% ->
1156-1259  (109706-109809)   100% ->
1260-1338  (110299-110377)   100% ->
1339-1476  (111291-111428)   100% ->
1477-1542  (111903-111968)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGATGCGGAAG         TAATTATTTTGCCAAAGAAACATAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  98070 ATGGCGGATGCGGAAGGTA...TAGTAATTATTTTGCCAAAGAAACATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAAGAAAAAGGAGCGGAAGTCATTGCCAGAAGAAGATGTAGCC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100028 GAAGAAAAAGGAGCGGAAGTCATTGCCAGAAGAAGATGTAGCCGTG...A

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     85   GAAATACAACACGCTGAAGAATTTCTTATCAAACCTGAATCCAAAGTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100546 AGGAAATACAACACGCTGAAGAATTTCTTATCAAACCTGAATCCAAAGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCTAAGTTGGACACGTCTCAGTGGCCCCTTTTGCTAAAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100596 GCTAAGTTGGACACGTCTCAGTGGCCCCTTTTGCTAAAGGTA...TAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TTTTGATAAGCTGAATGTAAGGACAACACACTATACACCTCTTGCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101013 TTTTGATAAGCTGAATGTAAGGACAACACACTATACACCTCTTGCATGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTTCAAATCCTCTGAAGAGAGAGATTGGGGACTATATCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101063 GTTCAAATCCTCTGAAGAGAGAGATTGGGGACTATATCAGGTA...CAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 ACAGGTTTCATTAATCTTGACAAGCCCTCTAACCCCTCTTCCCATGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101321 ACAGGTTTCATTAATCTTGACAAGCCCTCTAACCCCTCTTCCCATGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGTAGCCTGGATTCGACGGATACTTCGGGTGGAGAAGACAGGGCACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101371 GGTAGCCTGGATTCGACGGATACTTCGGGTGGAGAAGACAGGGCACAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTACTCTGGATCCCAAGGTGACTGGTTGTTTAATCGTGTGCATAGAACGA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101421 GTACGCTGGATCCCAAGGTGACTGGTTGTTTAATCGTGTGCATAGAACGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCACTCGCTTGGTGAAGTCACAACAGAGTGCAG         GCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101471 GCCACTCGCTTGGTGAAGTCACAACAGAGTGCAGGTA...CAGGCAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GTATGTGGGGATTGTCCGGCTGCACAATGCTATTGAAGGGGGGACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102108 GTATGTGGGGATTGTCCGGCTGCACAATGCTATTGAAGGGGGGACCCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTTCTAGG         GCCCTAGAAACTCTGACAGGTGCCTTATTCCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102158 TTTCTAGGGTA...TAGGCCCTAGAAACTCTGACAGGTGCCTTATTCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CGACCCCCACTTATTGCTGCAGTAAAGAGGCAGCTCCGAGTGAGGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102393 CGACCCCCACTTATTGCTGCAGTAAAGAGGCAGCTCCGAGTGAGGACCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTACGAGAGCAAAATGATTGAATACGATCCTGAAAGAAGATTAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102443 CTACGAGAGCAAAATGATTGAATACGATCCTGAAAGAAGATTAGGTG...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641    GAATCTTTTGGGTGAGTTGTGAGGCTGGCACCTACATTCGGACATTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103403 TAGGAATCTTTTGGGTGAGTTGTGAGGCTGGCACCTACATTCGGACATTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TGTGTGCACCTTGGTTTGTTATTGGGAGTTGGTGGTCAGATGCAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103453 TGTGTGCACCTTGGTTTGTTATTGGGAGTTGGTGGTCAGATGCAGGAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCGGAGGGTTCGTTCTGGAGTCATGAGTGAAAAG         GACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103503 TCGGAGGGTTCGTTCTGGAGTCATGAGTGAAAAGGTA...CAGGACCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGGTGACAATGCATGATGTGCTTGATGCTCAGTGGCTGTATGATAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104278 TGGTGACAATGCATGATGTGCTTGATGCTCAGTGGCTGTATGATAACCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAGGATGAGAGTTACCTGCGGCGAGTTGTTTACCCTTTGGAAAAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104328 AAGGATGAGAGTTACCTGCGGCGAGTTGTTTACCCTTTGGAAAAGCTGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GACATCTCATAAACGGCTGGTTATGAAAGACAGTGCA         GTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104378 GACATCTCATAAACGGCTGGTTATGAAAGACAGTGCAGTA...CAGGTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATGCCATCTGCTATGGGGCCAAGATTATGCTTCCAGGTGTTCTTCGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105867 ATGCCATCTGCTATGGGGCCAAGATTATGCTTCCAGGTGTTCTTCGATAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAGGACGGCATTGAGGTCAATCAGGAGATTGTGGTTATCACCACCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105917 GAGGACGGCATTGAGGTCAATCAGGAGATTGTGGTTATCACCACCAAAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGAAGCAATCTGCATGG         CTATTGCATTAATGACCACAGCGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105967 AGAAGCAATCTGCATGGGTA...TAGCTATTGCATTAATGACCACAGCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCATCTCTACCTGCGACCATGGTATAGTAGCCAAGATCAAGAGAGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108259 TCATCTCTACCTGCGACCATGGTATAGTAGCCAAGATCAAGAGAGTGATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATGGAGAGAGACACTTACCCTCGGAAGTGGGGTTTAGGTCCAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108309 ATGGAGAGAGACACTTACCCTCGGAAGTGGGGTTTAGGTCCAAAGGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156     GCAAGTCAGAAGAAGCTGATGATCAAGCAGGGCCTTCTGGACAAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108359 .CAGGCAAGTCAGAAGAAGCTGATGATCAAGCAGGGCCTTCTGGACAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ATGGGAAGCCCACAGACAGCACACCTGCCACCTGGAAGCAGGAGTATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109752 ATGGGAAGCCCACAGACAGCACACCTGCCACCTGGAAGCAGGAGTATGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GACTACAG         TGAGTCTGCCAAAAAAGAGGTGGTTGCTGAAGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 109802 GACTACAGGTG...CAGTGAGTCTGCCAAAAAAGAGGTGGTTGCTGAAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGTAAAAGCCCCGCAGGTAGTTGCCGAAGCAGCAAAAACTGCGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 110332 GGTAAAAGCCCCGCAGGTAGTTGCCGAAGCAGCAAAAACTGCGAAGGTG.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1339      CGGAAGCGAGAGAGTGAGAGTGAAAGTGACGAGACTCCTCCAGCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110382 ..CAGCGGAAGCGAGAGAGTGAGAGTGAAAGTGACGAGACTCCTCCAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GCTCCTCAGTTGATCAAGAAGGAAAAGAAGAAGAGTAAGAAGGACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111336 GCTCCTCAGTTGATCAAGAAGGAAAAGAAGAAGAGTAAGAAGGACAAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GGCCAAAGCTGGTCTGGAGAGCGGGGCCGAGCCTGGAGATGGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111386 GGCCAAAGCTGGTCTGGAGAGCGGGGCCGAGCCTGGAGATGGGGTG...T

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1477   GACAGTGATACCACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGCAAAAGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111901 AGGACAGTGATACCACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGCAAAAGAG

   1650     .    :    .
   1525 GTAGAATTGGTTTCTGAG
        ||||||||||||||||||
 111951 GTAGAATTGGTTTCTGAG