seq1 = pF1KB8673.tfa, 1971 bp
seq2 = pF1KB8673/gi568815595f_156577698.tfa (gi568815595f:156577698_156805128), 227431 bp

>pF1KB8673 1971
>gi568815595f:156577698_156805128 (Chr3)

1-917  (100001-100917)   100% ->
918-1086  (116323-116491)   100% ->
1087-1247  (118168-118328)   100% ->
1248-1526  (125727-126005)   100% ->
1527-1971  (126987-127431)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAATGGAAACCACCGAACCTGAGCCAGACTGTGTAGTGCAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAATGGAAACCACCGAACCTGAGCCAGACTGTGTAGTGCAGCCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTCCTCCTGATGACTTTTCATGCCAAATGAGACTCTCTGAGAAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTCCTCCTGATGACTTTTCATGCCAAATGAGACTCTCTGAGAAGATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCCATTGAAGACTTGTTTTAAGAAAAAGGATCAGAAAAGATTGGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCCATTGAAGACTTGTTTTAAGAAAAAGGATCAGAAAAGATTGGGAACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGAACCCTGAGGTCTTTGAGGCCAATATTAAACACTCTTCTAGAATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGAACCCTGAGGTCTTTGAGGCCAATATTAAACACTCTTCTAGAATCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCACTTGATGGGGTTTTTAGATCTAGGAACCAGAGTACAGATGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCACTTGATGGGGTTTTTAGATCTAGGAACCAGAGTACAGATGAGAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTTACATGAACCTATGATGAAGAAAGCCATGGAAATCAATTCATCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCTTACATGAACCTATGATGAAGAAAGCCATGGAAATCAATTCATCATGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCACCAGCAGAAAATAATATGTCTGTTCTGATTCCTGATAGGACAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCACCAGCAGAAAATAATATGTCTGTTCTGATTCCTGATAGGACAAATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGGGACCAGATACCGGAAGCCCATCCTTCCACTGAAGCTCCAGAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGGGACCAGATACCGGAAGCCCATCCTTCCACTGAAGCTCCAGAACGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGTTCCAATCCAAGATCACAGCTTTCCATCAGAAACCCTCAGTGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGTTCCAATCCAAGATCACAGCTTTCCATCAGAAACCCTCAGTGGGACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGGCAGATTCCACACCAGCTCACTTCCAGACTGATCTTTTGCACCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGGCAGATTCCACACCAGCTCACTTCCAGACTGATCTTTTGCACCCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTCAAGTGATGTTCCTACTAGTCCTGACTGCTTAGACAAAGTCATAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTCAAGTGATGTTCCTACTAGTCCTGACTGCTTAGACAAAGTCATAGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATGTTCCAGGCATTTTCCAAGAAAACAGTTTTACAATCCAATACATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATGTTCCAGGCATTTTCCAAGAAAACAGTTTTACAATCCAATACATTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACACCAGTGATAAGCTGAGTACTGAGCTCTTTCAGGACAAAAGTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GACACCAGTGATAAGCTGAGTACTGAGCTCTTTCAGGACAAAAGTGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGCTTCCCTTGACCTCGTGTTTGAGCTGGTGAACCAGTTGCAGTACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGCTTCCCTTGACCTCGTGTTTGAGCTGGTGAACCAGTTGCAGTACCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTCACCAAGAGAACGGAATTGAAATTTGCATGGACTTTCTGCAAGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTCACCAAGAGAACGGAATTGAAATTTGCATGGACTTTCTGCAAGGCACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGTATTTATGGCAGGGATTGTTTGAAGCACCACACTGTCTTGCCATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGTATTTATGGCAGGGATTGTTTGAAGCACCACACTGTCTTGCCATATCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTGGCAGATCAAAAGGACAACTACTCAAAAGTGGCAGAGTGTATTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTGGCAGATCAAAAGGACAACTACTCAAAAGTGGCAGAGTGTATTCAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATTCTCAGGAGCACTTGGAAAGATTTTACTGTAACCCAGAAAATGATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATTCTCAGGAGCACTTGGAAAGATTTTACTGTAACCCAGAAAATGATAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATGAGAATGAAGTATGG         AGGACAAGAATTTTGGGCAGATTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100901 ATGAGAATGAAGTATGGGTA...TAGAGGACAAGAATTTTGGGCAGATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GAATGCCATGAACGTGTATGAAACAACTGAATTTGACCAACTACGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116347 GAATGCCATGAACGTGTATGAAACAACTGAATTTGACCAACTACGAAGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGTCCACACCACCCTCTAGCAATGTCAACTCTATTTACCACACAGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116397 TGTCCACACCACCCTCTAGCAATGTCAACTCTATTTACCACACAGTCTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AAATTCTTCTGTAGGGACCACTTTGGATGGAGAGAGTATCCCGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116447 AAATTCTTCTGTAGGGACCACTTTGGATGGAGAGAGTATCCCGAGGTA..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087     TCTGTCATTCGATTGATTGAAGAAGCCAACTCTCGGGGTCTGAAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116497 .TAGTCTGTCATTCGATTGATTGAAGAAGCCAACTCTCGGGGTCTGAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGGTTCGATTTATGATGTGGAATAACCACTACATCCTCCACAATTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118214 AGGTTCGATTTATGATGTGGAATAACCACTACATCCTCCACAATTCATTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TTCAGGAGAGAGATAAAAAGGAGACCCCTCTTCCGCTCCTGTTTTATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118264 TTCAGGAGAGAGATAAAAAGGAGACCCCTCTTCCGCTCCTGTTTTATACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GCTTCCATATTTACA         GACACTTGGTGGGGTTCCCACACAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 118314 GCTTCCATATTTACAGTA...TAGGACACTTGGTGGGGTTCCCACACAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CTCCTCCACCTCTTGAAGCAACTTCATCATCACAAATTATCTGCCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125753 CTCCTCCACCTCTTGAAGCAACTTCATCATCACAAATTATCTGCCCAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GGGGTCACTTCAGCAAACTTTTACCCTGAAACTTGGGTTTATATGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125803 GGGGTCACTTCAGCAAACTTTTACCCTGAAACTTGGGTTTATATGCATCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 ATCTCAGGACTTCATCCAAGTCCCTGTTTCTGCAGAGGATAAAAGTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125853 ATCTCAGGACTTCATCCAAGTCCCTGTTTCTGCAGAGGATAAAAGTTATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GGATCATTTACAATCTTTTTCATAAGACTGTGCCTGAGTTTAAATACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125903 GGATCATTTACAATCTTTTTCATAAGACTGTGCCTGAGTTTAAATACAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 ATTTTGCAGATATTGAGAGTCCAAAACCAGTTTCTTTGGGAGAAATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125953 ATTTTGCAGATATTGAGAGTCCAAAACCAGTTTCTTTGGGAGAAATATAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 AAG         GAAAAAGGAATATATGAACAGGAAAATGTTTGGCCGTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126003 AAGGTG...TAGGAAAAAGGAATATATGAACAGGAAAATGTTTGGCCGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 ACAGGATAATAAATGAGAGACATTTATTTCATGGAACATCCCAGGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127025 ACAGGATAATAAATGAGAGACATTTATTTCATGGAACATCCCAGGATGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GTAGATGGAATCTGCAAACACAACTTTGACCCTCGAGTCTGTGGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127075 GTAGATGGAATCTGCAAACACAACTTTGACCCTCGAGTCTGTGGAAAGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 TGCTACAATGTTTGGACAAGGCAGTTATTTTGCAAAGAAGGCAAGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127125 TGCTACAATGTTTGGACAAGGCAGTTATTTTGCAAAGAAGGCAAGCTACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 CTCATAACTTTTCTAAGAAGTCCTCCAAAGGAGTCCACTTCATGTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127175 CTCATAACTTTTCTAAGAAGTCCTCCAAAGGAGTCCACTTCATGTTTCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 GCCAAAGTGCTGACGGGCAGATACACAATGGGCAGTCATGGCATGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127225 GCCAAAGTGCTGACGGGCAGATACACAATGGGCAGTCATGGCATGAGAAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 GCCCCCGCCAGTCAATCCTGGCAGTGTCACCAGTGACCTTTATGACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127275 GCCCCCGCCAGTCAATCCTGGCAGTGTCACCAGTGACCTTTATGACTCTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 GTGTGGATAATTTCTTTGAGCCTCAGATTTTTGTCATTTTTAATGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127325 GTGTGGATAATTTCTTTGAGCCTCAGATTTTTGTCATTTTTAATGATGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 CAGAGTTACCCTTATTTTGTTATCCAATATGAAGAAGTCAGTAACACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127375 CAGAGTTACCCTTATTTTGTTATCCAATATGAAGAAGTCAGTAACACTGT

   2000     .
   1965 TTCCATT
        |||||||
 127425 TTCCATT