seq1 = pF1KB8660.tfa, 1647 bp
seq2 = pF1KB8660/gi568815581r_62165020.tfa (gi568815581r:62165020_62374115), 209096 bp

>pF1KB8660 1647
>gi568815581r:62165020_62374115 (Chr17)

(complement)

1-72  (100001-100072)   98% ->
73-158  (100235-100320)   92% ->
159-198  (101606-101645)   97% ->
199-279  (102128-102208)   91% ->
280-387  (102652-102759)   96% ->
388-497  (103090-103199)   93% ->
498-546  (104451-104499)   91% ->
547-667  (105043-105163)   99% ->
668-762  (105877-105971)   96% ->
763-828  (106356-106421)   94% ->
829-928  (106885-106983)   96% ->
929-1081  (107354-107506)   97% ->
1082-1520  (108488-108927)   97% ->
1521-1647  (108970-109096)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGTGGTAGAGGTCGCGGGCAGTTGGTGGGCACAAGAGCGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGTGGTAGAGGTCGCGGGTAGTTGGTGGGCACAAGAGCGAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCATTATGAAATACGAAAAG         GGACACCGAGCTGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 CATCATTATGAAATACGAAAAGGTA...CAGGGACACCGAGCTGGGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAGGACAAGGGGCCTAAGCCTTTTCGAAGCTACAACAACAACGTCGAT
        |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
 100254 CAGAGGACAAGGGGCCTAAGCCTTTTGGAAGCTACAACAACAACATCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CA TTTGGGGATTGTA CA         TGAGACGGAGCTGCCTCCTCTG
        ||-||||||-|-|| |-||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100304 CACTTTGGG A TGCAGCAGTG...CAGTGAGACGGAGCTGCCTCCTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    181 ACTGCGCGGGAGGCGAAG         CAAATTCGGCGGGAGATCAGCCG
        ||||||||||||| ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101628 ACTGCGCGGGAGGTGAAGGTA...CAGCAAATTCGGCGGGAGATCAGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    222 AAAGAGCAAGTGGGTGGATATGCTGGGAGACTGGGAGAAATACAAAAGCA
        |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |  ||||||| ||
 102151 AAAGAGCAAGTGGGTGAAAATGCTGGGAGAATGGGACACCTACAAAAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    272 GCAGAAAG         CTCATAGATCGAGCGTACAAGGGAATGCCCATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||| ||||||| ||||||
 102201 GCAGAAAGGTA...CAGCTCATAGATCGAGCGTACCAGGGAATTCCCATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    313 AACATCCGGGGCCCGATGTGGTCAGTCCTCCTGAACACTGAGGAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
 102685 AACATCCGGGGCCCGATGTGGTCAGTCCTCCTGAACATTGAGGAAATCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    363 GTTGAAAAACCCCGGAAGATACCAG         ATCATGAAGGAGAAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102735 GTTGAAAAACCCCGGAAGATACCAGGTA...CAGATCATGAAGGAGAAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    404 GCAAGAAGTCATCTGAGCACATCCAGC GCATCGACCGGGACGTAAGCGG
        |||||| ||||||||| ||||||||||-|-|| |||| ||||||||||||
 103106 GCAAGAGGTCATCTGAACACATCCAGCAG ATGGACCTGGACGTAAGCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    453 GACATTAAGGAAGCATATATTCTTCAGGGATCGATACGGAACCAA     
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103155 GACATTAAGGAGGCATATATTCTTCAGGGATCGATACGGAACCAAGTA..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498     GCAGCGGGAACTACTCCACATCCTCCTGGCATATGAGGAGTACAAC
        .>>>|||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||
 103205 .TAGGCAGCGGGAACTACTTTACATCCTCCTGGCGTATGAGGAGTATAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    544 CCG         GAGGTGGGCTACTGCAGGGACCTGAGCCACATCGCCGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104497 CCGGTG...CAGGAGGTGGGCTACTGCAGGGACCTGAGCCACATCGCCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    585 CTTGTTCCTCCTCTATCTTCCTGAGGAGGATGCATTCTGGGCACTGGTGC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105081 CTTGTTCCTCCTTTATCTTCCTGAGGAGGATGCATTCTGGGCACTGGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    635 AGCTGCTGGCCAGTGAGAGGCACTCCCTGCAGG         GATTTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105131 AGCTGCTGGCCAGTGAGAGGCACTCCCTGCAGGGTA...CAGGATTTCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    676 AGCCCAAATGGCGGGACCGTCCAGGGGCTCCAAGACCAACAGGAGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105885 AGCCCAAATGGCGGGACCGTCCAGGGGCTCCAAGACCAACAGGAGCATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    726 GGTAGCCACGTCACAACCCAAGACCATGGGGCATCAG         GACA
        |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||>>>...>>>||||
 105935 GGTAGCCACGTCACTACCCAAGACCATGTGGCATTAGGTG...CAGGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    767 AGAAAGATCTATGTGGGCAGTGTTC CCCGTTAGGCTGCCTCATCCGGAT
        |||||||||||||||||||||||||- ||-||||||||||||||||||||
 106360 AGAAAGATCTATGTGGGCAGTGTTCGTCC TTAGGCTGCCTCATCCGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    816 ATTGATTGACGGG         ATCTCTCTCGGGCTCACCCTGCGCCTGT
        ||||||||| |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||| |
 106409 ATTGATTGATGGGGTA...CAGATCTCTCTCGGGCTCACCCTGCGCCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    857 GGGACGTGTATCTGGTAGAAGGCGAACAGGCGCTGATGCCGATAACAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||-|
 106913 GGGACGTGTATCTGGTAGAAGGCGAACAGGCGTTCATGCCGATAACAA A

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    907 ATCGCCTTTAAGGTTCAGCAGA         AGCGCCTCACGAAGACGTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106962 ATCGCCTTTAAGGTTCAGCAGAGTA...TAGAGCGCCTCACGAAGACGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    948 CAGGTGTGGCCCGTGGGCACGTTTTTGCAACCGGTTCGTTGATACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
 107373 CAGGTGTGGCCCGTGGGCACGTTTTTGGAACCGGTTCGTTGATGCCTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    998 CCAGGGATGAGGACACTGTGCTCAAGCATCTTAGGGCCTCTATGAAGAAA
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107423 CCAGGGATGATGACACTGTGCTCAAGCATCTTAGGGCCTCTATGAAGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1048 CTAACAAGAAAGAAGGGGGACCTGCCACCCCCAG         CCAAACC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107473 CTAACAAGAAAGCAGGGGGACCTGCCACCCCCAGGTG...CAGCCAAACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1089 CGAGCAAGGGTCGTCGGCATCCAGGCCTGTGCCGGCTTCACGTGGCGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 108495 CGAGCAAGGGTCGTCGGCATCCAGGCCTGTGCCGGCTTCACGGGGCGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1139 AGACCCTCTGCAAGGGGGACAGGCAGGCCCCTCCAGGCCCACCAGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108545 AGACCCTCTGCAAGGGGGACAGGCAGGCCCCTCCAGGCCCACCAGCCCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1189 TTCCCGCGGCCCATTTGGTCAGCTTCCCCGCCACGGGCACCTCGTTCTTC
        |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108595 TTCCCATGGCCCATTTGGTCAGCTTCCCCGCCACGGGCACCTCGTTCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1239 CACACCCTGTCCTGGTGGGGCTGTCCGGGAAGACACCTACCCTGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108645 CACACCCTGTCCTGGTGGGGCTGTCCGGGAAGACACCTACCCTGTGGGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1289 CTCAGGGTGTGCCCAGCCCGGCCCTGGCTCAGGGAGGACCTCAGGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108695 CTCAGGGTGTGCCCAGCCCGGCCCTGGCTCAGGGAGGACCTCAGGGTTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1339 TGGAGATTCCTGCAGTGGAACTCCATGCCCCGCCTCCCAACGGACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108745 TGGAGATTCCTGCAGTGGAACTCCATGCCCCGCCTCCCAACGGACCTGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1389 CGTAGAGGGCCCTTGGTTCCGCCATTATGATTTCAGACAGAGCTGCTGGG
        ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 108795 CGTAGGGGACCCTTGGTTCCGCCGTTATGATTTCAGACAGAGCTGCTGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1439 TCCGTGCCATATCCCAGGAGGACCAGCTGGCCCCCTGCTGGCAGGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
 108845 TCCGTGCCATATCCCAGGAGGACCAGCCGGCCACCTGCTGGCAGGCTGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1489 CACCCTGCGGAGCGGGTGAGATCGGCTTTCGC          TGCACCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |->>>...>>>||||||||
 108895 CACCCTGCGGAGCGGGTGAGATCGGCTTTCACTGCA...CAGTGCACCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GCACTGATTCCGACCAGGGCACCCCCTTCAGAGCTAGGGACGAACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108978 GCACTGATTCCGACCAGGGCACCCCCTTCAGAGCTAGGGACGAACAGCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TGTGCTCCCACCTCAGGGCCTTGCCTCTGCGGCCTCCACTTGGAAAGTTC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 109028 TGTGCTCCCACCTCAGGACCTTGCCTCTGCGGCCTCCACTTGGAAAGTTC

   1750     .    :    .
   1629 TCAGTTCCCTCCAGGCTTC
        |||||||||||||||||||
 109078 TCAGTTCCCTCCAGGCTTC