seq1 = pF1KB8660.tfa, 1647 bp
seq2 = pF1KB8660/gi568815581r_36437982.tfa (gi568815581r:36437982_38058010), 1620029 bp

>pF1KB8660 1647
>gi568815581r:36437982_38058010 (Chr17)

1-72  (1567580-1567651)   100% ->
73-158  (1567814-1567899)   100% ->
159-198  (1569183-1569222)   100% ->
199-279  (1569705-1569785)   100% ->
280-387  (1570229-1570336)   100% ->
388-497  (1570666-1570775)   99% ->
498-546  (1572024-1572072)   97% ->
547-667  (1572616-1572736)   100% ->
668-762  (1573450-1573544)   100% ->
763-828  (1573929-1573994)   100% ->
829-928  (1574458-1574557)   99% ->
929-1081  (1574928-1575080)   99% ->
1082-1647  (1576044-1576609)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGTGGTAGAGGTCGCGGGCAGTTGGTGGGCACAAGAGCGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1567580 ATGGACGTGGTAGAGGTCGCGGGCAGTTGGTGGGCACAAGAGCGAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCATTATGAAATACGAAAAG         GGACACCGAGCTGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
1567630 CATCATTATGAAATACGAAAAGGTA...CAGGGACACCGAGCTGGGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAGGACAAGGGGCCTAAGCCTTTTCGAAGCTACAACAACAACGTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1567833 CAGAGGACAAGGGGCCTAAGCCTTTTCGAAGCTACAACAACAACGTCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATTTGGGGATTGTACA         TGAGACGGAGCTGCCTCCTCTGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
1567883 CATTTGGGGATTGTACAGTG...CAGTGAGACGGAGCTGCCTCCTCTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCGCGGGAGGCGAAG         CAAATTCGGCGGGAGATCAGCCGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
1569207 TGCGCGGGAGGCGAAGGTA...CAGCAAATTCGGCGGGAGATCAGCCGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGAGCAAGTGGGTGGATATGCTGGGAGACTGGGAGAAATACAAAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1569730 AGAGCAAGTGGGTGGATATGCTGGGAGACTGGGAGAAATACAAAAGCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGAAAG         CTCATAGATCGAGCGTACAAGGGAATGCCCATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
1569780 AGAAAGGTA...CAGCTCATAGATCGAGCGTACAAGGGAATGCCCATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATCCGGGGCCCGATGTGGTCAGTCCTCCTGAACACTGAGGAAATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1570264 CATCCGGGGCCCGATGTGGTCAGTCCTCCTGAACACTGAGGAAATGAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGAAAAACCCCGGAAGATACCAG         ATCATGAAGGAGAAGGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
1570314 TGAAAAACCCCGGAAGATACCAGGTA...CAGATCATGAAGGAGAAGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AAGAAGTCATCTGAGCACATCCAGCGCATCGACCGGGACGTAAGCGGGAC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1570684 AAGAGGTCATCTGAGCACATCCAGCGCATCGACCGGGACGTAAGCGGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATTAAGGAAGCATATATTCTTCAGGGATCGATACGGAACCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
1570734 ATTAAGGAAGCATATATTCTTCAGGGATCGATACGGAACCAAGTA...TA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498  GCAGCGGGAACTACTCCACATCCTCCTGGCATATGAGGAGTACAACCCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
1572023 GGCAGCGGGAACTACTCCACATCCTCCTGGCATATGAGGAGTATAACCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547          GAGGTGGGCTACTGCAGGGACCTGAGCCACATCGCCGCCTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1572073 GTG...CAGGAGGTGGGCTACTGCAGGGACCTGAGCCACATCGCCGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GTTCCTCCTCTATCTTCCTGAGGAGGATGCATTCTGGGCACTGGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1572657 GTTCCTCCTCTATCTTCCTGAGGAGGATGCATTCTGGGCACTGGTGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGCTGGCCAGTGAGAGGCACTCCCTGCAGG         GATTTCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
1572707 TGCTGGCCAGTGAGAGGCACTCCCTGCAGGGTA...CAGGATTTCACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CCAAATGGCGGGACCGTCCAGGGGCTCCAAGACCAACAGGAGCATGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1573461 CCAAATGGCGGGACCGTCCAGGGGCTCCAAGACCAACAGGAGCATGTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGCCACGTCACAACCCAAGACCATGGGGCATCAG         GACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
1573511 AGCCACGTCACAACCCAAGACCATGGGGCATCAGGTG...CAGGACAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AAGATCTATGTGGGCAGTGTTCCCCGTTAGGCTGCCTCATCCGGATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1573936 AAGATCTATGTGGGCAGTGTTCCCCGTTAGGCTGCCTCATCCGGATATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATTGACGGG         ATCTCTCTCGGGCTCACCCTGCGCCTGTGGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
1573986 ATTGACGGGGTA...CAGATCTCTCTCGGGCTCACCCTGCGCCTGTGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CGTGTATCTGGTAGAAGGCGAACAGGCGCTGATGCCGATAACAAGAATCG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
1574490 CGTGTATCTGGTAGAAGGCGAACAGGCGTTGATGCCGATAACAAGAATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCTTTAAGGTTCAGCAGA         AGCGCCTCACGAAGACGTCCAGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
1574540 CCTTTAAGGTTCAGCAGAGTA...TAGAGCGCCTCACGAAGACGTCCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TGTGGCCCGTGGGCACGTTTTTGCAACCGGTTCGTTGATACCTGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1574951 TGTGGCCCGTGGGCACGTTTTTGCAACCGGTTCGTTGATACCTGGGCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GGATGAGGACACTGTGCTCAAGCATCTTAGGGCCTCTATGAAGAAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1575001 GGATGAGGACACTGTGCTCAAGCATCTTAGGGCCTCTATGAAGAAACTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CAAGAAAGAAGGGGGACCTGCCACCCCCAG         CCAAACCCGAG
        |||||||| |||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
1575051 CAAGAAAGCAGGGGGACCTGCCACCCCCAGGTG...CAGCCAAACCCGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CAAGGGTCGTCGGCATCCAGGCCTGTGCCGGCTTCACGTGGCGGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1576055 CAAGGGTCGTCGGCATCCAGGCCTGTGCCGGCTTCACGTGGCGGGAAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CCTCTGCAAGGGGGACAGGCAGGCCCCTCCAGGCCCACCAGCCCGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1576105 CCTCTGCAAGGGGGACAGGCAGGCCCCTCCAGGCCCACCAGCCCGGTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CGCGGCCCATTTGGTCAGCTTCCCCGCCACGGGCACCTCGTTCTTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1576155 CGCGGCCCATTTGGTCAGCTTCCCCGCCACGGGCACCTCGTTCTTCCACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CCCTGTCCTGGTGGGGCTGTCCGGGAAGACACCTACCCTGTGGGCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1576205 CCCTGTCCTGGTGGGGCTGTCCGGGAAGACACCTACCCTGTGGGCACTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGGTGTGCCCAGCCCGGCCCTGGCTCAGGGAGGACCTCAGGGTTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1576255 GGGTGTGCCCAGCCCGGCCCTGGCTCAGGGAGGACCTCAGGGTTCCTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GATTCCTGCAGTGGAACTCCATGCCCCGCCTCCCAACGGACCTGGACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1576305 GATTCCTGCAGTGGAACTCCATGCCCCGCCTCCCAACGGACCTGGACGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAGGGCCCTTGGTTCCGCCATTATGATTTCAGACAGAGCTGCTGGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1576355 GAGGGCCCTTGGTTCCGCCATTATGATTTCAGACAGAGCTGCTGGGTCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGCCATATCCCAGGAGGACCAGCTGGCCCCCTGCTGGCAGGCTGAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1576405 TGCCATATCCCAGGAGGACCAGCTGGCCCCCTGCTGGCAGGCTGAACACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CTGCGGAGCGGGTGAGATCGGCTTTCGCTGCACCCAGCACTGATTCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1576455 CTGCGGAGCGGGTGAGATCGGCTTTCGCTGCACCCAGCACTGATTCCGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CAGGGCACCCCCTTCAGAGCTAGGGACGAACAGCAGTGTGCTCCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1576505 CAGGGCACCCCCTTCAGAGCTAGGGACGAACAGCAGTGTGCTCCCACCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGGGCCTTGCCTCTGCGGCCTCCACTTGGAAAGTTCTCAGTTCCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1576555 AGGGCCTTGCCTCTGCGGCCTCCACTTGGAAAGTTCTCAGTTCCCTCCAG

   1750     .
   1643 GCTTC
        |||||
1576605 GCTTC