seq1 = pF1KB8660.tfa, 1647 bp
seq2 = pF1KB8660/gi568815581f_38029496.tfa (gi568815581f:38029496_38238550), 209055 bp

>pF1KB8660 1647
>gi568815581f:38029496_38238550 (Chr17)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-158  (100235-100320)   100% ->
159-198  (101604-101643)   100% ->
199-279  (102126-102206)   100% ->
280-387  (102650-102757)   99% ->
388-497  (103087-103196)   100% ->
498-546  (104452-104500)   100% ->
547-667  (105044-105164)   100% ->
668-762  (105878-105972)   100% ->
763-828  (106357-106422)   100% ->
829-928  (106886-106985)   100% ->
929-1081  (107356-107508)   100% ->
1082-1647  (108490-109055)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGTGGTAGAGGTCGCGGGCAGTTGGTGGGCACAAGAGCGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGTGGTAGAGGTCGCGGGCAGTTGGTGGGCACAAGAGCGAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCATTATGAAATACGAAAAG         GGACACCGAGCTGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 CATCATTATGAAATACGAAAAGGTA...CAGGGACACCGAGCTGGGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAGGACAAGGGGCCTAAGCCTTTTCGAAGCTACAACAACAACGTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100254 CAGAGGACAAGGGGCCTAAGCCTTTTCGAAGCTACAACAACAACGTCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATTTGGGGATTGTACA         TGAGACGGAGCTGCCTCCTCTGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100304 CATTTGGGGATTGTACAGTG...CAGTGAGACGGAGCTGCCTCCTCTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCGCGGGAGGCGAAG         CAAATTCGGCGGGAGATCAGCCGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101628 TGCGCGGGAGGCGAAGGTA...CAGCAAATTCGGCGGGAGATCAGCCGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGAGCAAGTGGGTGGATATGCTGGGAGACTGGGAGAAATACAAAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 AGAGCAAGTGGGTGGATATGCTGGGAGACTGGGAGAAATACAAAAGCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGAAAG         CTCATAGATCGAGCGTACAAGGGAATGCCCATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 102201 AGAAAGGTA...CAGCTCATAGATCAAGCGTACAAGGGAATGCCCATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATCCGGGGCCCGATGTGGTCAGTCCTCCTGAACACTGAGGAAATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102685 CATCCGGGGCCCGATGTGGTCAGTCCTCCTGAACACTGAGGAAATGAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGAAAAACCCCGGAAGATACCAG         ATCATGAAGGAGAAGGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102735 TGAAAAACCCCGGAAGATACCAGGTA...CAGATCATGAAGGAGAAGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AAGAAGTCATCTGAGCACATCCAGCGCATCGACCGGGACGTAAGCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103105 AAGAAGTCATCTGAGCACATCCAGCGCATCGACCGGGACGTAAGCGGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATTAAGGAAGCATATATTCTTCAGGGATCGATACGGAACCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103155 ATTAAGGAAGCATATATTCTTCAGGGATCGATACGGAACCAAGTA...TA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498  GCAGCGGGAACTACTCCACATCCTCCTGGCATATGAGGAGTACAACCCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104451 GGCAGCGGGAACTACTCCACATCCTCCTGGCATATGAGGAGTACAACCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547          GAGGTGGGCTACTGCAGGGACCTGAGCCACATCGCCGCCTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104501 GTG...CAGGAGGTGGGCTACTGCAGGGACCTGAGCCACATCGCCGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GTTCCTCCTCTATCTTCCTGAGGAGGATGCATTCTGGGCACTGGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105085 GTTCCTCCTCTATCTTCCTGAGGAGGATGCATTCTGGGCACTGGTGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGCTGGCCAGTGAGAGGCACTCCCTGCAGG         GATTTCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105135 TGCTGGCCAGTGAGAGGCACTCCCTGCAGGGTT...CAGGATTTCACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CCAAATGGCGGGACCGTCCAGGGGCTCCAAGACCAACAGGAGCATGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105889 CCAAATGGCGGGACCGTCCAGGGGCTCCAAGACCAACAGGAGCATGTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGCCACGTCACAACCCAAGACCATGGGGCATCAG         GACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105939 AGCCACGTCACAACCCAAGACCATGGGGCATCAGGTG...CAGGACAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AAGATCTATGTGGGCAGTGTTCCCCGTTAGGCTGCCTCATCCGGATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106364 AAGATCTATGTGGGCAGTGTTCCCCGTTAGGCTGCCTCATCCGGATATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATTGACGGG         ATCTCTCTCGGGCTCACCCTGCGCCTGTGGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106414 ATTGACGGGGTA...CAGATCTCTCTCGGGCTCACCCTGCGCCTGTGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CGTGTATCTGGTAGAAGGCGAACAGGCGCTGATGCCGATAACAAGAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106918 CGTGTATCTGGTAGAAGGCGAACAGGCGCTGATGCCGATAACAAGAATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCTTTAAGGTTCAGCAGA         AGCGCCTCACGAAGACGTCCAGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106968 CCTTTAAGGTTCAGCAGAGTA...TAGAGCGCCTCACGAAGACGTCCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TGTGGCCCGTGGGCACGTTTTTGCAACCGGTTCGTTGATACCTGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107379 TGTGGCCCGTGGGCACGTTTTTGCAACCGGTTCGTTGATACCTGGGCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GGATGAGGACACTGTGCTCAAGCATCTTAGGGCCTCTATGAAGAAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107429 GGATGAGGACACTGTGCTCAAGCATCTTAGGGCCTCTATGAAGAAACTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CAAGAAAGAAGGGGGACCTGCCACCCCCAG         CCAAACCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107479 CAAGAAAGAAGGGGGACCTGCCACCCCCAGGTG...CAGCCAAACCCGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CAAGGGTCGTCGGCATCCAGGCCTGTGCCGGCTTCACGTGGCGGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108501 CAAGGGTCGTCGGCATCCAGGCCTGTGCCGGCTTCACGTGGCGGGAAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CCTCTGCAAGGGGGACAGGCAGGCCCCTCCAGGCCCACCAGCCCGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108551 CCTCTGCAAGGGGGACAGGCAGGCCCCTCCAGGCCCACCAGCCCGGTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CGCGGCCCATTTGGTCAGCTTCCCCGCCACGGGCACCTCGTTCTTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108601 CGCGGCCCATTTGGTCAGCTTCCCCGCCACGGGCACCTCGTTCTTCCACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CCCTGTCCTGGTGGGGCTGTCCGGGAAGACACCTACCCTGTGGGCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108651 CCCTGTCCTGGTGGGGCTGTCCGGGAAGACACCTACCCTGTGGGCACTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGGTGTGCCCAGCCCGGCCCTGGCTCAGGGAGGACCTCAGGGTTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108701 GGGTGTGCCCAGCCCGGCCCTGGCTCAGGGAGGACCTCAGGGTTCCTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GATTCCTGCAGTGGAACTCCATGCCCCGCCTCCCAACGGACCTGGACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108751 GATTCCTGCAGTGGAACTCCATGCCCCGCCTCCCAACGGACCTGGACGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAGGGCCCTTGGTTCCGCCATTATGATTTCAGACAGAGCTGCTGGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108801 GAGGGCCCTTGGTTCCGCCATTATGATTTCAGACAGAGCTGCTGGGTCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGCCATATCCCAGGAGGACCAGCTGGCCCCCTGCTGGCAGGCTGAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108851 TGCCATATCCCAGGAGGACCAGCTGGCCCCCTGCTGGCAGGCTGAACACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CTGCGGAGCGGGTGAGATCGGCTTTCGCTGCACCCAGCACTGATTCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108901 CTGCGGAGCGGGTGAGATCGGCTTTCGCTGCACCCAGCACTGATTCCGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CAGGGCACCCCCTTCAGAGCTAGGGACGAACAGCAGTGTGCTCCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108951 CAGGGCACCCCCTTCAGAGCTAGGGACGAACAGCAGTGTGCTCCCACCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGGGCCTTGCCTCTGCGGCCTCCACTTGGAAAGTTCTCAGTTCCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109001 AGGGCCTTGCCTCTGCGGCCTCCACTTGGAAAGTTCTCAGTTCCCTCCAG

   1750     .
   1643 GCTTC
        |||||
 109051 GCTTC