seq1 = pF1KB8657.tfa, 1362 bp
seq2 = pF1KB8657/gi568815591f_5090420.tfa (gi568815591f:5090420_5330944), 240525 bp

>pF1KB8657 1362
>gi568815591f:5090420_5330944 (Chr7)

1-74  (100001-100074)   100% ->
75-128  (102699-102752)   100% ->
129-211  (109157-109239)   100% ->
212-381  (124116-124285)   99% ->
382-478  (126144-126240)   100% ->
479-576  (126671-126768)   100% ->
577-669  (127503-127595)   100% ->
670-740  (132183-132253)   100% ->
741-848  (135404-135511)   100% ->
849-1013  (136761-136925)   100% ->
1014-1121  (137685-137792)   100% ->
1122-1252  (139189-139319)   100% ->
1253-1362  (140416-140525)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCTGGCGAGCCAGAGCGGGGAGGCCGGCGCCGGCCAGCTGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCTGGCGAGCCAGAGCGGGGAGGCCGGCGCCGGCCAGCTGCTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCAACTTCAACCAGGACAACAC         AGAAGTGAAAGGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100051 CGCCAACTTCAACCAGGACAACACGTA...TAGAGAAGTGAAAGGGGCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAAGAGCAGCTGGTCTTGGCCGTCGCGCTGTTGTCTG         GTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102716 CAAGAGCAGCTGGTCTTGGCCGTCGCGCTGTTGTCTGGTT...CAGGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTAGCTGTTGGTAGTAAGTCCGGTTATAAATTTTTCTCCCTTTCTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109161 CTAGCTGTTGGTAGTAAGTCCGGTTATAAATTTTTCTCCCTTTCTTCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGATAAGCTGGAACAGATCTATGAATGCA         CCGATACGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109211 GGATAAGCTGGAACAGATCTATGAATGCAGTA...CAGCCGATACGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGTGTGCATTGTAGAGAGATTGTTCTCCAGCAGCCTAGTGGCCATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 124128 ATGTGTGCATTGTAGAGAGATTGTTCTCCAGCAGCCTAGTGGCCATCGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGCCTTAAAGCACCAAGGAAGCTAAAGGTTTGCCACTTTAAGAAGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124178 AGCCTTAAAGCACCAAGGAAGCTAAAGGTTTGCCACTTTAAGAAGGGAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAGATCTGCAACTACAGCTACTCCAACACGATTCTGGCTGTGAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124228 TGAGATCTGCAACTACAGCTACTCCAACACGATTCTGGCTGTGAAGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAGGCAG         AGGCTGATAGTATGCCTGGAGGAGTCCCTGTAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 124278 ACAGGCAGGTG...TAGAGGCTGATAGTATGCCTGGAGGAGTCCCTGTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATCCACAACATTCGGGACATGAAGGTGCTGCATACGATCAGGGAGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126177 ATCCACAACATTCGGGACATGAAGGTGCTGCATACGATCAGGGAGACGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCCAAACCCTGCAG         GCCTGTGTGCGCTGTCAATCAACAACG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 126227 TCCAAACCCTGCAGGTG...CAGGCCTGTGTGCGCTGTCAATCAACAACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACAACTGCTACTTGGCGTACCCAGGGAGCGCGACCATCGGAGAGGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126698 ACAACTGCTACTTGGCGTACCCAGGGAGCGCGACCATCGGAGAGGTGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTCTTCGATACCATTAATTTG         AGAGCTGCAAACATGATTCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 126748 GTCTTCGATACCATTAATTTGGTG...CAGAGAGCTGCAAACATGATTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGCTCACGACAGTCCTTTAGCGGCACTGGCCTTTGACGCAAGTGGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127523 GGCTCACGACAGTCCTTTAGCGGCACTGGCCTTTGACGCAAGTGGAACTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AACTTGCCACGGCTTCGGAGAAG         GGGACCGTGATTAGGGTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 127573 AACTTGCCACGGCTTCGGAGAAGGTG...CAGGGGACCGTGATTAGGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTTTCCATTCCAGAAGGACAAAAACTCTTTGAGTTTCGGAGAGGAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132201 TTTTCCATTCCAGAAGGACAAAAACTCTTTGAGTTTCGGAGAGGAGTAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAG         GTGCGTGAGCATCTGCTCCCTGGCCTTCAGCATGGACG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132251 GAGGTA...CAGGTGCGTGAGCATCTGCTCCCTGGCCTTCAGCATGGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GCATGTTCCTCTCCGCCTCCAGCAACACTGAGACCGTGCACATCTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135442 GCATGTTCCTCTCCGCCTCCAGCAACACTGAGACCGTGCACATCTTCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTCGAGACTGTGAAAGAAAA         ACCCCCAGAGGAGCCCACCAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 135492 CTCGAGACTGTGAAAGAAAAGTG...CAGACCCCCAGAGGAGCCCACCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CTGGACCGGGTACTTCGGGAAAGTGCTCATGGCCTCCACCAGCTACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136782 CTGGACCGGGTACTTCGGGAAAGTGCTCATGGCCTCCACCAGCTACCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTTCCCAAGTGACAGAAATGTTCAACCAGGGCAGAGCCTTCGCCACGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136832 CTTCCCAAGTGACAGAAATGTTCAACCAGGGCAGAGCCTTCGCCACGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGCCTGCCATTCTGCGGCCACAAAAACATCTGCTCGCTAGCCAC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 136882 CGCCTGCCATTCTGCGGCCACAAAAACATCTGCTCGCTAGCCACGTG...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1014    AATTCAGAAGATCCCGCGGTTGTTGGTGGGTGCCGCCGACGGGTACC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137682 TAGAATTCAGAAGATCCCGCGGTTGTTGGTGGGTGCCGCCGACGGGTACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGTACATGTACAACCTGGACCCCCAGGAGGGCGGCGAGTGTGCCCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137732 TGTACATGTACAACCTGGACCCCCAGGAGGGCGGCGAGTGTGCCCTGATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AAGCAGCACCG         GCTGGACGGCAGTCTGGAAACGACCAATGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 137782 AAGCAGCACCGGTG...CAGGCTGGACGGCAGTCTGGAAACGACCAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GATCTTGGACTCTGCCTCTCACGACTGCCCCTTAGTCACTCAGACATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139219 GATCTTGGACTCTGCCTCTCACGACTGCCCCTTAGTCACTCAGACATACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GCGCAGCTGCAGGAAAAGGTACTTACGTGCCTTCATCCCCAACGAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139269 GCGCAGCTGCAGGAAAAGGTACTTACGTGCCTTCATCCCCAACGAGACTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 G         CCTACACAGACGACCTGGGTGCTGTGGGTGGCGCCTGCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139319 GGTA...CAGCCTACACAGACGACCTGGGTGCTGTGGGTGGCGCCTGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGAGGACGAGGCCAGCGCCCTGCGCCTGGATGAGGACAGCGAGCACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140456 GGAGGACGAGGCCAGCGCCCTGCGCCTGGATGAGGACAGCGAGCACCCGC

   1450     .    :    .    :
   1343 CCATGATTCTTCGGACTGAC
        ||||||||||||||||||||
 140506 CCATGATTCTTCGGACTGAC