seq1 = pF1KB8656.tfa, 1701 bp
seq2 = pF1KB8656/gi568815584f_88291379.tfa (gi568815584f:88291379_88538419), 247041 bp

>pF1KB8656 1701
>gi568815584f:88291379_88538419 (Chr14)

1-19  (94441-94459)   100% ->
20-94  (100003-100077)   100% ->
95-142  (104778-104825)   97% ->
143-276  (125333-125466)   99% ->
277-749  (134854-135326)   100% ->
750-816  (136252-136318)   100% ->
817-932  (137970-138085)   100% ->
933-986  (139794-139847)   100% ->
987-1064  (141757-141834)   100% ->
1065-1119  (146165-146219)   98% ->
1120-1701  (146460-147041)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGGCAGCCGGAGAG         TCAGAGCAACCTCTGTCCTTCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  94441 ATGGATGGCAGCCGGAGAGGTA...AAGTCAGAGCAACCTCTGTCCTTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAGATATGGTCCACCGTGCCTATTTAAAGGACACTTGAGCACCAAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100025 CAGATATGGTCCACCGTGCCTATTTAAAGGACACTTGAGCACCAAAAGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATG         CTGCAGTAGACTGCTCGGTTCCAGTAAGCATGAGTACC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100075 ATGGTA...CAGCTGCAGTAGACTGCTCGGTTCCAGTAAGCGTGAGTACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGCATAAAGT         ATGCAGACCAACAACGAAGAGAGAAACTCAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104816 AGCATAAAGTGTA...TAGATGCAGACCAACAACGAAGAGAGAAACTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 AAAGGAATTAGCACAATGTGAAAAAGAGTTCAAATTAACTAAAACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125364 AAAGGAATTAGCACAATGTGAAAAAGAGTTCAAATTAACTAAAACTGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGCGAGCCAATTATAAAAATAATTCCAAGTCACTTTTTAATACCTTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125414 TGCGAGCCAATTATAAAAATAATTCCAAGTCACTTTTTAATACCTTACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAG         CCCTCAGGCGAACCGCAAATTGAGGATGACATGTTAAA
         ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125464 AAGGTA...TAGCCCTCAGGCGAACCGCAAATTGAGGATGACATGTTAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGAAGAAATGAATGGATTTTCATCCTTTGCAAGGTCACTAGTACCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134892 AGAAGAAATGAATGGATTTTCATCCTTTGCAAGGTCACTAGTACCCTCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAGAGAGACTACACCTAAGTCTACATAAATCCAGTAAAGTCATCACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134942 CAGAGAGACTACACCTAAGTCTACATAAATCCAGTAAAGTCATCACAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGTCCTGAGAAGAACTCCAGTTCCTCCCCGTCCAGTGTGGATTATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134992 GGTCCTGAGAAGAACTCCAGTTCCTCCCCGTCCAGTGTGGATTATGCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCCGGGCCCCGGAAACTGAGCTCTGGAGCCCTGTATGGCAGAAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135042 CTCCGGGCCCCGGAAACTGAGCTCTGGAGCCCTGTATGGCAGAAGGCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAAGCACATTCCCAAATTCCCACCGGTTTCAGTTAGTCATTTCGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135092 GAAGCACATTCCCAAATTCCCACCGGTTTCAGTTAGTCATTTCGAAAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCCAGTGGGGATCTTTTGGATAAACATTCTGAACTCTTTTCTAACAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135142 CCCAGTGGGGATCTTTTGGATAAACATTCTGAACTCTTTTCTAACAAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATTGCCATTCACTCCTCGCACTTTAAAAACAGAAGCAAAATCTTTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135192 ATTGCCATTCACTCCTCGCACTTTAAAAACAGAAGCAAAATCTTTCCTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CACAGTATCGCTATTATACACCTGCCAAAAGAAAAAAGGATTTTACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135242 CACAGTATCGCTATTATACACCTGCCAAAAGAAAAAAGGATTTTACAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAACGGATAGAAGCTGAAACCCAGACTGAATTAAG         CTTTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 135292 CAACGGATAGAAGCTGAAACCCAGACTGAATTAAGGTA...CAGCTTTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATCTGAGTTGGGGACAGCTGAGACTAAAAACATGACAGATTCAGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136258 ATCTGAGTTGGGGACAGCTGAGACTAAAAACATGACAGATTCAGAAATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACATAAAGCAG         GCATCTAATTGTGTGACATATGATGCCAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 136308 ACATAAAGCAGGTA...CAGGCATCTAATTGTGTGACATATGATGCCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAAAAATAGCTCCTTTACCTTTAGAAGGGCATGACTCAACATGGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138000 GAAAAAATAGCTCCTTTACCTTTAGAAGGGCATGACTCAACATGGGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GATTAAGGATGATGCTCTTCAGCATTCCTCACCAAG         GGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 138050 GATTAAGGATGATGCTCTTCAGCATTCCTCACCAAGGTA...TAGGGCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGTGTCAGTATTCCCTGAAGCCCCCTTCAACTCGTAAAATCTACTCTGA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 139799 TGTGTCAGTATTCCCTGAAGCCCCCTTCAACTCGTAAAATCTACTCTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987         TGAAGAAGAACTGTTGTATCTGAGTTTCATTGAAGATGTAAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139849 TA...CAGTGAAGAAGAACTGTTGTATCTGAGTTTCATTGAAGATGTAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGATGAAATTTTGAAACTTGGTTTATTTTCAAACAG         GTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 141799 AGATGAAATTTTGAAACTTGGTTTATTTTCAAACAGGTT...TAGGTTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TAGAACGACTGTTCGAGCGACATATAAAACAAAATAAACATTTGGAGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 146170 TAGAACGACTGTTCGAGCGACATATAAAACAAAATAAACATTTGGAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120          GAAAAAATGCGCCACCTGCTGCATGTCCTGAAAGTAGACTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146220 GTT...TAGGAAAAAATGCGCCACCTGCTGCATGTCCTGAAAGTAGACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGGCTGCACATCGGAGGAAAACTCGGTAAAGCAAAATGATGTTGATATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146501 AGGCTGCACATCGGAGGAAAACTCGGTAAAGCAAAATGATGTTGATATGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGAATGTATTTGATTTTGAAAAGGCTGGGAATTCAGAACCAAATAAATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 146551 TGAATGTATTTGATTTTGAAAAGGCTGGGAATTCAGAACCAAATGAATTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAAAATGAAAGTGAAGTAACAATTCAGCAGGAACGTCAACAATACCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146601 AAAAATGAAAGTGAAGTAACAATTCAGCAGGAACGTCAACAATACCAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGCTTTGGATATGTTATTGTCGGCACCAAAGGATGAGAACGAGATATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146651 GGCTTTGGATATGTTATTGTCGGCACCAAAGGATGAGAACGAGATATTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTTCACCAACTGAATTTTTCATGCCTATTTATAAATCAAAGCATTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146701 CTTCACCAACTGAATTTTTCATGCCTATTTATAAATCAAAGCATTCAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGGGTTATAATTCAACAGGTGAATGATGAAACAAATCTTGAAACTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146751 GGGGTTATAATTCAACAGGTGAATGATGAAACAAATCTTGAAACTTCAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TTTGGATGAAAATCATCCAAGTATTTCAGACAGTTTAACAGATCGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146801 TTTGGATGAAAATCATCCAAGTATTTCAGACAGTTTAACAGATCGGGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CTTCTGTGAATGTCATTGAAGGTGATAGTGACCCTGAAAAGGTTGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146851 CTTCTGTGAATGTCATTGAAGGTGATAGTGACCCTGAAAAGGTTGAGATT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TCAAATGGATTATGTGGTCTTAACACATCACCCTCCCAATCTGTTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146901 TCAAATGGATTATGTGGTCTTAACACATCACCCTCCCAATCTGTTCAGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CTCCAGTGTCAAAGGCGACAATAATCATGACATGGAGTTATCAACTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146951 CTCCAGTGTCAAAGGCGACAATAATCATGACATGGAGTTATCAACTCTTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AAATCATGGAAATGAGCATTGAGGACTGCCCTTTGGATGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147001 AAATCATGGAAATGAGCATTGAGGACTGCCCTTTGGATGTT