seq1 = pF1KB8643.tfa, 1551 bp
seq2 = pF1KB8643/gi568815576f_46662787.tfa (gi568815576f:46662787_47273623), 610837 bp

>pF1KB8643 1551
>gi568815576f:46662787_47273623 (Chr22)

1-62  (100001-100062)   100% ->
63-119  (129734-129790)   100% ->
120-460  (130715-131055)   100% ->
461-637  (134658-134834)   100% ->
638-708  (215867-215937)   100% ->
709-837  (228480-228608)   100% ->
838-900  (231998-232060)   100% ->
901-1015  (249288-249402)   100% ->
1016-1125  (311504-311613)   100% ->
1126-1201  (334848-334923)   100% ->
1202-1329  (374285-374412)   100% ==
1426-1551  (510712-510837)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGCGACGGGGCCAGGAAGCAATTCTGGAAGCGCAGCAACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGCGACGGGGCCAGGAAGCAATTCTGGAAGCGCAGCAACAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCCGGGCAG         CATCCAGCACGTGTATGGTGCCCAGCACC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCCCGGGCAGGTG...CAGCATCCAGCACGTGTATGGTGCCCAGCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCCCTTTGATCCACTGTTACATGGCAC         TTTGCTCAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 129763 CCCCCTTTGATCCACTGTTACATGGCACGTA...CAGTTTGCTCAGGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACGGCCAAGATGCCGACCACACCAGTGAAGGCCAAGAGGGTCAGCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130728 ACGGCCAAGATGCCGACCACACCAGTGAAGGCCAAGAGGGTCAGCACCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCAGGAGTTTGAGAGCAATACCAGCGATGCCTGGGACGCTGGGGAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130778 CCAGGAGTTTGAGAGCAATACCAGCGATGCCTGGGACGCTGGGGAGGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACGATGAGCTCCTGGCCATGGCGGCGGAGAGCCTGAACTCCGAGGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130828 ACGATGAGCTCCTGGCCATGGCGGCGGAGAGCCTGAACTCCGAGGTGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGGAGACGGCCAACCGTGTGCTGCGTAACCACAGCCAGCGGCAGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130878 ATGGAGACGGCCAACCGTGTGCTGCGTAACCACAGCCAGCGGCAGGGGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCCACGCTGCAGGAGGGGCCAGGGCTTCAGCAGAAGCCCAGGCCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130928 GCCCACGCTGCAGGAGGGGCCAGGGCTTCAGCAGAAGCCCAGGCCCGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGAGCCGCCCTCACCCCCCAGCGGCGACCTCCGGCTGGTGAAGTCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130978 CAGAGCCGCCCTCACCCCCCAGCGGCGACCTCCGGCTGGTGAAGTCGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGTGAGAGCCACACGTCCTGTCCTGCAG         AAAGTGCCAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 131028 AGTGAGAGCCACACGTCCTGTCCTGCAGGTA...CAGAAAGTGCCAGCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCCGCCCCTCTGCAGAGGTCCCAGTCTCTCCCACACTCGGCCACCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134671 TGCCGCCCCTCTGCAGAGGTCCCAGTCTCTCCCACACTCGGCCACCGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGCTGGGTGGCACATCTGACCCCAGCACTCTCAGCAGCTCAGCGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134721 CGCTGGGTGGCACATCTGACCCCAGCACTCTCAGCAGCTCAGCGCTGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAAGAGAGGCCTCCCGGCTCGACAAGTTCAAGCAGCTGCTTGCCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134771 GAAAGAGAGGCCTCCCGGCTCGACAAGTTCAAGCAGCTGCTTGCCGGCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAACACGGACCTTG         AGGAATTACGGAGGTTGAGCTGGTCCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 134821 CAACACGGACCTTGGTA...CAGAGGAATTACGGAGGTTGAGCTGGTCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAATCCCTAAGCCAGTGCGTCCAATGACGTGGAAGCTCCTCTCA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 215894 GAATCCCTAAGCCAGTGCGTCCAATGACGTGGAAGCTCCTCTCAGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    709    GGTTACCTTCCCGCCAATGTAGACCGGAGACCAGCCACTCTCCAGAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228477 CAGGGTTACCTTCCCGCCAATGTAGACCGGAGACCAGCCACTCTCCAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAAACAAAAAGAATATTTTGCATTTATTGAGCACTATTACGATTCTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228527 AAAACAAAAAGAATATTTTGCATTTATTGAGCACTATTACGATTCTAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACGACGAAGTTCACCAGGACACATACAGGCAG         ATCCACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 228577 ACGACGAAGTTCACCAGGACACATACAGGCAGGTG...CAGATCCACATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACATCCCTCGCATGAGCCCTGAAGCGTTGATCCTGCAGCCCAAGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232007 GACATCCCTCGCATGAGCCCTGAAGCGTTGATCCTGCAGCCCAAGGTGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGAG         ATTTTTGAAAGGATCTTGTTCATATGGGCGATCCGCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232057 GGAGGTA...CAGATTTTTGAAAGGATCTTGTTCATATGGGCGATCCGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCCAGCCAGTGGATACGTTCAGGGTATAAATGATCTCGTCACTCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249325 ACCCAGCCAGTGGATACGTTCAGGGTATAAATGATCTCGTCACTCCTTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTGTGGTCTTCATTTGTGAATACATAG         AGGCAGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 249375 TTTGTGGTCTTCATTTGTGAATACATAGGTA...CAGAGGCAGAGGAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGACACGGTGGACGTCTCCGGCGTGCCCGCAGAGGTGCTGTGCAACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311517 GGACACGGTGGACGTCTCCGGCGTGCCCGCAGAGGTGCTGTGCAACATCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGCCGACACCTACTGGTGCATGAGCAAGCTGCTGGATGGCATTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 311567 AGGCCGACACCTACTGGTGCATGAGCAAGCTGCTGGATGGCATTCAGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1126       GACAACTACACCTTTGCCCAACCTGGGATTCAAATGAAAGTGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311617 ...TAGGACAACTACACCTTTGCCCAACCTGGGATTCAAATGAAAGTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AATGTTAGAAGAACTCGTGAGCCGGATTGATG         AGCAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 334892 AATGTTAGAAGAACTCGTGAGCCGGATTGATGGTA...CAGAGCAAGTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACCGGCACCTGGACCAACACGAAGTGAGATACCTGCAGTTTGCCTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 374294 ACCGGCACCTGGACCAACACGAAGTGAGATACCTGCAGTTTGCCTTCCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TGGATGAACAACCTGCTGATGAGGGAGGTGCCCCTGCGTTGTACCATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 374344 TGGATGAACAACCTGCTGATGAGGGAGGTGCCCCTGCGTTGTACCATCCG

   1400     .    :    .
   1311 CCTGTGGGACACCTACCAG
        |||||||||||||||||||
 374394 CCTGTGGGACACCTACCAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1426 GAGCTGCTGCTCTTCCTCCAGAACCTGCCCACAGCCCACTGGGATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 510712 GAGCTGCTGCTCTTCCTCCAGAACCTGCCCACAGCCCACTGGGATGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1476 GGACATCAGCCTGTTGCTGGCCGAGGCCTACCGCCTCAAGTTTGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 510762 GGACATCAGCCTGTTGCTGGCCGAGGCCTACCGCCTCAAGTTTGCTTTTG

    100     .    :    .    :    .
   1526 CCGACGCCCCCAATCACTACAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||
 510812 CCGACGCCCCCAATCACTACAAGAAA