seq1 = pF1KB8639.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KB8639/gi568815596f_102238265.tfa (gi568815596f:102238265_102443429), 205165 bp

>pF1KB8639 984
>gi568815596f:102238265_102443429 (Chr2)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-272  (100573-100783)   100% ->
273-447  (101834-102008)   100% ->
448-610  (102402-102564)   100% ->
611-682  (103959-104030)   100% ->
683-824  (104772-104913)   100% ->
825-984  (105006-105165)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGTTTTGGATCTTAGCAATTCTCACAATTCTCATGTATTCCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGTTTTGGATCTTAGCAATTCTCACAATTCTCATGTATTCCACAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCAAAGTTTA         GTAAACAATCATGGGGCCTGGAAAATGAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCAAAGTTTAGTA...CAGGTAAACAATCATGGGGCCTGGAAAATGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTTAATTGTAAGATGTCCTAGACAAGGAAAACCTAGTTACACCGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100603 CTTTAATTGTAAGATGTCCTAGACAAGGAAAACCTAGTTACACCGTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGTATTACTCACAAACAAACAAAAGTATTCCCACTCAGGAAAGAAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100653 TGGTATTACTCACAAACAAACAAAAGTATTCCCACTCAGGAAAGAAATCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGTTTGCCTCAGGCCAACTTCTGAAGTTTCTACCAGCTGCAGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100703 TGTGTTTGCCTCAGGCCAACTTCTGAAGTTTCTACCAGCTGCAGTTGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTCTGGTATTTATACCTGTATTGTCAGAAG         TCCCACATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100753 ATTCTGGTATTTATACCTGTATTGTCAGAAGGTA...CAGTCCCACATTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATAGGACTGGATATGCGAATGTCACCATATATAAAAAACAATCAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101844 AATAGGACTGGATATGCGAATGTCACCATATATAAAAAACAATCAGATTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAATGTTCCAGATTATTTGATGTATTCAACAGTATCTGGATCAGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101894 CAATGTTCCAGATTATTTGATGTATTCAACAGTATCTGGATCAGAAAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTCCAAAATTTATTGTCCTACCATTGACCTCTACAACTGGACAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101944 ATTCCAAAATTTATTGTCCTACCATTGACCTCTACAACTGGACAGCACCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTTGAGTGGTTTAAG         AATTGTCAGGCTCTTCAAGGATCAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101994 CTTGAGTGGTTTAAGGTA...CAGAATTGTCAGGCTCTTCAAGGATCAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTACAGGGCGCACAAGTCATTTTTGGTCATTGATAATGTGATGACTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102428 GTACAGGGCGCACAAGTCATTTTTGGTCATTGATAATGTGATGACTGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACGCAGGTGATTACACCTGTAAATTTATACACAATGAAAATGGAGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102478 ACGCAGGTGATTACACCTGTAAATTTATACACAATGAAAATGGAGCCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TATAGTGTGACGGCGACCAGGTCCTTCACGGTCAAGG         ATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102528 TATAGTGTGACGGCGACCAGGTCCTTCACGGTCAAGGGTA...AAGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCAAGGCTTTTCTCTGTTTCCAGTAATCGGAGCCCCTGCACAAAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103963 GCAAGGCTTTTCTCTGTTTCCAGTAATCGGAGCCCCTGCACAAAATGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TAAAGGAAGTGGAAATTG         GAAAAAACGCAAACCTAACTTGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104013 TAAAGGAAGTGGAAATTGGTA...TAGGAAAAAACGCAAACCTAACTTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCTGCTTGTTTTGGAAAAGGCACTCAGTTCTTGGCTGCCGTCCTGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104795 TCTGCTTGTTTTGGAAAAGGCACTCAGTTCTTGGCTGCCGTCCTGTGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCTTAATGGAACAAAAATTACAGACTTTGGTGAACCAAGAATTCAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104845 GCTTAATGGAACAAAAATTACAGACTTTGGTGAACCAAGAATTCAACAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGAAGGGCAAAATCAAAG         TTTCAGCAATGGGCTGGCTTGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104895 AGGAAGGGCAAAATCAAAGGTA...TAGTTTCAGCAATGGGCTGGCTTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTAGACATGGTTTTAAGAATAGCTGACGTGAAGGAAGAGGATTTATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105028 CTAGACATGGTTTTAAGAATAGCTGACGTGAAGGAAGAGGATTTATTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCAGTACGACTGTCTGGCCCTGAATTTGCATGGCTTGAGAAGGCACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105078 GCAGTACGACTGTCTGGCCCTGAATTTGCATGGCTTGAGAAGGCACACCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .
    947 TAAGACTAAGTAGGAAAAATCCAAGTAAGGAGTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105128 TAAGACTAAGTAGGAAAAATCCAAGTAAGGAGTGTTTC