seq1 = pF1KB8636.tfa, 1005 bp
seq2 = pF1KB8636/gi568815597r_100049045.tfa (gi568815597r:100049045_100268516), 219472 bp

>pF1KB8636 1005
>gi568815597r:100049045_100268516 (Chr1)

(complement)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-219  (107946-108051)   100% ->
220-376  (109102-109258)   100% ->
377-513  (110150-110286)   100% ->
514-659  (112200-112345)   100% ->
660-812  (113314-113466)   100% ->
813-952  (115993-116132)   100% ->
953-1005  (119420-119472)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAGAAAATGTGGTTTGTACTGGGGCTGTCAATGCTGTAAAGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAGAAAATGTGGTTTGTACTGGGGCTGTCAATGCTGTAAAGGAAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGGGAAAAAAGAATAAAGAAACTCAATGAAGACCTGAAGCGAGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTGGGAAAAAAGAATAAAGAAACTCAATGAAGACCTGAAGCGAGAGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATTTCAACACAA         GCTAGTGCGGATCTGGGAAGAACGAGTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATTTCAACACAAGTA...TAGGCTAGTGCGGATCTGGGAAGAACGAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCTTAACCAAGCTAAGAGAAAAGGTCACCAGGGAAGATGGAAGAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107974 AGCTTAACCAAGCTAAGAGAAAAGGTCACCAGGGAAGATGGAAGAGTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTGAAGATAGAAAAAGAGGAATGGAAG         ACCCTCCCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108024 TTTGAAGATAGAAAAAGAGGAATGGAAGGTA...TAGACCCTCCCTTCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCTGCTGAAACTGAATCAACTACAGGAATGGCAACTTCATAGAACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109115 CTCTGCTGAAACTGAATCAACTACAGGAATGGCAACTTCATAGAACTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGCTGAAAATTCCTGAATTCATTGGAAGATTCCAGAACCTCATTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109165 TTGCTGAAAATTCCTGAATTCATTGGAAGATTCCAGAACCTCATTGTGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGATTTATCTCGAAACACAATTTCAGAGATACCACCAGGGATTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109215 AGATTTATCTCGAAACACAATTTCAGAGATACCACCAGGGATTGGTA...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    377    GACTGCTTACTAGACTTCAGGAACTGATTCTCAGCTACAACAAAATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110147 TAGGACTGCTTACTAGACTTCAGGAACTGATTCTCAGCTACAACAAAATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGACTGTCCCCAAGGAACTAAGTAATTGTGCCAGCTTGGAGAAACTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110197 AAGACTGTCCCCAAGGAACTAAGTAATTGTGCCAGCTTGGAGAAACTAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACTGGCTGTTAACAGAGATATATGTGATCTTCCACAAGAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110247 ACTGGCTGTTAACAGAGATATATGTGATCTTCCACAAGAGGTT...CAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCAGCAATCTGCTAAAACTTACTCACCTTGATCTGAGTATGAACGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112201 TCAGCAATCTGCTAAAACTTACTCACCTTGATCTGAGTATGAACGATTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTACAATCCCTCTTGCTGTGTTGAACATGCCTGCCCTTGAGTGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112251 ACTACAATCCCTCTTGCTGTGTTGAACATGCCTGCCCTTGAGTGGCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATGGGAAGCAACAAACTTGAACAACTTCCTGATACTATAGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 112301 CATGGGAAGCAACAAACTTGAACAACTTCCTGATACTATAGAAAGGTA..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    660     AATGCAAAATCTACATACGTTATGGCTGCAACGAAATGAAATAACA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112351 .CAGAATGCAAAATCTACATACGTTATGGCTGCAACGAAATGAAATAACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGCTTGCCTCAAACAATCAGCAATATGAAAAATCTGGGTACTCTTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113360 TGCTTGCCTCAAACAATCAGCAATATGAAAAATCTGGGTACTCTTGTTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGCAACAATAAACTGCAAGATATTCCAGTATGCATGGAAGAAATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113410 CAGCAACAATAAACTGCAAGATATTCCAGTATGCATGGAAGAAATGGCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATCTGAG         GTTTGTCAACTTCAGAGACAACCCACTGAAATTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113460 ATCTGAGGTA...TAGGTTTGTCAACTTCAGAGACAACCCACTGAAATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAAGTATCACTTCCTCCCAGTGAAGGCACAGATGAAGAAGAGGAACGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116027 AAAGTATCACTTCCTCCCAGTGAAGGCACAGATGAAGAAGAGGAACGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATTATTTGGCCTTCAGTTTATGCACACATACATACAAGAGTCACGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116077 ATTATTTGGCCTTCAGTTTATGCACACATACATACAAGAGTCACGGAGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GAGCAG         ATCACCAAGTCAACGGTTCAACTACTTTACCAATC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116127 GAGCAGGTA...CAGATCACCAAGTCAACGGTTCAACTACTTTACCAATC

   1050     .    :    .
    988 TCCATAAATACGGATGGA
        ||||||||||||||||||
 119455 TCCATAAATACGGATGGA