seq1 = pF1KB8630.tfa, 2508 bp
seq2 = pF1KB8630/gi568815586f_82587587.tfa (gi568815586f:82587587_83232386), 644800 bp

>pF1KB8630 2508
>gi568815586f:82587587_83232386 (Chr12)

1-83  (100001-100083)   100% ->
84-654  (269424-269994)   100% ->
655-1483  (308232-309060)   100% ->
1484-1598  (342845-342959)   100% ->
1599-1684  (377438-377523)   100% ->
1685-1869  (377974-378158)   100% ->
1870-1948  (379333-379411)   100% ->
1949-2070  (398339-398460)   100% ->
2071-2152  (443212-443293)   100% ->
2153-2267  (463318-463432)   100% ->
2268-2331  (474182-474245)   100% ->
2332-2508  (544624-544800)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTGCAGAGTTGGTGAGCAGCGCTCTGGGGCTCGCCTTGTATCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTGCAGAGTTGGTGAGCAGCGCTCTGGGGCTCGCCTTGTATCTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCCTGAGTGCGGATTTCTGCTATGATGACAG         CCGTGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100051 CACCCTGAGTGCGGATTTCTGCTATGATGACAGGTA...TAGCCGTGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAAGACTAATCAGGACCTTCTCCCAGAAACTCCATGGACGCACATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269432 TCAAGACTAATCAGGACCTTCTCCCAGAAACTCCATGGACGCACATTTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACAATGATTTTTGGGGGACTCTTCTAACCCACAGTGGCAGCCACAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269482 TACAATGATTTTTGGGGGACTCTTCTAACCCACAGTGGCAGCCACAAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACCGGCCACTCTGCACTCTTTCTTTTCGCCTGAACCATGCCATTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269532 CTACCGGCCACTCTGCACTCTTTCTTTTCGCCTGAACCATGCCATTGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGTTGAATCCCTGGAGCTACCATCTTGTCAATGTCCTGTTGCATGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269582 GGTTGAATCCCTGGAGCTACCATCTTGTCAATGTCCTGTTGCATGCAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCACTGGTCTCTTCACAAGCTTCTCCAAGATCCTCCTTGGTGATGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269632 GTCACTGGTCTCTTCACAAGCTTCTCCAAGATCCTCCTTGGTGATGGATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTGGACATTCATGGCTGGCTTGATGTTTGCTTCTCACCCCATTCACACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269682 CTGGACATTCATGGCTGGCTTGATGTTTGCTTCTCACCCCATTCACACGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGCAGTGGCAGGAATCGTGGGACGAGCCGATGTCGGGGCCAGTCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269732 AGGCAGTGGCAGGAATCGTGGGACGAGCCGATGTCGGGGCCAGTCTCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTTCTCCTCTCCTTGCTCTGCTACATTAAACACTGTTCTACAAGAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269782 TTTCTCCTCTCCTTGCTCTGCTACATTAAACACTGTTCTACAAGAGGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTCAGCCAGAACCTGGGGCTGGTTCCTGGGGTCAGGACTGTGCGCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269832 CTCAGCCAGAACCTGGGGCTGGTTCCTGGGGTCAGGACTGTGCGCAGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCAGCATGTTGTGGAAGGAACAAGGAGTGACTGTTCTCGCAGTTTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269882 GCAGCATGTTGTGGAAGGAACAAGGAGTGACTGTTCTCGCAGTTTCAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTTTATGATGTCTTTGTCTTTCACAGGCTGAAAATAAAACAGATATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269932 GTTTATGATGTCTTTGTCTTTCACAGGCTGAAAATAAAACAGATATTACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TACCATTTACAAA         AGGAAGAACTTGTCGCTTTTCCTAAGCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 269982 TACCATTTACAAAGTA...CAGAGGAAGAACTTGTCGCTTTTCCTAAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTAGTTTGTTAATTTTCTGGGGTTCCTCCCTTTTGGGTGCCCGGTTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308260 TTAGTTTGTTAATTTTCTGGGGTTCCTCCCTTTTGGGTGCCCGGTTATAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TGGATGGGAAACAAACCACCAAGCTTTTCCAACTCGGACAACCCCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308310 TGGATGGGAAACAAACCACCAAGCTTTTCCAACTCGGACAACCCCGCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGATTCGGACAGCCTCCTCACCCGCACTCTCACCTTCTTCTACTTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308360 TGATTCGGACAGCCTCCTCACCCGCACTCTCACCTTCTTCTACTTGCCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCAAGAACCTCTGGCTGTTGCTATGTCCAGATACCCTCAGTTTTGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308410 CCAAGAACCTCTGGCTGTTGCTATGTCCAGATACCCTCAGTTTTGATTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TCAATGGATGCTGTGCCTCTGCTCAAAACAGTTTGTGACTGGAGAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308460 TCAATGGATGCTGTGCCTCTGCTCAAAACAGTTTGTGACTGGAGAAACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ACACACTGTGGCCTTCTATACTGGACTCCTTCTCCTTGCCTACTATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308510 ACACACTGTGGCCTTCTATACTGGACTCCTTCTCCTTGCCTACTATGGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TGAAGAGCCCGAGCGTAGACAGAGAATGCAATGGGAAAACTGTAACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308560 TGAAGAGCCCGAGCGTAGACAGAGAATGCAATGGGAAAACTGTAACAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGCAAGCAGAATGCAAATGGACATAGCTGCCTTTCAGATGTGGAGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308610 GGCAAGCAGAATGCAAATGGACATAGCTGCCTTTCAGATGTGGAGTACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GAACTCAGAGACTAAGTCCAGCTTTGCATCCAAAGTAGAAAATGGCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308660 GAACTCAGAGACTAAGTCCAGCTTTGCATCCAAAGTAGAAAATGGCATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AAAACGATGTATCACAGAGAACCCAGCTTCCTTCTACGGAGAACATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308710 AAAACGATGTATCACAGAGAACCCAGCTTCCTTCTACGGAGAACATTGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GTTCTGTCTTTATCTTTGTTAATCATACCCTTTGTTCCTGCCACGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308760 GTTCTGTCTTTATCTTTGTTAATCATACCCTTTGTTCCTGCCACGAACCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GTTTTTCTATGTCGGCTTTGTAATTGCAGAGCGAGTATTATATATTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308810 GTTTTTCTATGTCGGCTTTGTAATTGCAGAGCGAGTATTATATATTCCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GTATGGGCTTCTGCCTACTGATTACAGTGGGTGCTAGAGCCCTTTATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308860 GTATGGGCTTCTGCCTACTGATTACAGTGGGTGCTAGAGCCCTTTATGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AAAGTCCAAAAGCGGTTCCTCAAGAGCTTGATTTTTTATGCTACAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308910 AAAGTCCAAAAGCGGTTCCTCAAGAGCTTGATTTTTTATGCTACAGCTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 ACTAATTGTTTTTTATGGACTCAAGACTGCGATCAGGAATGGAGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308960 ACTAATTGTTTTTTATGGACTCAAGACTGCGATCAGGAATGGAGACTGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 AGAATGAGGAAATGCTTTATAGATCAGGGATAAAAGTAAACCCAGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309010 AGAATGAGGAAATGCTTTATAGATCAGGGATAAAAGTAAACCCAGCTAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 G         CATGGGGTAACCTTGGAAATGTTCTGAAGAGTCAGAGCAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309060 GGTA...CAGCATGGGGTAACCTTGGAAATGTTCTGAAGAGTCAGAGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 AATTTCTGAAGCTGAAAGCGCCTATAGAAATGCTTTGTACTACCGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342885 AATTTCTGAAGCTGAAAGCGCCTATAGAAATGCTTTGTACTACCGCAGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 ACATGGCTGACATGCTTTATAATTT         AGGGCTACTTCTCCAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 342935 ACATGGCTGACATGCTTTATAATTTGTG...CAGAGGGCTACTTCTCCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GAGAACAGCAGGTTTGCAGAAGCACTACATTATTATAAATTGGCCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 377454 GAGAACAGCAGGTTTGCAGAAGCACTACATTATTATAAATTGGCCATTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 GAGCAGGCCTACCCTGGCTT         CTGCATATTTAAATACCGGTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 377504 GAGCAGGCCTACCCTGGCTTGTA...CAGCTGCATATTTAAATACCGGTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 TTATTCTAATGAACCAAGGAAGGACGGAAGAAGCCCGACGGACATTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 377995 TTATTCTAATGAACCAAGGAAGGACGGAAGAAGCCCGACGGACATTCTTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 AAGTGTTCGGAGATCCCAGATGAAAACCTAAAGGACCCTCATGCACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378045 AAGTGTTCGGAGATCCCAGATGAAAACCTAAAGGACCCTCATGCACACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 GAGCTCTGTTACCAGTTGTTTGTACAACCTAGGAAAGCTGTATCATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378095 GAGCTCTGTTACCAGTTGTTTGTACAACCTAGGAAAGCTGTATCATGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 AGGGACACTATGAG         GAAGCCCTTAGTGTATACAAGGAAGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 378145 AGGGACACTATGAGGTC...TAGGAAGCCCTTAGTGTATACAAGGAAGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 ATTCAGAAAATGCCAAGGCAGTTTGCCCCACAGAGCTTGTACAACATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 379360 ATTCAGAAAATGCCAAGGCAGTTTGCCCCACAGAGCTTGTACAACATGAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 GG         GTGAAGCATATATGCGTTTAAGCAAACTCCCCGAAGCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 379410 GGGTA...CAGGTGAAGCATATATGCGTTTAAGCAAACTCCCCGAAGCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 AGCATTGGTATATGGAATCACTGAGATCCAAGACTGACCACATCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 398378 AGCATTGGTATATGGAATCACTGAGATCCAAGACTGACCACATCCCTGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 CATCTCACCTATGGGAAGCTGCTAGCTCTAACA         GGTCGTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 398428 CATCTCACCTATGGGAAGCTGCTAGCTCTAACAGTG...AAGGGTCGTAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 GAGTGAGGCTGAAAAGCTCTTCTTGAAGGCTATTGAGCTGGATCCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 443220 GAGTGAGGCTGAAAAGCTCTTCTTGAAGGCTATTGAGCTGGATCCCACCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 AAGGAAACTGTTACATGCATTATG         GTCAGTTTCTTCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 443270 AAGGAAACTGTTACATGCATTATGGTG...CAGGTCAGTTTCTTCTGGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 GAAGCTCGTCTCATAGAAGCAGCTGAGATGGCAAAAAAAGCAGCTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 463335 GAAGCTCGTCTCATAGAAGCAGCTGAGATGGCAAAAAAAGCAGCTGAACT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 AGACAGCACAGAGTTTGATGTTGTCTTCAATGCTGCCCACATGCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 463385 AGACAGCACAGAGTTTGATGTTGTCTTCAATGCTGCCCACATGCTCAGGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2268        ACAGGCTAGCCTCAATGAAGCAGCTGAGAAGTATTATGATCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 463435 T...CAGACAGGCTAGCCTCAATGAAGCAGCTGAGAAGTATTATGATCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2311 GCAGCCAGGCTGAGGCCTAAT         TATCCGGCTGCTTTGATGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 474225 GCAGCCAGGCTGAGGCCTAATGTA...CAGTATCCGGCTGCTTTGATGAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 CCTGGGAGCCATTCTGCACCTCAATGGCAGACTCCAGAAGGCCGAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 544644 CCTGGGAGCCATTCTGCACCTCAATGGCAGACTCCAGAAGGCCGAGGCCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2402 ACTACCTGCGGGCCCTGCAGCTCAAGCCAGACGATGTCATCACACAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 544694 ACTACCTGCGGGCCCTGCAGCTCAAGCCAGACGATGTCATCACACAGTCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2452 AATCTCCGCAAACTGTGGAACATCATGGAAAAACAAGGCTTAAAGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 544744 AATCTCCGCAAACTGTGGAACATCATGGAAAAACAAGGCTTAAAGACTTC

   2600     .
   2502 TAAGACC
        |||||||
 544794 TAAGACC