seq1 = pF1KB8624.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KB8624/gi568815592r_43412170.tfa (gi568815592r:43412170_43616807), 204638 bp

>pF1KB8624 1050
>gi568815592r:43412170_43616807 (Chr6)

(complement)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-288  (100713-100919)   100% ->
289-395  (101107-101213)   100% ->
396-441  (103175-103220)   100% ->
442-534  (103357-103449)   100% ->
535-666  (103608-103739)   99% ->
667-780  (103934-104047)   100% ->
781-904  (104245-104368)   100% ->
905-1050  (104493-104638)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACTACAGCGGCGCCGGCGGGCGGCGCCCGAAATGGAGCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAACTACAGCGGCGCCGGCGGGCGGCGCCCGAAATGGAGCTGGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAATGGGGAGGGTTCGAAGAAAACATCCAG         GGCGGAGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 GGAATGGGGAGGGTTCGAAGAAAACATCCAGGTA...CAGGGCGGAGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCTGTGATTGACATGGAGAACATGGATGATACCTCAGGCTCTAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100723 CAGCTGTGATTGACATGGAGAACATGGATGATACCTCAGGCTCTAGCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGATATGGGTGAGCTGCATCAGCGCCTGCGCGAGGAAGAAGTAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100773 GAGGATATGGGTGAGCTGCATCAGCGCCTGCGCGAGGAAGAAGTAGACGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATGCAGCTGATGCAGCTGCTGCTGAAGAGGAGGATGGAGAGTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100823 TGATGCAGCTGATGCAGCTGCTGCTGAAGAGGAGGATGGAGAGTTCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCATGAAGGGCTTTAAGGGACAGCTGAGCCGGCAGGTGGCAGATCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100873 GCATGAAGGGCTTTAAGGGACAGCTGAGCCGGCAGGTGGCAGATCAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       ATGTGGCAGGCTGGGAAAAGACAAGCCTCCAGGGCCTTCAGCTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100923 ...CAGATGTGGCAGGCTGGGAAAAGACAAGCCTCCAGGGCCTTCAGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTACGCCAACATCGACATCCTCAGACCCTACTTTGATGTGGAGCCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GTACGCCAACATCGACATCCTCAGACCCTACTTTGATGTGGAGCCTGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGTGCGAAGCAG         GCTCCTGGAGTCCATGATCCCTATCAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AGGTGCGAAGCAGGTG...CAGGCTCCTGGAGTCCATGATCCCTATCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGGTCAACTTCCCCCAG         AAAATTGCAGGTGAACTCTATGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103203 ATGGTCAACTTCCCCCAGGTG...CAGAAAATTGCAGGTGAACTCTATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACCTCTCATGCTGGTCTTCACTCTGGTTGCTATCCTACTCCATGGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103380 ACCTCTCATGCTGGTCTTCACTCTGGTTGCTATCCTACTCCATGGGATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGACGTCTGACACTATTATC         CGGGAGGGCACCCTGATGGGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103430 AGACGTCTGACACTATTATCGTA...CAGCGGGAGGGCACCCTGATGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACAGCCATTGGCACCTGCTTCGGCTACTGGCTGGGAGTCTCATCCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103629 ACAGCCATTGGCACCTGCTTCGGCTACTGGCTGGGAGTCTCATCCTTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTACTTCCTTGCCTACCTGTGCAACGCCCAGATCACCATGCTGCAGGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 103679 TTACTTCCTTGCCTACCTGTGCAACGCCCAGATCACCATGCTGCAGATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGCACTGCTG         GGCTATGGCCTCTTTGGGCATTGCATTGTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103729 TGGCACTGCTGGTA...CAGGGCTATGGCCTCTTTGGGCATTGCATTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGTTCATCACCTATAATATCCACCTCCACGCCCTCTTCTACCTCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103964 CTGTTCATCACCTATAATATCCACCTCCACGCCCTCTTCTACCTCTTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTGTTGGTGGGTGGACTGTCCACACTGCGCATG         GTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104014 GCTGTTGGTGGGTGGACTGTCCACACTGCGCATGGTA...TAGGTAGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGTTGGTGTCTCGGACCGTGGGCCCCACACAGCGGCTGCTCCTCTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104252 TGTTGGTGTCTCGGACCGTGGGCCCCACACAGCGGCTGCTCCTCTGTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACCCTGGCTGCCCTACACATGCTCTTCCTGCTCTATCTGCATTTTGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104302 ACCCTGGCTGCCCTACACATGCTCTTCCTGCTCTATCTGCATTTTGCCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCACAAAGTGGTAGAGG         GGATCCTGGACACACTGGAGGGCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104352 CCACAAAGTGGTAGAGGGTA...CAGGGATCCTGGACACACTGGAGGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCAACATCCCGCCCATCCAGAGGGTCCCCAGAGACATCCCTGCCATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104517 CCAACATCCCGCCCATCCAGAGGGTCCCCAGAGACATCCCTGCCATGCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCTGCTGCTCGGCTTCCCACCACCGTCCTCAACGCCACAGCCAAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104567 CCTGCTGCTCGGCTTCCCACCACCGTCCTCAACGCCACAGCCAAAGCTGT

   1100     .    :    .    :
   1029 TGCGGTGACCCTGCAGTCACAC
        ||||||||||||||||||||||
 104617 TGCGGTGACCCTGCAGTCACAC