seq1 = pF1KB8616.tfa, 1104 bp
seq2 = pF1KB8616/gi568815594f_67938544.tfa (gi568815594f:67938544_68139647), 201104 bp

>pF1KB8616 1104
>gi568815594f:67938544_68139647 (Chr4)

1-1104  (100001-101104)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCTCGCTGCCCCGCGGCTTCGAGCCCCAAGCTCCCGAGGACTTGGC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGCTTGCTGCCCCGCGGCTTCGAGCCCCAAGCTCCCGAGGACTTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCGGAGTTTGGTGGAGCTGCGGGAAATGTTGAAGCGCCAGGAGAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100051 GCAGCGGAGTTTGGTGGAGCTGCGGGAAATGTTGAAGCTCCAGGAGAGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTTGCGCAACGAAAAATTCATTTGCAAATTGCCCGACAAAGGTAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTTGCGCAACGAAAAATTCATTTGCAAATTGCCCGACAAAGGTAAAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCTTTGACTCTTTTGCCAAACTGAAAGCTGCCATTGCAGAATGTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100151 ATCTTTGACTCTTTTGCCAAACTGAAAGCCGCCATTGCAGAATGTGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTTAGAAGAAAAAGTGAACTGTTTAACCCTGTTAGTTTAGACTGTAAGC
        |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100201 AGTTAGAAGAAAAAATGAACTGTTTCACCCTGTTAGTTTAGACTGTAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAAGGCAAAAAGCAATTGCAGAAGTTGATGTGGGTACAGATAAGGCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100251 TAAGGCAAAAAGCAATTGCAGAAGTTGATGTGGGTACAGATAAGGCCCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AATTCTGACCCGATACTTGATACTTCATCACTAGTTCCTGGATGTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AATTCTGACCCGATACTTGATACTTCATCACTAGTTCCTGGATGTTCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTAGATAACATCAAGTCATCTCAAACCTCACAAAACCAGGGACTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTAGATAACATCAAGTCATCTCAAACCTCACAAAACCAGGGACTTGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTCCTACTCTTGAAGGTGATGAAGAGACTTCAGAGGTTGAGTACACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTCCTACTCTTGAAGGTGATGAAGAGACTTCAGAGGTTGAGTACACAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AATAAGGGCCCAGCTTCCAGCAATAGAGACAGGGTACCACCTTCATCTGA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100451 AATAAGGGCCCAGCTTCCAGCAACAGAGACAGGGTACCACCTTCATCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGCTAGTGAGCATCACCCGCGGCATCGTGTTTCAAGTCAAGCGGAAGATA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||
 100501 AGCTAGTGAGCATCACCCGCAGCATCGTGTTTCAAGTCAGGCAGAAGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTTCCAGCAGCTTTGACAACCTGTTTATTGACAGGTTACAGAGGATCACC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTTCCAGCAGCTTTGACAACCTTTTTATTGACAGGTTACAGAGGATCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATTGCGGACCAAGGTGAACAACAGTCAGAAGAAAACGCAAGTACTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATTGCGGACCAAGGTGAACAACAGTCAGAAGAAAACGCAAGTACTAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTGACAGGCCTTTCCAGTGGGACTGAGAAGAAACCTCATTACATGGAAG
        ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||
 100651 CTTGACAGGCCTTTCTAGTGGGACTCAGAAGAAACCTCATTATATGGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGCTAGAAATGCGAGCCAAAAACCCAGTGCCCCAGCTGCGTAAATTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100701 TGCTAGAAATGCGAGCCAAAAACCCAGGGCCCCAGCTGCGTAAATTTAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACCAATGTGTTACCTTTTCGACAAAATGATTCATCTAGTCATTGCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACCAATGTGTTACCTTTTCGACAAAATGATTCATCTAGTCATTGCCAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAGTGGGTCTCCTATTTCCTCAGAAGAGCGGCGGCGCAGGGATAAGCAGC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAGTGGGTCTCCTATTTCCTCAAAAGAGCGGCGGCGCAGGGATAAGCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATCTTGATGACATCACAGCAGCTCGGCTTCTACCACTTCACCATATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATCTTGATGACATCACAGCAGCTCGGCTTCTACCACTTCACCATATGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACGCAGCTGCTCTCCATAGAAGAATCCTTGGCACTTCAGAAACAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACGCAGCTGCTCTCCATAGAAGAATCCTTGGCACTTCAGAAACAGCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 ACAGAATTATGAGGAGATGCAAGCAAAGCTCGCAGCGCAAAAATTAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 ACAGAATTATGAGGAGATGCAAGCAAAGCTCGCAGCGCAAAAATTAGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AAAGACTGAATATTAAAATGCGGAGTTATAATCCAGAAGGGGAGTCTTCA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AAAGACCGAATATTAAAATGCGGAGTTATAATCCAGAAGGGGAGTCTTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGGAGATACCGAGAAGTAAGGGATGAAGATGACGATTGGTCCTCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GGGAGATACCGAGAAGTAAGGGATGAAGATGACGATTGGTCCTCTGATGA

   1100 
   1101 ATTC
        ||||
 101101 ATTC