seq1 = pF1KB8616.tfa, 1104 bp
seq2 = pF1KB8616/gi568815583f_57606843.tfa (gi568815583f:57606843_57814676), 207834 bp

>pF1KB8616 1104
>gi568815583f:57606843_57814676 (Chr15)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-758  (101872-102516)   100% ->
759-963  (105142-105346)   100% ->
964-1104  (107694-107834)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCTCGCTGCCCCGCGGCTTCGAGCCCCAAGCTCCCGAGGACTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGCTCGCTGCCCCGCGGCTTCGAGCCCCAAGCTCCCGAGGACTTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCGGAGTTTGGTGGAGCTGCGGGAAATGTTGAAGCGCCAGGAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCGGAGTTTGGTGGAGCTGCGGGAAATGTTGAAGCGCCAGGAGAGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTTGCGCAACGA         AAAATTCATTTGCAAATTGCCCGACAAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTTGCGCAACGAGTA...CAGAAAATTCATTTGCAAATTGCCCGACAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTAAAAAGATCTTTGACTCTTTTGCCAAACTGAAAGCTGCCATTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101900 GGTAAAAAGATCTTTGACTCTTTTGCCAAACTGAAAGCTGCCATTGCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATGTGAAGAAGTTAGAAGAAAAAGTGAACTGTTTAACCCTGTTAGTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101950 ATGTGAAGAAGTTAGAAGAAAAAGTGAACTGTTTAACCCTGTTAGTTTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTGTAAGCTAAGGCAAAAAGCAATTGCAGAAGTTGATGTGGGTACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102000 ACTGTAAGCTAAGGCAAAAAGCAATTGCAGAAGTTGATGTGGGTACAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGGCCCAGAATTCTGACCCGATACTTGATACTTCATCACTAGTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102050 AAGGCCCAGAATTCTGACCCGATACTTGATACTTCATCACTAGTTCCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATGTTCCTCTGTAGATAACATCAAGTCATCTCAAACCTCACAAAACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102100 ATGTTCCTCTGTAGATAACATCAAGTCATCTCAAACCTCACAAAACCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GACTTGGACGTCCTACTCTTGAAGGTGATGAAGAGACTTCAGAGGTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102150 GACTTGGACGTCCTACTCTTGAAGGTGATGAAGAGACTTCAGAGGTTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TACACAGTGAATAAGGGCCCAGCTTCCAGCAATAGAGACAGGGTACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102200 TACACAGTGAATAAGGGCCCAGCTTCCAGCAATAGAGACAGGGTACCACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTCATCTGAAGCTAGTGAGCATCACCCGCGGCATCGTGTTTCAAGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102250 TTCATCTGAAGCTAGTGAGCATCACCCGCGGCATCGTGTTTCAAGTCAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CGGAAGATACTTCCAGCAGCTTTGACAACCTGTTTATTGACAGGTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102300 CGGAAGATACTTCCAGCAGCTTTGACAACCTGTTTATTGACAGGTTACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGGATCACCATTGCGGACCAAGGTGAACAACAGTCAGAAGAAAACGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102350 AGGATCACCATTGCGGACCAAGGTGAACAACAGTCAGAAGAAAACGCAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TACTAAGAACTTGACAGGCCTTTCCAGTGGGACTGAGAAGAAACCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102400 TACTAAGAACTTGACAGGCCTTTCCAGTGGGACTGAGAAGAAACCTCATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACATGGAAGTGCTAGAAATGCGAGCCAAAAACCCAGTGCCCCAGCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102450 ACATGGAAGTGCTAGAAATGCGAGCCAAAAACCCAGTGCCCCAGCTGCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AAATTTAAAACCAATGT         GTTACCTTTTCGACAAAATGATTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102500 AAATTTAAAACCAATGTGTA...CAGGTTACCTTTTCGACAAAATGATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ATCTAGTCATTGCCAGAAGAGTGGGTCTCCTATTTCCTCAGAAGAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105166 ATCTAGTCATTGCCAGAAGAGTGGGTCTCCTATTTCCTCAGAAGAGCGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GGCGCAGGGATAAGCAGCATCTTGATGACATCACAGCAGCTCGGCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105216 GGCGCAGGGATAAGCAGCATCTTGATGACATCACAGCAGCTCGGCTTCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCACTTCACCATATGCCCACGCAGCTGCTCTCCATAGAAGAATCCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105266 CCACTTCACCATATGCCCACGCAGCTGCTCTCCATAGAAGAATCCTTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ACTTCAGAAACAGCAGAAACAGAATTATGAG         GAGATGCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105316 ACTTCAGAAACAGCAGAAACAGAATTATGAGGTA...AAGGAGATGCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CAAAGCTCGCAGCGCAAAAATTAGCTGAAAGACTGAATATTAAAATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107704 CAAAGCTCGCAGCGCAAAAATTAGCTGAAAGACTGAATATTAAAATGCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AGTTATAATCCAGAAGGGGAGTCTTCAGGGAGATACCGAGAAGTAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107754 AGTTATAATCCAGAAGGGGAGTCTTCAGGGAGATACCGAGAAGTAAGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :
   1074 TGAAGATGACGATTGGTCCTCTGATGAATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 107804 TGAAGATGACGATTGGTCCTCTGATGAATTC