seq1 = pF1KB8594.tfa, 1440 bp
seq2 = pF1KB8594/gi568815593f_57114131.tfa (gi568815593f:57114131_57362749), 248619 bp

>pF1KB8594 1440
>gi568815593f:57114131_57362749 (Chr5)

1-75  (100001-100079)   91% ->
76-208  (116707-116839)   95% ->
209-432  (116968-117191)   100% ->
433-499  (121836-121902)   100% ->
500-684  (132170-132354)   100% ->
685-825  (132945-133085)   100% ->
826-993  (135279-135446)   100% ->
994-1181  (136824-137011)   100% ->
1182-1284  (147050-147152)   100% ->
1285-1440  (148464-148619)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCAGCATGACTTTGCTCCAGCCTGGCTTAATTTCCCTACTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCAGCATGACTTTGCTCCAGCCTGGCTTAATTTCCCTACTCCACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCATCAACAAAGGT C CTGAC  CAGC          AGTTTGAAATC
        |||||||||||||||-|-||  |--|| |>>>...>>>- |||| | -||
 100051 ATCATCAACAAAGGTACTCTTTCTGCATCTTT...AATTTGTTTCAG TC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     87 GTCATTGAATTTTGAGAAGCATTCTGAAAACTTTGCATGGACAGAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116718 GTCATTGAATTTTGAGAAGCATTCTGAAAACTTTGCATGGACAGAGAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137 GTTATGATGTGAACCGTCGACGACACAACTCTTCAGATGGCTTTGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116768 GTTATGATGTGAACCGTCGACGACACAACTCTTCAGATGGCTTTGATTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187 GCTATTGGACGTCCTAATGGAG         GTAACTTTGGAAGGAAAGA
        |||||||| |||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 116818 GCTATTGGGCGTCCTAATGGAGGTA...AAGGTAACTTTGGAAGGAAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    228 AAAAAATGGATGGCGTACACATGGAAGAAATGGTACAGAAAACATAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116987 AAAAAATGGATGGCGTACACATGGAAGAAATGGTACAGAAAACATAAATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278 ATCGAGGTGGATACCATGGTGGAAGTTCCCGTTCTCGTAGCAGTATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117037 ATCGAGGTGGATACCATGGTGGAAGTTCCCGTTCTCGTAGCAGTATTTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328 CATGCAGGAAAAAGCCAAGGACTACATGAAAACAACATACCTGACAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117087 CATGCAGGAAAAAGCCAAGGACTACATGAAAACAACATACCTGACAATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    378 AACCGGGAGGAAAGAAGACAAGAGAGAACGCAAACAGTTTGAAGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117137 AACCGGGAGGAAAGAAGACAAGAGAGAACGCAAACAGTTTGAAGCTGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    428 ATTTT         CCGTCTTTAAATCCTGAGTATGAGAGAGAACCAAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117187 ATTTTGTA...CAGCCGTCTTTAAATCCTGAGTATGAGAGAGAACCAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469 CACAATAAGTCTTTAGCTGCAGGTGTGTGGG         AATATCCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 121872 CACAATAAGTCTTTAGCTGCAGGTGTGTGGGGTA...CAGAATATCCTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    510 GAATCCTAAATCTAGAGCTCCAAGGATGCTGGTCATTAAGAAAGGTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132180 GAATCCTAAATCTAGAGCTCCAAGGATGCTGGTCATTAAGAAAGGTAATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    560 CAAAAGACTTACAGCTATCTGGATTCCCAGTAGTAGGAAATCTTCCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132230 CAAAAGACTTACAGCTATCTGGATTCCCAGTAGTAGGAAATCTTCCGTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    610 CAGCCAGTTAAGAATGGAACTGGTCCAAGTGTTTATAAAGGTTTAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132280 CAGCCAGTTAAGAATGGAACTGGTCCAAGTGTTTATAAAGGTTTAGTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    660 TAAACCTGCTGCTCCACCTACAAAA         CCTACACAATGGAAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 132330 TAAACCTGCTGCTCCACCTACAAAAGTA...TAGCCTACACAATGGAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCAAACAAAAGAAAATAAAGTTGGAACTTCTTTCCCTCATGAGTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132961 GCCAAACAAAAGAAAATAAAGTTGGAACTTCTTTCCCTCATGAGTCCACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTGGCGTTGGCAACTTTAATGCTTTTAAATCAACTGCCAAGAACTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133011 TTTGGCGTTGGCAACTTTAATGCTTTTAAATCAACTGCCAAGAACTTTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCCATCTACAAATTCAGTGAAAGAG         TGTAATCGCTCAAATT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 133061 TCCATCTACAAATTCAGTGAAAGAGGTA...TAGTGTAATCGCTCAAATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCTCTTCTCCTGTTGACAAACTTAATCAGCAGCCTCGTCTAACCAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135295 CCTCTTCTCCTGTTGACAAACTTAATCAGCAGCCTCGTCTAACCAAACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ACACGAATGCGCACTGATAAGAAGAGTGAATTTTTGAAAGCATTGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135345 ACACGAATGCGCACTGATAAGAAGAGTGAATTTTTGAAAGCATTGAAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AGACAGAGTAGAAGAGGAACATGAAGATGAAAGCCGTGCTGGCTCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135395 AGACAGAGTAGAAGAGGAACATGAAGATGAAAGCCGTGCTGGCTCAGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AG         GATGACGACTCATTTAATTTACATAACAGCAATAGTACT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135445 AGGTA...CAGGATGACGACTCATTTAATTTACATAACAGCAATAGTACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CACCAAGAAAGGGATATAAACCGAAACTTCGATGAAAATGAAATTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136863 CACCAAGAAAGGGATATAAACCGAAACTTCGATGAAAATGAAATTCCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AGAGAATGGCAATGCCTCAGTGATTTCCCAGCAGATCATTCGGTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136913 AGAGAATGGCAATGCCTCAGTGATTTCCCAGCAGATCATTCGGTCTTCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CCTTCCCACAAACTGATGTTCTTTCAAGTTCACTTGAGGCAGAACACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 136963 CCTTCCCACAAACTGATGTTCTTTCAAGTTCACTTGAGGCAGAACACAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1182         ATTGTTAAAGGAAATGGGCTGGCAGGAAGACAGTGAAAATGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137013 CT...CAGATTGTTAAAGGAAATGGGCTGGCAGGAAGACAGTGAAAATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TGAAACATGTGCTCCCTTAACTGAGGATGAAATGAGAGAATTCCAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147092 TGAAACATGTGCTCCCTTAACTGAGGATGAAATGAGAGAATTCCAAGTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TTAGTGAACAG         TTACAGAAGAATGGTCTGAGAAAAAATGGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 147142 TTAGTGAACAGGTA...TAGTTACAGAAGAATGGTCTGAGAAAAAATGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 ATTTTGAAAAATGGCTTGATCTGTGACTTCAAGTTTGGACCGTGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148494 ATTTTGAAAAATGGCTTGATCTGTGACTTCAAGTTTGGACCGTGGAAGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CAGCACTTTCAAACCCACAACTGAGAATGATGACACAGAGACAAGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148544 CAGCACTTTCAAACCCACAACTGAGAATGATGACACAGAGACAAGTAGCA

   1500     .    :    .    :    .
   1415 GTGATACATCAGATGACGACGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||
 148594 GTGATACATCAGATGACGACGATGTG