seq1 = pF1KB8584.tfa, 2319 bp
seq2 = pF1KB8584/gi568815575f_151504644.tfa (gi568815575f:151504644_151776140), 271497 bp

>pF1KB8584 2319
>gi568815575f:151504644_151776140 (ChrX)

1-28  (96911-96938)   100% ->
29-117  (100003-100091)   98% ->
118-207  (107021-107110)   100% ->
208-307  (116287-116386)   100% ->
308-418  (116839-116949)   100% ->
419-546  (118294-118421)   100% ->
547-629  (120805-120887)   100% ->
630-717  (143972-144059)   100% ->
718-841  (155070-155193)   100% ->
842-1071  (159476-159705)   100% ->
1072-1230  (166395-166553)   100% ->
1231-1437  (166930-167136)   100% ->
1438-1916  (167540-168018)   100% ->
1917-2175  (169285-169543)   100% ->
2176-2319  (171354-171497)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGATGAGAGGGGAAAAGAGAAGAG         ACAAGGTCAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||| ||||||||
  96911 ATGAAGATGAGAGGGGAAAAGAGAAGAGGTA...AAGACAAAGTCAATCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAAAAGCTCTCAAAGGAAATTAAACTGGATTCCATCATTTCCTACCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 AAAAAGCTCTCAAAGGAAATTAAACTGGATTCCATCATTTCCTACCTATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTACTTCAACCAAGTGACGCTACAG         TTATTAGATGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100066 ATTACTTCAACCAAGTGACGCTACAGGTA...TAGTTATTAGATGGCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATGATTACACTGAGCACAGATGGAGTGATCATTTGTGTGGCTGAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107036 ATGATTACACTGAGCACAGATGGAGTGATCATTTGTGTGGCTGAAAACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCTTCTCTTCTTGGACATTTACCA         GCTGAGATTGTGGGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107086 CTCTTCTCTTCTTGGACATTTACCAGTA...CAGGCTGAGATTGTGGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAAAATTATTAAGCCTTCTGCCTGATGAAGAGAAAGATGAAGTCTACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116303 AAAAATTATTAAGCCTTCTGCCTGATGAAGAGAAAGATGAAGTCTACCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGATTATTCTCAAATTTCCTTTACTAAACTCAG         AAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 116353 AAGATTATTCTCAAATTTCCTTTACTAAACTCAGGTA...TAGAAACACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TATTGAATTTTGCTGTCATTTAAAAAGAGGAAATGTCGAACATGGTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116846 TATTGAATTTTGCTGTCATTTAAAAAGAGGAAATGTCGAACATGGTGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTTCTGCTTACGAAAACGTGAAATTTATTGTGAATGTAAGAGATATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116896 GTTCTGCTTACGAAAACGTGAAATTTATTGTGAATGTAAGAGATATTTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATG         AGTTTCCTGTGGTCTTTAGTGGCTTGTTTTCCAGCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116946 AATGGTA...TAGAGTTTCCTGTGGTCTTTAGTGGCTTGTTTTCCAGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCTCTGTGCTGACTTTGCTGCATGTGTTCCTCAGGAGGATCGGCTTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118331 CCTCTGTGCTGACTTTGCTGCATGTGTTCCTCAGGAGGATCGGCTTTATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGTGGGAAATGTTTGCATTCTCAGGACTCAGCTCCTGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 118381 TTGTGGGAAATGTTTGCATTCTCAGGACTCAGCTCCTGCAGGTG...CAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CAACTTTACACTTCAAAGGCAGTCAGTGATGAAGCTGTACTTACACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120805 CAACTTTACACTTCAAAGGCAGTCAGTGATGAAGCTGTACTTACACAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TTCAGATGAGGAACCTTTTGTGGGAGAGCTCAG         TAGCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120855 TTCAGATGAGGAACCTTTTGTGGGAGAGCTCAGGTG...TAGTAGCTCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGGTCAAAGAGGACACACTAGCATGAAAGCCGTGTACGTTGAACCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143980 AAGGTCAAAGAGGACACACTAGCATGAAAGCCGTGTACGTTGAACCCGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTATCTCAGAC         GACCAAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 144030 GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTATCTCAGACGTA...CAGGACCAAATTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TATTGCAGAGGTTGAGCAGTATGGACCACAAGAAAACGTTCACATGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155081 TATTGCAGAGGTTGAGCAGTATGGACCACAAGAAAACGTTCACATGTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TAGATTCTGATTCAACTTATTGCTCCAGTACAGTTTTCCTGGATACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155131 TAGATTCTGATTCAACTTATTGCTCCAGTACAGTTTTCCTGGATACTATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCTGAATCTCCAG         CCTTATCCTTGCAAGACTTTCGAGGTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 155181 CCTGAATCTCCAGGTA...CAGCCTTATCCTTGCAAGACTTTCGAGGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCCTGAGGTGAATCCATTGTACAGGGCAGACCCAGTGGACCTGGAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159504 GCCTGAGGTGAATCCATTGTACAGGGCAGACCCAGTGGACCTGGAGTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CGGTGGATCAGGTGGACTCAGTGGACCAGGAGGGCCCAATGGACCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159554 CGGTGGATCAGGTGGACTCAGTGGACCAGGAGGGCCCAATGGACCAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GACCCAGAGAACCCAGTTGCCCCGTTGGACCAGGCAGGCCTGATGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159604 GACCCAGAGAACCCAGTTGCCCCGTTGGACCAGGCAGGCCTGATGGATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGTGGATCCAGAGGACTCAGTGGACCTGGGGGCTGCTGGCGCAAGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159654 AGTGGATCCAGAGGACTCAGTGGACCTGGGGGCTGCTGGCGCAAGTGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AG         CCATTACAGCCATCATCACCAGTTGCATATGACATCATT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159704 AGGTA...CAGCCATTACAGCCATCATCACCAGTTGCATATGACATCATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGCCAGGAACTGGAACTGATGAAGAAGTTGAAGGAGCAGCTAGAAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166434 AGCCAGGAACTGGAACTGATGAAGAAGTTGAAGGAGCAGCTAGAAGAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GACTTGGTTGCTGCATGATGCCATCCAAAACCAGCAGAATGCATTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166484 GACTTGGTTGCTGCATGATGCCATCCAAAACCAGCAGAATGCATTGGAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGATGATGGATCACCTTCAG         AAGCAGCCAAACACATTACGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 166534 TGATGATGGATCACCTTCAGGTC...CAGAAGCAGCCAAACACATTACGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CACGTTGTCATTCCTGATCTCCAATCTTCGGAGGCAGTGCCCAAGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166951 CACGTTGTCATTCCTGATCTCCAATCTTCGGAGGCAGTGCCCAAGAAACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ACAGAAACAACACGCTGGGCAAGTGAAGCGGCCTCTCCCACATCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167001 ACAGAAACAACACGCTGGGCAAGTGAAGCGGCCTCTCCCACATCCCAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACGTCAAGTGTTTCTGTGGTTTATCTTTATCCAACTCTCTCAAAAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167051 ACGTCAAGTGTTTCTGTGGTTTATCTTTATCCAACTCTCTCAAAAACACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GGGGAGCTTCAGGAGCCTTGTGTTGCCTTCAACCAG         CAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 167101 GGGGAGCTTCAGGAGCCTTGTGTTGCCTTCAACCAGGTA...CAGCAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ACTGGTGCAGCAAGAACAACACCTGAAGGAGCAGCAGCGGCAGCTGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167545 ACTGGTGCAGCAAGAACAACACCTGAAGGAGCAGCAGCGGCAGCTGCGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGCAGCTGCAACAGCTGAGAGAGCAAAGGAAGGTGCAGAAGCAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167595 AGCAGCTGCAACAGCTGAGAGAGCAAAGGAAGGTGCAGAAGCAGAAGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ATGCAGGAGAAGAAGAAGCTGCAGGAGCAGAAAATGCAGGAGAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167645 ATGCAGGAGAAGAAGAAGCTGCAGGAGCAGAAAATGCAGGAGAAGAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GCTGCAGGAGCAGAGGCGGCAAAAGAAGAAGAAGCTACAGGAGCGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167695 GCTGCAGGAGCAGAGGCGGCAAAAGAAGAAGAAGCTACAGGAGCGGAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGTGGCAGGGGCAGATGCTACAGAAAGAGCCAGAGGAGGAGCAGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167745 AGTGGCAGGGGCAGATGCTACAGAAAGAGCCAGAGGAGGAGCAGCAGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CAGCAGCTGCAAGAGCAGCCACTGAAGCATAATGTCATCGTGGGGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167795 CAGCAGCTGCAAGAGCAGCCACTGAAGCATAATGTCATCGTGGGGAATGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GAGGGTGCAGATATGCCTGCAAAACCCACGTGACGTATCTGTGCCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167845 GAGGGTGCAGATATGCCTGCAAAACCCACGTGACGTATCTGTGCCCCTCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GCAATCACCCTGTTAGATTTTTACAGGCCCAACCCATTGTTCCTGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167895 GCAATCACCCTGTTAGATTTTTACAGGCCCAACCCATTGTTCCTGTCCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AGAGCAGCTGAACAACAGCCCTCTGGCTTCTATCAAGATGAAAACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167945 AGAGCAGCTGAACAACAGCCCTCTGGCTTCTATCAAGATGAAAACTGTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GCAACAGGAAGATGAGAGTCAAAG         TTTTTATCCTGAGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 167995 GCAACAGGAAGATGAGAGTCAAAGGTA...CAGTTTTTATCCTGAGGCGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 ATCAAGGGCCCCCCGTGAACCAGCTGCCATTGATAGATACCTCAAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169302 ATCAAGGGCCCCCCGTGAACCAGCTGCCATTGATAGATACCTCAAACTCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GAGGCAATTTCTTCTTCCAGCATTCCTCAGTTTCCCATAACTTCAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169352 GAGGCAATTTCTTCTTCCAGCATTCCTCAGTTTCCCATAACTTCAGACTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 AACCATAAGCACCCTGGAGACCCCACAGGATTACATCCGGCTTTGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169402 AACCATAAGCACCCTGGAGACCCCACAGGATTACATCCGGCTTTGGCAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 AGTTGTCTGATTCACTCGGTCCTGTTGTCCAAGTGAACACTTGGTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169452 AGTTGTCTGATTCACTCGGTCCTGTTGTCCAAGTGAACACTTGGTCTTGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GATGAGCAGGGCACCCTGCACGGCCAACCCACCTACCATCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 169502 GATGAGCAGGGCACCCTGCACGGCCAACCCACCTACCATCAGGTA...CA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2176  GTGCAAGTTTCTGAGGTAGGAGTCGAGGGACCTCCTGATCCACAGGCTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171353 GGTGCAAGTTTCTGAGGTAGGAGTCGAGGGACCTCCTGATCCACAGGCTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TCCAAGGCCCTGCTGCATACCAGCCAGACCAGATGAGATCTGCGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171403 TCCAAGGCCCTGCTGCATACCAGCCAGACCAGATGAGATCTGCGGAGCAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2275 ACCAGATTGATGCCTGCAGAGCAACGTGACTCAAATAAGCCGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171453 ACCAGATTGATGCCTGCAGAGCAACGTGACTCAAATAAGCCGTGC