seq1 = pF1KB8569.tfa, 2313 bp
seq2 = pF1KB8569/gi568815593f_139709441.tfa (gi568815593f:139709441_139942471), 233031 bp

>pF1KB8569 2313
>gi568815593f:139709441_139942471 (Chr5)

1-371  (100001-100371)   100% ->
372-821  (103869-104318)   100% ->
822-1016  (104730-104924)   100% ->
1017-1097  (108041-108121)   100% ->
1098-1210  (112453-112565)   100% ->
1211-1269  (113286-113344)   100% ->
1270-1359  (124262-124351)   100% ->
1360-1403  (126283-126326)   100% ->
1404-1594  (127371-127561)   99% ->
1595-1665  (127728-127798)   100% ->
1666-1823  (128185-128342)   100% ->
1824-1968  (129188-129332)   100% ->
1969-2112  (130587-130730)   100% ->
2113-2313  (132831-133031)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGGACAAGCTCTTATCTGCAGTGCCTGAGGAAGGCGATGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGGACAAGCTCTTATCTGCAGTGCCTGAGGAAGGCGATGCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGTGACCCCGGTCCAGAGCCTGAAGAGGAGCCAGGGGTCCGGAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGTGACCCCGGTCCAGAGCCTGAAGAGGAGCCAGGGGTCCGGAATGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCCAGTGAGGGCCTGAACAGCAGCCTCTGCAGCCCAGGGCACGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCCAGTGAGGGCCTGAACAGCAGCCTCTGCAGCCCAGGGCACGAGCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGGGCACCCCAGCGGACACTGAGGAACCCACGAAGGACCCAGATGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGGGCACCCCAGCGGACACTGAGGAACCCACGAAGGACCCAGATGTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCCATGGCCTCAGCCTTGGCCTCTCTCTCACCAATGGCCTAGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCCATGGCCTCAGCCTTGGCCTCTCTCTCACCAATGGCCTAGCCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCCAGACTTGAACATTCTGGAAGATTCAGCGGAGTCCAGGCCCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCCAGACTTGAACATTCTGGAAGATTCAGCGGAGTCCAGGCCCTGGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTGGCGTGCTGGCAGAGGGGGACAATGCTTCCAGGAGCCTCTACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCTGGCGTGCTGGCAGAGGGGGACAATGCTTCCAGGAGCCTCTACCCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCTGAGGACCCTCAGCTGGG         GTTGGATGGTCCCGGGGAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100351 TGCTGAGGACCCTCAGCTGGGGTG...CAGGTTGGATGGTCCCGGGGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGATGTGCGGGATGGCTTCAGCGCCACGTTTGAGAAGATTCTGGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103889 CAGATGTGCGGGATGGCTTCAGCGCCACGTTTGAGAAGATTCTGGAGTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGCTGCTGCGGGGCACCCAGTACAGCAGCCTCGACTCCCTAGACGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103939 GAGCTGCTGCGGGGCACCCAGTACAGCAGCCTCGACTCCCTAGACGGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAGCCTCACGGATGAGAGCGACAGCTGCGTCAGCTTCGAGGCCCCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103989 GAGCCTCACGGATGAGAGCGACAGCTGCGTCAGCTTCGAGGCCCCCCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CACCCCTCATCCAGCAGCGGGCCCGTGACAGCCCTGAGCCAGGGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104039 CACCCCTCATCCAGCAGCGGGCCCGTGACAGCCCTGAGCCAGGGGCTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTGGGCATTGGGGACATGGCGTTTGAGGGGGACATGGGGGCAGCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104089 TTGGGCATTGGGGACATGGCGTTTGAGGGGGACATGGGGGCAGCTGGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGATGGGGAGCTGGGCAGCCCCCTGCGGCGCTCCATCTCCAGCAGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104139 TGATGGGGAGCTGGGCAGCCCCCTGCGGCGCTCCATCTCCAGCAGCCGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGAGAATGTCCTGAGCCGCCTGTCTCTCATGGCCATGCCCAATGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104189 CTGAGAATGTCCTGAGCCGCCTGTCTCTCATGGCCATGCCCAATGGATTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CATGAAGATGGCCCTCAGGGCCCAGGGGGGGATGAGGATGATGATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104239 CATGAAGATGGCCCTCAGGGCCCAGGGGGGGATGAGGATGATGATGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGACACGGACAAGTTGCTGAACTCAGCCAG         TGACCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104289 GGACACGGACAAGTTGCTGAACTCAGCCAGGTG...CAGTGACCCCAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGAAGGATGGCCTGTCAGACTCAGACTCTGAGCTCAGCAGCTCGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104741 TGAAGGATGGCCTGTCAGACTCAGACTCTGAGCTCAGCAGCTCGGAGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTGGAGCCTGGTAGTGCAGACCCTCTGGCCAACGGGTGCCAGGGGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104791 TTGGAGCCTGGTAGTGCAGACCCTCTGGCCAACGGGTGCCAGGGGGTCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGAAGCTGCTCATCGGCTGGCACGCCGTCTCTACCACCTCGAGGGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104841 TGAAGCTGCTCATCGGCTGGCACGCCGTCTCTACCACCTCGAGGGCTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGCGCTGTGATGTGGCCCGGCAGCTGGGCAAGAA         CAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104891 AGCGCTGTGATGTGGCCCGGCAGCTGGGCAAGAAGTG...CAGCAACGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TTTAGCAGGCTGGTGGCCGGGGAGTACCTCAGTTTCTTCGACTTCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108048 TTTAGCAGGCTGGTGGCCGGGGAGTACCTCAGTTTCTTCGACTTCTCGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CTTGACTCTGGACGGAGCACTCAG         AACATTCTTGAAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108098 CTTGACTCTGGACGGAGCACTCAGGTC...CAGAACATTCTTGAAGGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TCCCGCTGATGGGGGAGACACAAGAGCGTGAGCGGGTCCTCACACACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112470 TCCCGCTGATGGGGGAGACACAAGAGCGTGAGCGGGTCCTCACACACTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TCCCGCCGGTACTGCCAGTGCAACCCTGATGACAGCACTTCGGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112520 TCCCGCCGGTACTGCCAGTGCAACCCTGATGACAGCACTTCGGAAGGTA.

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211      ATGGGATCCACACGCTCACCTGTGCCCTGATGCTGCTCAACACGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112570 ..CAGATGGGATCCACACGCTCACCTGTGCCCTGATGCTGCTCAACACGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 ACCTGCACGGCCAC         AACATTGGCAAAAAGATGTCCTGTCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113331 ACCTGCACGGCCACGTG...CAGAACATTGGCAAAAAGATGTCCTGTCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CAATTCATTGCCAACTTGGACCAGCTGAATGATGGCCAAGACTTTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124289 CAATTCATTGCCAACTTGGACCAGCTGAATGATGGCCAAGACTTTGCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AGACCTGCTGAAG         ACCCTTTACAACTCCATCAAGAATGAAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 124339 AGACCTGCTGAAGGTA...CAGACCCTTTACAACTCCATCAAGAATGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGCTGGAATGGGCCAT         TGATGAGGATGAGCTGAGGAAATCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 126311 AGCTGGAATGGGCCATGTG...TAGTGATGAGGATGAGCTGAGGAAATCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CTGTCTGAGCTGGTGGATGACAAGTTCGGGACAGGCACGAAGAAGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127396 CTGTCTGAGCTGGTGGATGACAAGTTCGGGACAGGCACGAAGAAGGTGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GCGAATCCTGGATGGTGGCAACCCCTTCCTGGATGTCCCACAGGCGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127446 GCGAATCCTGGATGGTGGCAACCCCTTCCTGGATGTCCCACAGGCGCTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GTGCCACCACCTACAAGCACGGCGTCCTGACCCGGAAGACTCACGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127496 GTGCCACCACCTACAAGCACGGCGTCCTGACCCGGAAGACTCACGCTGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ATGGGTGGCAAGAGGA         CGCCCCGTGGGAGGCGTGGCTGGAA
        |||| |||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 127546 ATGGATGGCAAGAGGAGTG...CAGCGCCCCGTGGGAGGCGTGGCTGGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GAAATTCTACGCAGTGCTCAAAGGGACCATCCTGTACCTGCAGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 127753 GAAATTCTACGCAGTGCTCAAAGGGACCATCCTGTACCTGCAGAAGGTG.

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666      GATGAGTACAGGCCTGACAAAGCTCTATCGGAGGGTGACCTGAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127803 ..CAGGATGAGTACAGGCCTGACAAAGCTCTATCGGAGGGTGACCTGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 AACGCCATTCGCGTGCATCACGCTCTGGCCACCAGGGCCTCTGACTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128230 AACGCCATTCGCGTGCATCACGCTCTGGCCACCAGGGCCTCTGACTACAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CAAGAAGTCCAACGTGCTGAAGCTTAAGACAGCCGACTGGAGGGTATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128280 CAAGAAGTCCAACGTGCTGAAGCTTAAGACAGCCGACTGGAGGGTATTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TCTTCCAGGCACC         GAGCAAGGAAGAAATGCTGTCCTGGATC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 128330 TCTTCCAGGCACCGTG...CAGGAGCAAGGAAGAAATGCTGTCCTGGATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CTCAGGATCAACCTGGTGGCAGCCATCTTCTCTGCCCCGGCCTTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129216 CTCAGGATCAACCTGGTGGCAGCCATCTTCTCTGCCCCGGCCTTCCCAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CGCTGTCAGCTCCATGAAGAAGTTCTGTCGGCCCCTGCTGCCCTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129266 CGCTGTCAGCTCCATGAAGAAGTTCTGTCGGCCCCTGCTGCCCTCCTGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 CCACCCGCCTCTGCCAG         GAGGAGCAACTGCGGTCTCATGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 129316 CCACCCGCCTCTGCCAGGTA...CAGGAGGAGCAACTGCGGTCTCATGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 AATAAGTTGAGGCAGCTGACTGCGGAGCTGGCCGAACACAGGTGTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130611 AATAAGTTGAGGCAGCTGACTGCGGAGCTGGCCGAACACAGGTGTCACCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 AGTCGAGAGGGGCATCAAGTCCAAGGAGGCCGAGGAGTACCGGTTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130661 AGTCGAGAGGGGCATCAAGTCCAAGGAGGCCGAGGAGTACCGGTTGAAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 AGCACTATCTCACCTTCGAG         AAAAGCCGTTATGAGACCTAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 130711 AGCACTATCTCACCTTCGAGGTG...CAGAAAAGCCGTTATGAGACCTAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 ATCCACCTCCTGGCTATGAAAATCAAAGTGGGCTCAGATGATCTGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132852 ATCCACCTCCTGGCTATGAAAATCAAAGTGGGCTCAGATGATCTGGAGCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 GATTGAGGCCCGGCTGGCCACTCTGGAAGGGGATGACCCTTCTCTCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132902 GATTGAGGCCCGGCTGGCCACTCTGGAAGGGGATGACCCTTCTCTCCGGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 AGACACATTCAAGCCCTGCCCTCAGCCAGGGCCATGTGACTGGCAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132952 AGACACATTCAAGCCCTGCCCTCAGCCAGGGCCATGTGACTGGCAGCAAA

   2400     .    :    .    :    .    :
   2284 ACCACAAAGGATGCCACTGGGCCTGATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 133002 ACCACAAAGGATGCCACTGGGCCTGATACT