seq1 = pF1KB8545.tfa, 2952 bp
seq2 = pF1KB8545/gi568815597f_88584581.tfa (gi568815597f:88584581_88933445), 348865 bp

>pF1KB8545 2952
>gi568815597f:88584581_88933445 (Chr1)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-349  (156408-156708)   100% ->
350-504  (175642-175796)   99% ->
505-622  (185772-185889)   100% ->
623-768  (186841-186986)   100% ->
769-985  (187083-187299)   100% ->
986-1171  (200059-200244)   100% ->
1172-1281  (201524-201633)   100% ->
1282-1425  (219811-219954)   100% ->
1426-1501  (220266-220341)   100% ->
1502-1676  (220917-221091)   100% ->
1677-1803  (221311-221437)   99% ->
1804-1934  (222733-222863)   100% ->
1935-2010  (222949-223024)   100% ->
2011-2102  (223104-223195)   100% ->
2103-2279  (228977-229153)   100% ->
2280-2342  (237361-237423)   100% ->
2343-2419  (239730-239806)   100% ->
2420-2562  (243901-244043)   100% ->
2563-2670  (248164-248271)   100% ->
2671-2751  (248497-248577)   100% ->
2752-2952  (248665-248865)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCAACCCCGAACGGGGGGAGATTCTGCTCACGGAACTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGCGTCCAACCCCGAACGGGGGGAGATTCTGCTCACGGAACTGCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        GGGGATTCCCGAAGTCTTCCGTTTTCTGAGAATGTGAGTGCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...TAGGGGGATTCCCGAAGTCTTCCGTTTTCTGAGAATGTGAGTGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCAAAAATTAGACTTTTCAGATACAATGGTGCAGCAGAAATTGGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156451 TTCAAAAATTAGACTTTTCAGATACAATGGTGCAGCAGAAATTGGATGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCAAGGATCGAATTAAGAGAGAAATAAGGAAAGAACTGAAAATCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156501 ATCAAGGATCGAATTAAGAGAGAAATAAGGAAAGAACTGAAAATCAAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGAGCTGAAAATCTGAGGAAAGTCACAACAGATAAAAAAAGTTTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156551 AGGAGCTGAAAATCTGAGGAAAGTCACAACAGATAAAAAAAGTTTGGCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTAGACAACATTTTGAAAAAATCAAATAAAAAATTAGAAGAACTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156601 ATGTAGACAACATTTTGAAAAAATCAAATAAAAAATTAGAAGAACTACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACAAGCTGCAGGAATTAAATGCACATATTGTTGTATCAGATCCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156651 CACAAGCTGCAGGAATTAAATGCACATATTGTTGTATCAGATCCAGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TATTACAG         ATTGCCCAAGGACTCCAGATACTCCAAATAATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 156701 TATTACAGGTA...CAGATTGCCCAAGGACTCCAGATACTCCAAATAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCCTCGTTGTTCTACTAGCAACAATAGATTGAAGGCCCTACAAAAACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 175675 ACCCTCGTTGTTCTACTAGCAACAATAGATTGAAGGCCTTACAAAAACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTGGATATAGAACTTAAAGTAAAACAAGGTGCAGAGAATATGATACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175725 TTGGATATAGAACTTAAAGTAAAACAAGGTGCAGAGAATATGATACAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTATTCAAATGGATCTTCAAAG         GATCGGAAACTCCATGGTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 175775 GTATTCAAATGGATCTTCAAAGGTA...TAGGATCGGAAACTCCATGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGCTCAGCAACTGCTCCAGGACAGCAAGACAAAAATAGAAGTCATACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185791 CAGCTCAGCAACTGCTCCAGGACAGCAAGACAAAAATAGAAGTCATACGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGCAGATTCTTCAGGCAGTCCAGACTAATGAATTGGCTTTTGATAATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 185841 ATGCAGATTCTTCAGGCAGTCCAGACTAATGAATTGGCTTTTGATAATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623         CAAAACCTGTGATAAGTCCTCTTGAACTTCGGATGGAAGAAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185891 TG...TAGCAAAACCTGTGATAAGTCCTCTTGAACTTCGGATGGAAGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TAAGGCATCATTTTAGGATAGAGTTTGCAGTAGCAGAAGGTGCAAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186883 TAAGGCATCATTTTAGGATAGAGTTTGCAGTAGCAGAAGGTGCAAAGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTAATGAAATTACTTGGCTCAGGAAAAGTAACAGACAGAAAAGCACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186933 GTAATGAAATTACTTGGCTCAGGAAAAGTAACAGACAGAAAAGCACTTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGAA         GCTCAAGCAAGATTTAATGAATCAAGTCAGAAGTTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186983 AGAAGTA...AAGGCTCAAGCAAGATTTAATGAATCAAGTCAGAAGTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACCTTTTAAAGTATTCATTAGAGCAAAGATTAAACGAAGTCCCCAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187120 ACCTTTTAAAGTATTCATTAGAGCAAAGATTAAACGAAGTCCCCAAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CATCCCAAAAGCAGGATTATTATTGAAGAACTTTCACTTGTTGCTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187170 CATCCCAAAAGCAGGATTATTATTGAAGAACTTTCACTTGTTGCTGCATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACCAACACTAAGTCCACGTCAAAGTATGATATCTACGCAAAATCAATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187220 ACCAACACTAAGTCCACGTCAAAGTATGATATCTACGCAAAATCAATATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GTACACTATCCAAACCAGCAGCACTAACAG         GTACTTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 187270 GTACACTATCCAAACCAGCAGCACTAACAGGTA...CAGGTACTTTGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTTCGTCTTATGGGCTGCCAAGATATCCTAGAGAATGTCCCTGGACGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200070 GTTCGTCTTATGGGCTGCCAAGATATCCTAGAGAATGTCCCTGGACGGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AAAAGCAACATCAGTTGCACTGCCTGGTTGGAGTCCAAGTGAAACCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200120 AAAAGCAACATCAGTTGCACTGCCTGGTTGGAGTCCAAGTGAAACCAGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CATCTTTCATGAGCAGAACGAGTAAAAGTAAAAGCGGAAGTAGTCGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200170 CATCTTTCATGAGCAGAACGAGTAAAAGTAAAAGCGGAAGTAGTCGAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTTCTAAAAACCGATGACTTGTCCA         ATGATGTCTGTGCTGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 200220 CTTCTAAAAACCGATGACTTGTCCAGTT...CAGATGATGTCTGTGCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TTTGAAGCTCGATAATACTGTGGTTGGCCAAACTAGCTGGAAACCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201540 TTTGAAGCTCGATAATACTGTGGTTGGCCAAACTAGCTGGAAACCCATTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CCAATCAGTCATGGGACCAGAAGTTTACACTGGAACTGGACAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 201590 CCAATCAGTCATGGGACCAGAAGTTTACACTGGAACTGGACAGGGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282    TCACGTGAACTGGAAATTTCAGTTTATTGGCGTGATTGGCGGTCTCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219808 TAGTCACGTGAACTGGAAATTTCAGTTTATTGGCGTGATTGGCGGTCTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GTGTGCTGTAAAATTTCTGAGGTTAGAAGATTTTTTAGACAACCAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219858 GTGTGCTGTAAAATTTCTGAGGTTAGAAGATTTTTTAGACAACCAACGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ATGGCATGTGTCTCTATTTGGAACCACAGGGTACTTTATTTGCAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 219908 ATGGCATGTGTCTCTATTTGGAACCACAGGGTACTTTATTTGCAGAGGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1426       GTTACCTTTTTTAATCCAGTTATTGAAAGAAGACCAAAACTTCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219958 ...CAGGTTACCTTTTTTAATCCAGTTATTGAAAGAAGACCAAAACTTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AAGACAAAAGAAAATTTTTTCAAAGCAACAAG         GCAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 220310 AAGACAAAAGAAAATTTTTTCAAAGCAACAAGGTA...CAGGCAAAACAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TTCTCAGAGCTCCTCAAATGAATATTAATATTGCCACTTGGGGAAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220926 TTCTCAGAGCTCCTCAAATGAATATTAATATTGCCACTTGGGGAAGGCTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GTAAGAAGAGCTATTCCTACAGTAAATCATTCTGGCACCTTCAGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220976 GTAAGAAGAGCTATTCCTACAGTAAATCATTCTGGCACCTTCAGCCCTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGCTCCTGTGCCTACTACAGTGCCAGTGGTTGATGTACGCATCCCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221026 AGCTCCTGTGCCTACTACAGTGCCAGTGGTTGATGTACGCATCCCTCAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TAGCACCTCCAGCTAG         CGATTCTACAGTAACCAAATTGGAC
        ||||||||||||||||>>>...>>> ||||||||||||||||||||||||
 221076 TAGCACCTCCAGCTAGGTA...AAGTGATTCTACAGTAACCAAATTGGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TTTGATCTTGAGCCTGAACCTCCTCCAGCCCCACCACGAGCTTCTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221336 TTTGATCTTGAGCCTGAACCTCCTCCAGCCCCACCACGAGCTTCTTCTCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TGGAGAAATAGATGAATCTTCTGAATTAAGAGTTTTGGATATACCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221386 TGGAGAAATAGATGAATCTTCTGAATTAAGAGTTTTGGATATACCAGGAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 AG         GATTCAGAGACTGTTTTTGATATTCAGAATGACAGAAAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221436 AGGCA...CAGGATTCAGAGACTGTTTTTGATATTCAGAATGACAGAAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AGTATACTTCCAAAATCTCAATCTGAATACAAGCCTGATACTCCTCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222772 AGTATACTTCCAAAATCTCAATCTGAATACAAGCCTGATACTCCTCAGTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 AGGCCTAGAATATAGTGGTATTCAAGAACTTGAGGACAGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 222822 AGGCCTAGAATATAGTGGTATTCAAGAACTTGAGGACAGAAGGTA...CA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1935  ATCTCAGCAAAGGTTTCAGTTTAATCTACAAGATTTCAGGTGTTGTGCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222948 GATCTCAGCAAAGGTTTCAGTTTAATCTACAAGATTTCAGGTGTTGTGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GTCTTGGGAAGAGGACATTTTGGAAAG         GTGCTTTTAGCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 222998 GTCTTGGGAAGAGGACATTTTGGAAAGGTA...CAGGTGCTTTTAGCTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 ATATAAAAACACAAATGAGATGTTTGCTATAAAAGCCTTAAAGAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223118 ATATAAAAACACAAATGAGATGTTTGCTATAAAAGCCTTAAAGAAAGGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 ATATTGTGGCTCGAGATGAAGTAGACAG         CCTGATGTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 223168 ATATTGTGGCTCGAGATGAAGTAGACAGGTT...CAGCCTGATGTGTGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 AAAAGAATTTTTGAAACTGTGAATAGTGTAAGGCATCCCTTTTTGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228990 AAAAGAATTTTTGAAACTGTGAATAGTGTAAGGCATCCCTTTTTGGTGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 CCTTTTTGCATGTTTCCAAACCAAAGAGCATGTTTGCTTTGTAATGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229040 CCTTTTTGCATGTTTCCAAACCAAAGAGCATGTTTGCTTTGTAATGGAAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 ATGCTGCCGGTGGGGACCTAATGATGCACATTCATACTGATGTCTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229090 ATGCTGCCGGTGGGGACCTAATGATGCACATTCATACTGATGTCTTTTCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 GAACCAAGAGCTGT         ATTTTATGCTGCTTGTGTAGTTCTTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 229140 GAACCAAGAGCTGTGTG...CAGATTTTATGCTGCTTGTGTAGTTCTTGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 GTTGCAGTATTTACATGAACACAAAATTGTTTATAG         AGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 237388 GTTGCAGTATTTACATGAACACAAAATTGTTTATAGGTA...CAGAGATT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 TGAAATTGGATAACTTATTGCTAGATACAGAGGGCTTTGTGAAAATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239735 TGAAATTGGATAACTTATTGCTAGATACAGAGGGCTTTGTGAAAATTGCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 GATTTTGGTCTTTGCAAAGAAG         GAATGGGATATGGAGATAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 239785 GATTTTGGTCTTTGCAAAGAAGGTA...CAGGAATGGGATATGGAGATAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 AACAAGCACATTTTGTGGCACTCCTGAATTTCTTGCCCCAGAAGTATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243920 AACAAGCACATTTTGTGGCACTCCTGAATTTCTTGCCCCAGAAGTATTAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 CAGAAACTTCTTATACAAGGGCTGTAGATTGGTGGGGCCTTGGCGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243970 CAGAAACTTCTTATACAAGGGCTGTAGATTGGTGGGGCCTTGGCGTGCTT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 ATATATGAAATGCTTGTTGGTGAG         TCTCCCTTTCCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 244020 ATATATGAAATGCTTGTTGGTGAGGTA...TAGTCTCCCTTTCCTGGTGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 TGATGAAGAGGAAGTTTTTGACAGTATTGTAAATGATGAAGTAAGGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248181 TGATGAAGAGGAAGTTTTTGACAGTATTGTAAATGATGAAGTAAGGTATC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 CAAGGTTCTTATCTACAGAAGCCATTTCTATAATGAGAAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 248231 CAAGGTTCTTATCTACAGAAGCCATTTCTATAATGAGAAGGGTA...TAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 CTGTTAAGAAGAAATCCTGAACGGCGCCTTGGGGCTAGCGAGAAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248497 CTGTTAAGAAGAAATCCTGAACGGCGCCTTGGGGCTAGCGAGAAAGATGC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 AGAGGATGTAAAAAAGCACCCATTTTTCCGG         CTAATTGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 248547 AGAGGATGTAAAAAAGCACCCATTTTTCCGGGTA...CAGCTAATTGATT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2762 GGAGCGCTCTGATGGACAAAAAAGTAAAGCCACCATTTATACCTACCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248675 GGAGCGCTCTGATGGACAAAAAAGTAAAGCCACCATTTATACCTACCATA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2812 AGAGGACGAGAAGATGTTAGTAATTTTGATGATGAATTTACCTCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248725 AGAGGACGAGAAGATGTTAGTAATTTTGATGATGAATTTACCTCAGAAGC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2862 ACCTATTCTGACTCCACCTCGAGAACCAAGGATACTTTCGGAAGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248775 ACCTATTCTGACTCCACCTCGAGAACCAAGGATACTTTCGGAAGAGGAGC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :
   2912 AGGAAATGTTCAGAGATTTTGACTACATTGCTGATTGGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248825 AGGAAATGTTCAGAGATTTTGACTACATTGCTGATTGGTGT