seq1 = pF1KB8541.tfa, 2937 bp
seq2 = pF1KB8541/gi568815596r_219190229.tfa (gi568815596r:219190229_219409332), 219104 bp

>pF1KB8541 2937
>gi568815596r:219190229_219409332 (Chr2)

(complement)

1-115  (100001-100115)   100% ->
116-166  (101491-101541)   100% ->
167-280  (101776-101889)   100% ->
281-377  (105502-105598)   100% ->
378-639  (106496-106757)   100% ->
640-994  (106842-107196)   100% ->
995-1126  (107614-107745)   100% ->
1127-1161  (108356-108390)   100% ->
1162-1436  (109074-109348)   100% ->
1437-1523  (109547-109633)   100% ->
1524-1603  (109949-110028)   100% ->
1604-1668  (110222-110286)   100% ->
1669-1887  (111230-111448)   100% ->
1888-2088  (111900-112100)   100% ->
2089-2236  (112201-112348)   100% ->
2237-2310  (112511-112584)   100% ->
2311-2388  (112817-112894)   100% ->
2389-2508  (112988-113107)   100% ->
2509-2675  (114192-114358)   100% ->
2676-2729  (117810-117863)   100% ->
2730-2794  (118443-118507)   100% ->
2795-2868  (118722-118795)   100% ->
2869-2937  (119036-119104)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCGCCCGCGGCGGCCTGGGGGTCTCGGGGGATCCGGGGGTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCGCCCGCGGCGGCCTGGGGGTCTCGGGGGATCCGGGGGTCTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTCCTCTGCCTCCTGCTGCTGAGCAGCCGCCCGGGGGGCTGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTCCTCTGCCTCCTGCTGCTGAGCAGCCGCCCGGGGGGCTGCAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTTAGTGCCCACG         GCTGTCTATTTGACCGCAGGCTCTGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGTTAGTGCCCACGGTC...CAGGCTGTCTATTTGACCGCAGGCTCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTCACCTGGAAGTCTGTATTCAGG         ATGGCTTGTTTGGGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101517 TCTCACCTGGAAGTCTGTATTCAGGGTG...TAGATGGCTTGTTTGGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTGCCAGGTGGGAGTGGGGCAGGCCCGGCCCCTTTTGCAAGTCACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101792 GTGCCAGGTGGGAGTGGGGCAGGCCCGGCCCCTTTTGCAAGTCACCTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGTTCTCCAACGCTTACAAGGTGTGCTCCGACAACTCATGTCCCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101842 CAGTTCTCCAACGCTTACAAGGTGTGCTCCGACAACTCATGTCCCAAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281        GATTGTCCTGGCACGATGACCTCACCCAGTATGTGATCTCTCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101892 A...CAGGATTGTCCTGGCACGATGACCTCACCCAGTATGTGATCTCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGATGGAGCGCATCCCCAGGCTTCGCCCCCCAGAGCCCCGTCCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105545 GGAGATGGAGCGCATCCCCAGGCTTCGCCCCCCAGAGCCCCGTCCAAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAG         GTCTGGCTTGGCACCCAAGAGACCTGGTCCTGCTGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105595 ACAGGTA...CAGGTCTGGCTTGGCACCCAAGAGACCTGGTCCTGCTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGCTGCTTTTACAGGACATCCCCACTGGCTCCGCCCCTGCTGCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106533 GAGCTGCTTTTACAGGACATCCCCACTGGCTCCGCCCCTGCTGCCCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCGGCTTCCACAACCACCAGTGGGCAAAGGTGGAGCTGGGGCCAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106583 TCGGCTTCCACAACCACCAGTGGGCAAAGGTGGAGCTGGGGCCAGCTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCTGTCCCCTCTGCAGGCTGAGCTGCTCCCGCCTCTCTTGGAGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106633 CTCTGTCCCCTCTGCAGGCTGAGCTGCTCCCGCCTCTCTTGGAGCACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGCTGCCCCCACAGCCTCCCCACCCTTCACTGAGTTACGAACCTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106683 CTGCTGCCCCCACAGCCTCCCCACCCTTCACTGAGTTACGAACCTGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTGCAGCCCTACCTGTTCCACCAG         TTTGGCTCCCGTGATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106733 GCTGCAGCCCTACCTGTTCCACCAGGTA...CAGTTTGGCTCCCGTGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCTCCAGGGTCTCAGAGGGCTCCCCAGGGATGGTCAGTGTCGGCCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106858 GCTCCAGGGTCTCAGAGGGCTCCCCAGGGATGGTCAGTGTCGGCCCCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCCAAGGCTGAAGCCCCTGCCCTCTTCAGCAGAACTGCCTCCAAGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106908 CCCAAGGCTGAAGCCCCTGCCCTCTTCAGCAGAACTGCCTCCAAGGGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATTTGGGGACCACCCTGGCCACTCCTACGGGGACCTTCCAGGGCCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106958 ATTTGGGGACCACCCTGGCCACTCCTACGGGGACCTTCCAGGGCCTTCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGCCCAGCTTTTTCAAGACTCTGGGCTGCTCTATCTGGCCCAGGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107008 CTGCCCAGCTTTTTCAAGACTCTGGGCTGCTCTATCTGGCCCAGGAGTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCAGCACCCAGCAGGGCCAGGGTGCCAAGGCTGCCAGAGCAAGGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107058 CCAGCACCCAGCAGGGCCAGGGTGCCAAGGCTGCCAGAGCAAGGGAGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAGCCGGGCAGAGGACTCCCCAGAGGGCTATGAGAAGGAAGGACTAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107108 CAGCCGGGCAGAGGACTCCCCAGAGGGCTATGAGAAGGAAGGACTAGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATCGTGGAGAGAAGCCTGCTTCCCCAGCTGTGCAGCCAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 107158 ATCGTGGAGAGAAGCCTGCTTCCCCAGCTGTGCAGCCAGGTA...CAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCGGCTCTGCAGAGGCTGGCCGCTGTGCTGGCGGGCTATGGGGTAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107616 GCGGCTCTGCAGAGGCTGGCCGCTGTGCTGGCGGGCTATGGGGTAGAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCGTCAGCTGACCCCTGAGCAGCTCTCCACACTCCTGACCCTGCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107666 GCGTCAGCTGACCCCTGAGCAGCTCTCCACACTCCTGACCCTGCTGCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TACTGCCCAAGGGTGCAGGAAGAAATCCGG         GAGGGGTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107716 TACTGCCCAAGGGTGCAGGAAGAAATCCGGGTA...CAGGAGGGGTTGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AATGTTGGAGCTGATATCAAGAAA         ACAATGGAGGGGCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108367 AATGTTGGAGCTGATATCAAGAAAGTG...CAGACAATGGAGGGGCCGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGAGGGCAGAGACACAGCAGAGCTTCCAGCCCGCACATCCCCCATGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109091 GGAGGGCAGAGACACAGCAGAGCTTCCAGCCCGCACATCCCCCATGCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GACACCCCACTGCCAGCCCTACCTCCAGTGAAGTCCAGCAGGTGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109141 GACACCCCACTGCCAGCCCTACCTCCAGTGAAGTCCAGCAGGTGCCAAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CCTGTCTCCTCTGAGCCTCCCAAAGCTGCCAGACCCCCTGTGACACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109191 CCTGTCTCCTCTGAGCCTCCCAAAGCTGCCAGACCCCCTGTGACACCTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCTGCTAGAGAAGAAAAGCCCACTGGGCCAGAGCCAGCCCACGGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109241 CCTGCTAGAGAAGAAAAGCCCACTGGGCCAGAGCCAGCCCACGGTGGCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GACAGCCCTCAGCCCGCCCAGCAGCAGAGGAATATGGCTACATCGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109291 GACAGCCCTCAGCCCGCCCAGCAGCAGAGGAATATGGCTACATCGTCACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GATCAGAA         GCCCCTGAGCCTGGCTGCAGGAGTGAAGCTGCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 109341 GATCAGAAGTA...CAGGCCCCTGAGCCTGGCTGCAGGAGTGAAGCTGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGAGATCCTGGCTGAGCATGTGCACATGTCCTCAGGCAGCTTCATCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109580 GGAGATCCTGGCTGAGCATGTGCACATGTCCTCAGGCAGCTTCATCAACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TCAG         TGTGGTGGGACCAGCCCTCACCTTCCGCATCCGGCAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109630 TCAGGTG...CAGTGTGGTGGGACCAGCCCTCACCTTCCGCATCCGGCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AATGAGCAGAACCTGTCTTTGGCTGATGTGACCCAACAAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109986 AATGAGCAGAACCTGTCTTTGGCTGATGTGACCCAACAAGCAGGTA...C

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1604   GGCTGGTGAAGTCTGAACTGGAAGCACAGACAGGGCTCCAAATCTTGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110220 AGGGCTGGTGAAGTCTGAACTGGAAGCACAGACAGGGCTCCAAATCTTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AGACAGGAGTGGGACAG         AGGGAGGAGGCAGCTGCAGTCCTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 110270 AGACAGGAGTGGGACAGGTA...CAGAGGGAGGAGGCAGCTGCAGTCCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CCCCAAACTGCGCACAGCACCTCACCCATGCGCTCAGTGCTGCTCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111254 CCCCAAACTGCGCACAGCACCTCACCCATGCGCTCAGTGCTGCTCACTCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GGTGGCCCTGGCAGGTGTGGCTGGGCTGCTGGTGGCTCTGGCTGTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111304 GGTGGCCCTGGCAGGTGTGGCTGGGCTGCTGGTGGCTCTGGCTGTGGCTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TGTGTGTGCGGCAGCATGCGCGGCAGCAAGACAAGGAGCGCCTGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111354 TGTGTGTGCGGCAGCATGCGCGGCAGCAAGACAAGGAGCGCCTGGCAGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CTGGGGCCTGAGGGGGCCCATGGTGACACTACCTTTGAGTACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 111404 CTGGGGCCTGAGGGGGCCCATGGTGACACTACCTTTGAGTACCAGGTG..

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888     GACCTGTGCCGCCAGCACATGGCCACGAAGTCCTTGTTCAACCGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111454 .CAGGACCTGTGCCGCCAGCACATGGCCACGAAGTCCTTGTTCAACCGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CAGAGGGTCCACCGGAGCCTTCACGGGTGAGCAGTGTGTCCTCCCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111946 CAGAGGGTCCACCGGAGCCTTCACGGGTGAGCAGTGTGTCCTCCCAGTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 AGCGACGCAGCCCAGGCCAGCCCCAGCTCCCACAGCAGCACCCCGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111996 AGCGACGCAGCCCAGGCCAGCCCCAGCTCCCACAGCAGCACCCCGTCCTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GTGCGAGGAGCCGGCCCAAGCCAACATGGACATCTCCACGGGACACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112046 GTGCGAGGAGCCGGCCCAAGCCAACATGGACATCTCCACGGGACACATGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 TTCTG         GCATACATGGAGGATCACCTGCGGAACCGGGACCGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112096 TTCTGGTC...CAGGCATACATGGAGGATCACCTGCGGAACCGGGACCGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CTTGCCAAGGAGTGGCAGGCCCTCTGTGCCTACCAAGCAGAGCCAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112237 CTTGCCAAGGAGTGGCAGGCCCTCTGTGCCTACCAAGCAGAGCCAAACAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 CTGTGCCACCGCGCAGGGGGAGGGCAACATCAAAAAGAACCGGCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112287 CTGTGCCACCGCGCAGGGGGAGGGCAACATCAAAAAGAACCGGCATCCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 ACTTCCTGCCCT         ATGACCATGCCCGCATAAAACTGAAGGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112337 ACTTCCTGCCCTGTG...CAGATGACCATGCCCGCATAAAACTGAAGGTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 GAGAGCAGCCCTTCTCGGAGCGATTACATCAACGCCAGCCCCATT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 112540 GAGAGCAGCCCTTCTCGGAGCGATTACATCAACGCCAGCCCCATTGTG..

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2311     ATTGAGCATGACCCTCGGATGCCAGCCTACATAGCCACGCAGGGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112590 .CAGATTGAGCATGACCCTCGGATGCCAGCCTACATAGCCACGCAGGGCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 CGCTGTCCCATACCATCGCAGACTTCTGGCAG         ATGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112863 CGCTGTCCCATACCATCGCAGACTTCTGGCAGGTG...TAGATGGTGTGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 GAGAGCGGCTGCACCGTCATCGTCATGCTGACCCCGCTGGTGGAGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112997 GAGAGCGGCTGCACCGTCATCGTCATGCTGACCCCGCTGGTGGAGGATGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 TGTCAAGCAGTGTGACCGCTACTGGCCAGATGAGGGTGCCTCCCTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113047 TGTCAAGCAGTGTGACCGCTACTGGCCAGATGAGGGTGCCTCCCTCTACC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 ACGTATATGAG         GTGAACCTGGTGTCGGAGCACATCTGGTGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 113097 ACGTATATGAGGTC...CAGGTGAACCTGGTGTCGGAGCACATCTGGTGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 GAGGACTTTCTGGTGCGGAGCTTCTACCTGAAGAACGTGCAGACCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114222 GAGGACTTTCTGGTGCGGAGCTTCTACCTGAAGAACGTGCAGACCCAGGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 GACGCGCACGCTCACGCAGTTCCACTTCCTCAGCTGGCCGGCAGAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114272 GACGCGCACGCTCACGCAGTTCCACTTCCTCAGCTGGCCGGCAGAGGGCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 CACCGGCCTCCACGCGGCCCCTGCTGGACTTCCGCAG         GAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114322 CACCGGCCTCCACGCGGCCCCTGCTGGACTTCCGCAGGTG...CAGGAAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2680 GTGAACAAGTGCTACCGGGGCCGCTCCTGCCCCATCATCGTGCACTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117814 GTGAACAAGTGCTACCGGGGCCGCTCCTGCCCCATCATCGTGCACTGCAG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2730          TGATGGTGCGGGGAGGACCGGCACCTACATCCTCATCGACA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117864 GTG...CAGTGATGGTGCGGGGAGGACCGGCACCTACATCCTCATCGACA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2771 TGGTCCTGAACCGCATGGCAAAAG         GAGTGAAGGAGATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 118484 TGGTCCTGAACCGCATGGCAAAAGGTA...CAGGAGTGAAGGAGATTGAC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2812 ATCGCTGCCACCCTGGAGCATGTCCGTGACCAGCGGCCTGGCCTTGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118739 ATCGCTGCCACCCTGGAGCATGTCCGTGACCAGCGGCCTGGCCTTGTCCG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2862 CTCTAAG         GACCAGTTTGAGTTTGCCCTGACAGCCGTGGCGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 118789 CTCTAAGGTG...CAGGACCAGTTTGAATTTGCCCTGACAGCCGTGGCGG

   3100     .    :    .    :    .    :    .
   2903 AGGAAGTGAATGCCATCCTCAAGGCCCTGCCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119070 AGGAAGTGAATGCCATCCTCAAGGCCCTGCCCCAG