seq1 = pF1KB8538.tfa, 2694 bp
seq2 = pF1KB8538/gi568815593f_72748384.tfa (gi568815593f:72748384_73005407), 257024 bp

>pF1KB8538 2694
>gi568815593f:72748384_73005407 (Chr5)

1-15  (68355-68369)   100% ->
16-129  (100002-100115)   100% ->
130-205  (102861-102936)   100% ->
206-355  (107391-107540)   100% ->
356-462  (113425-113531)   100% ->
463-596  (117213-117346)   100% ->
597-678  (124256-124337)   100% ->
679-801  (127232-127354)   100% ->
802-920  (128845-128963)   100% ->
921-981  (134084-134144)   100% ->
982-1150  (134681-134849)   100% ->
1151-1303  (138687-138839)   100% ->
1304-1529  (139695-139920)   99% ->
1530-1701  (141403-141574)   100% ->
1702-1788  (143427-143513)   100% ->
1789-1896  (144756-144863)   100% ->
1897-2055  (144994-145152)   100% ->
2056-2143  (145233-145320)   100% ->
2144-2242  (148075-148173)   100% ->
2243-2338  (148673-148768)   100% ->
2339-2414  (151623-151698)   100% ->
2415-2514  (152591-152690)   100% ->
2515-2589  (155326-155400)   100% ->
2590-2694  (156920-157024)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTGGGACCGG         CAAACCAAGATGGAGTATGAGTGGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
  68355 ATGGTGTGGGACCGGGTA...CAGCAAACCAAGATGGAGTATGAGTGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACCTGACGAGCAAGGGCTTCAGCAAATCCTGCAGCTGTTGAAGGAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 ACCTGACGAGCAAGGGCTTCAGCAAATCCTGCAGCTGTTGAAGGAGTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTCCCCAGACACCACCATCCAGAGAACCGTGCAACAA         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100078 AGTCCCCAGACACCACCATCCAGAGAACCGTGCAACAAGTA...TAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTGGAACAACTTAATCAGTATCCAGACTTTAACAACTACTTGATTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102864 CTGGAACAACTTAATCAGTATCCAGACTTTAACAACTACTTGATTTTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTTACAAAATTAAAATCTGAAG         ATGAACCCACAAGATCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102914 TCTTACAAAATTAAAATCTGAAGGTA...CAGATGAACCCACAAGATCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGAGTGGTCTTATCTTGAAGAATAATGTGAAAGCACACTTTCAGAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107409 TGAGTGGTCTTATCTTGAAGAATAATGTGAAAGCACACTTTCAGAACTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCAAATGGTGTAACAGACTTTATTAAAAGTGAATGTTTAAATAATATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107459 CCAAATGGTGTAACAGACTTTATTAAAAGTGAATGTTTAAATAATATTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGACTCCTCTCCTCTGATTAGAGCCACTGTTG         GTATTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107509 TGACTCCTCTCCTCTGATTAGAGCCACTGTTGGTA...AAGGTATTTTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCACAACTATAGCCTCCAAGGGAGAATTGCAGAATTGGCCTGACCTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113434 TCACAACTATAGCCTCCAAGGGAGAATTGCAGAATTGGCCTGACCTCTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCAAAACTCTGTAGCCTGTTGGATTCTGAAGATTATAATACCTGTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 113484 CCAAAACTCTGTAGCCTGTTGGATTCTGAAGATTATAATACCTGTGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        GGAGCATTTGGTGCCCTTCAGAAGATTTGTGAAGATTCTGCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113534 A...CAGGGAGCATTTGGTGCCCTTCAGAAGATTTGTGAAGATTCTGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGATTTTAGACAGTGATGTTTTAGATCGTCCTCTCAACATCATGATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117256 AGATTTTAGACAGTGATGTTTTAGATCGTCCTCTCAACATCATGATTCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAATTTTTACAGTTCTTCAAGCATAGTAGTCCAAAAATAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 117306 AAATTTTTACAGTTCTTCAAGCATAGTAGTCCAAAAATAAGGTA...TAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GTCTCACGCTGTTGCATGTGTCAATCAGTTTATCATCAGTAGGACTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124256 GTCTCACGCTGTTGCATGTGTCAATCAGTTTATCATCAGTAGGACTCAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTCTAATGTTGCACATTGATTCTTTTATTGAG         AATCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 124306 CTCTAATGTTGCACATTGATTCTTTTATTGAGGTA...CAGAATCTCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCATTAGCTGGTGATGAAGAACCAGAGGTACGGAAAAATGTGTGCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127241 GCATTAGCTGGTGATGAAGAACCAGAGGTACGGAAAAATGTGTGCCGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ACTTGTGATGTTGCTCGAAGTTCGAATGGATCGCCTGCTTCCTCACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127291 ACTTGTGATGTTGCTCGAAGTTCGAATGGATCGCCTGCTTCCTCACATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATAATATAGTTGAG         TACATGCTACAGAGGACTCAAGATCAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 127341 ATAATATAGTTGAGGTA...CAGTACATGCTACAGAGGACTCAAGATCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GATGAAAATGTGGCTTTAGAAGCCTGTGAATTTTGGCTAACTTTAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128872 GATGAAAATGTGGCTTTAGAAGCCTGTGAATTTTGGCTAACTTTAGCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ACAGCCAATATGCAAAGATGTACTCGTAAGGCATCTTCCTAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 128922 ACAGCCAATATGCAAAGATGTACTCGTAAGGCATCTTCCTAAGTA...TA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    921  GTTGATTCCTGTGTTAGTGAATGGCATGAAGTACTCAGACATAGATATT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134083 GGTTGATTCCTGTGTTAGTGAATGGCATGAAGTACTCAGACATAGATATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATCCTACTTAAG         GGTGATGTTGAAGAAGACGAAACGATTCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 134133 ATCCTACTTAAGGTA...CAGGGTGATGTTGAAGAAGACGAAACGATTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGATAGTGAACAGGATATACGGCCACGTTTTCACCGATCGAGGACGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134710 TGATAGTGAACAGGATATACGGCCACGTTTTCACCGATCGAGGACGGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CTCAGCAGCATGATGAAGATGGAATTGAAGAGGAAGATGATGATGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134760 CTCAGCAGCATGATGAAGATGGAATTGAAGAGGAAGATGATGATGATGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAAATTGATGATGATGATACAATTTCTGACTGGAATCTAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 134810 GAAATTGATGATGATGATACAATTTCTGACTGGAATCTAAGTA...TAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AAAATGTTCTGCTGCTGCCCTGGATGTTCTTGCAAATGTGTATCGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138688 AAAATGTTCTGCTGCTGCCCTGGATGTTCTTGCAAATGTGTATCGTGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AACTGCTGCCACATATTTTGCCCCTTTTGAAAGAATTACTTTTTCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138738 AACTGCTGCCACATATTTTGCCCCTTTTGAAAGAATTACTTTTTCATCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GAATGGGTTGTTAAAGAATCAGGCATTTTGGTTTTAGGAGCAATTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138788 GAATGGGTTGTTAAAGAATCAGGCATTTTGGTTTTAGGAGCAATTGCTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AG         GTTGCATGCAGGGCATGATTCCATACTTGCCTGAGCTTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138838 AGGTA...TAGGTTGCATGCAGGGCATGATTCCATACTTGCCTGAGCTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TTCCTCACCTTATTCAGTGCCTCTCTGATAAAAAGGCTCTTGTGCGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139734 TTCCTCACCTTATTCAGTGCCTCTCTGATAAAAAGGCTCTTGTGCGTTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ATAACATGCTGGACTCTTAGCCGCTATGCACACTGGGTGGTCAGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139784 ATAACATGCTGGACTCTTAGCCGCTATGCACACTGGGTGGTCAGCCAGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GCCAGACACGTACCTGAAGCCATTAATGACAGAATTGCTAAAGCGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139834 GCCAGACACGTACCTGAAGCCATTAATGACAGAATTGCTAAAGCGCATCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TGGATAGCAACAAGAGAGTACAAGAAGCTGCCTGCAG         TGCC
        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 139884 TGGACAGCAACAAGAGAGTACAAGAAGCTGCCTGCAGGTG...CAGTGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TTTGCTACCCTAGAAGAGGAGGCTTGTACAGAACTTGTTCCTTACCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141407 TTTGCTACCCTAGAAGAGGAGGCTTGTACAGAACTTGTTCCTTACCTTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TTATATACTTGATACCCTGGTCTTTGCATTTAGTAAATACCAGCATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141457 TTATATACTTGATACCCTGGTCTTTGCATTTAGTAAATACCAGCATAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ACCTGCTCATTCTTTACGATGCCATAGGAACATTAGCAGATTCAGTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141507 ACCTGCTCATTCTTTACGATGCCATAGGAACATTAGCAGATTCAGTAGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CATCATTTAAACAAACCA         GAATATATTCAGATGCTAATGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 141557 CATCATTTAAACAAACCAGTA...TAGGAATATATTCAGATGCTAATGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TCCACTGATCCAGAAATGGAACATGTTAAAGGATGAAGATAAAGATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143450 TCCACTGATCCAGAAATGGAACATGTTAAAGGATGAAGATAAAGATCTCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TCCCTTTACTTGAG         TGCCTATCTTCAGTTGCCACAGCACTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 143500 TCCCTTTACTTGAGGTA...TAGTGCCTATCTTCAGTTGCCACAGCACTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CAGTCTGGATTCCTTCCGTACTGTGAACCTGTGTATCAGCGTTGTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144783 CAGTCTGGATTCCTTCCGTACTGTGAACCTGTGTATCAGCGTTGTGTAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CCTAGTACAGAAGACTCTTGCACAAGCCATG         CTAAACAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 144833 CCTAGTACAGAAGACTCTTGCACAAGCCATGGTA...CAGCTAAACAATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 CTCAACCAGATCAATATGAAGCTCCAGATAAAGATTTTATGATAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145004 CTCAACCAGATCAATATGAAGCTCCAGATAAAGATTTTATGATAGTGGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CTTGATTTACTGAGTGGCCTGGCTGAAGGACTTGGAGGCAACATTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145054 CTTGATTTACTGAGTGGCCTGGCTGAAGGACTTGGAGGCAACATTGAACA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GCTGGTAGCCCGAAGTAACATCCTGACACTAATGTATCAGTGCATGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 145104 GCTGGTAGCCCGAAGTAACATCCTGACACTAATGTATCAGTGCATGCAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056         GATAAAATGCCAGAAGTTCGACAGAGTTCTTTTGCCCTGTTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145154 TG...TAGGATAAAATGCCAGAAGTTCGACAGAGTTCTTTTGCCCTGTTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GGTGACCTCACAAAAGCTTGCTTTCAGCATGTTAAGCCTTGTATAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 145275 GGTGACCTCACAAAAGCTTGCTTTCAGCATGTTAAGCCTTGTATAGGTA.

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2144      CTGATTTCATGCCAATATTGGGAACCAACCTAAATCCAGAATTCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145325 ..TAGCTGATTTCATGCCAATATTGGGAACCAACCTAAATCCAGAATTCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 TTTCAGTCTGCAACAATGCCACATGGGCAATTGGAGAAATCTCCATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148120 TTTCAGTCTGCAACAATGCCACATGGGCAATTGGAGAAATCTCCATTCAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 ATGG         GTATAGAGATGCAGCCTTATATTCCTATGGTGTTGCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148170 ATGGGTA...TAGGTATAGAGATGCAGCCTTATATTCCTATGGTGTTGCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 CCAGCTTGTAGAAATCATTAACAGACCCAACACACCAAAGACGTTGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148710 CCAGCTTGTAGAAATCATTAACAGACCCAACACACCAAAGACGTTGTTAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 AGAATACAG         CAATAACAATTGGTCGTCTTGGTTACGTTTGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 148760 AGAATACAGGTA...TAGCAATAACAATTGGTCGTCTTGGTTACGTTTGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 CCTCAAGAGGTGGCCCCCATGCTACAGCAGTTTATAAGACCCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 151655 CCTCAAGAGGTGGCCCCCATGCTACAGCAGTTTATAAGACCCTGGTG...

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2415    GTGCACCTCTCTGAGAAACATAAGAGACAATGAGGAAAAGGATTCAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152588 TAGGTGCACCTCTCTGAGAAACATAAGAGACAATGAGGAAAAGGATTCAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 CATTCCGTGGAATTTGTACCATGATCAGTGTGAATCCCAGTGGCGTAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152638 CATTCCGTGGAATTTGTACCATGATCAGTGTGAATCCCAGTGGCGTAATC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 CAA         GATTTTATATTTTTTTGTGATGCCGTTGCATCATGGAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152688 CAAGTA...CAGGATTTTATATTTTTTTGTGATGCCGTTGCATCATGGAT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2553 TAACCCAAAAGATGATCTCAGAGACATGTTCTGTAAG         ATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 155364 TAACCCAAAAGATGATCTCAGAGACATGTTCTGTAAGGTA...CAGATCC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2594 TTCATGGATTTAAAAATCAAGTTGGCGATGAAAATTGGAGGCGTTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156924 TTCATGGATTTAAAAATCAAGTTGGCGATGAAAATTGGAGGCGTTTCTCT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2644 GACCAGTTTCCTCTTCCCTTAAAAGAGCGTCTTGCAGCTTTTTATGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156974 GACCAGTTTCCTCTTCCCTTAAAAGAGCGTCTTGCAGCTTTTTATGGTGT

   2900 
   2694 T
        |
 157024 T